More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0272 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0272  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  621  1e-177  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00042007 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0274  LysR family transcriptional regulator  82.18 
 
 		 306 aa  509  1e-143  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000255624 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  75.99 
 
 		 310 aa  479  1e-134  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  53.14 
 
 		 313 aa  327  2.0000000000000001e-88  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  50.66 
 
 		 341 aa  320  1.9999999999999998e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  53.8 
 
 		 313 aa  317  1e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  51.32 
 
 		 318 aa  318  1e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  50.33 
 
 		 314 aa  313  1.9999999999999998e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2834  hypothetical protein  34.68 
 
 		 309 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 323 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 323 aa  146  5e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 308 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 327 aa  145  9e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 307 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 330 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  30.91 
 
 		 322 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 319 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 318 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 320 aa  139  7e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  32.92 
 
 		 322 aa  138  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 322 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 313 aa  136  4e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  32.89 
 
 		 298 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 312 aa  135  6.0000000000000005e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  31.15 
 
 		 327 aa  135  8e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 313 aa  135  9e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 321 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 314 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  30.17 
 
 		 321 aa  133  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4063  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.444174  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 315 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  28.38 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 323 aa  132  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 323 aa  131  2.0000000000000002e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 321 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  28.2 
 
 		 309 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 311 aa  129  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.43 
 
 		 321 aa  129  6e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00357  transcriptional regulator  30.89 
 
 		 323 aa  129  8.000000000000001e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.2 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 342 aa  127  3e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 305 aa  126  5e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.47 
 
 		 300 aa  125  7e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 307 aa  125  7e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 300 aa  125  7e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  29.3 
 
 		 314 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  29.79 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2677  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.297592  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0853  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 302 aa  125  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.255595  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05338  transcriptional regulator  30.21 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 333 aa  124  2e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 308 aa  124  3e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  28.83 
 
 		 347 aa  124  3e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 326 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 329 aa  123  5e-27  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  28.48 
 
 		 310 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3449  regulatory protein, LysR  31.52 
 
 		 326 aa  122  7e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1917  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 310 aa  122  7e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000018485  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 320 aa  122  8e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 329 aa  122  9e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 310 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.61 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 332 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 314 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 313 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 313 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  28.48 
 
 		 321 aa  119  7e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  27.43 
 
 		 309 aa  119  7e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 301 aa  119  9e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0214  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 313 aa  119  9e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000152565  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 324 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 319 aa  117  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 303 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 305 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 432 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 299 aa  116  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1983  transcriptional regulator, LysR family protein  27.48 
 
 		 306 aa  116  5e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  28.14 
 
 		 301 aa  116  5e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  29.43 
 
 		 314 aa  116  6e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 310 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 314 aa  115  8.999999999999998e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>