More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000302 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 301 aa  624  1e-178  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1282  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 306 aa  218  1e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.526163  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 313 aa  162  5.0000000000000005e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1460  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1430  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1424  LysR family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 313 aa  159  8e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2924  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 313 aa  158  9e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 315 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001651  transcriptional regulator LysR family  30.14 
 
 		 319 aa  156  4e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2061  leucine transcriptional activator  31.85 
 
 		 321 aa  155  6e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  30.48 
 
 		 319 aa  155  7e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 298 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  29.07 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 308 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  30.77 
 
 		 298 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  29.45 
 
 		 324 aa  152  5e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1607  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 314 aa  152  7e-36  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 314 aa  149  4e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2903  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 305 aa  149  4e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 314 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3183  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 302 aa  146  5e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 310 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 301 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  25.17 
 
 		 322 aa  140  3e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3403  leucine transcriptional activator  25.17 
 
 		 318 aa  140  3.9999999999999997e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3533  leucine transcriptional activator  25.17 
 
 		 318 aa  140  3.9999999999999997e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  32.19 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  31.16 
 
 		 321 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3033  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 312 aa  136  3.0000000000000003e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  28.43 
 
 		 317 aa  136  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3182  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 300 aa  136  5e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 311 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 305 aa  135  9e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  29.08 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  26.37 
 
 		 314 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 		 314 aa  133  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  26.37 
 
 		 314 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  26.37 
 
 		 314 aa  133  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  26.37 
 
 		 314 aa  134  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  26.37 
 
 		 314 aa  134  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  26.37 
 
 		 314 aa  132  5e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 321 aa  132  6e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 299 aa  132  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  26.37 
 
 		 314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1247  transcriptional regulator, LysR family protein  30.34 
 
 		 318 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 308 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3301  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000341492 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 307 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 307 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  25.95 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0678941 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  25.95 
 
 		 341 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  25.95 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  27.49 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  25.95 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  26.35 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 298 aa  127  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0069  leucine transcriptional activator  26.03 
 
 		 314 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 326 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  25.61 
 
 		 314 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  24.91 
 
 		 314 aa  125  7e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  26.39 
 
 		 316 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  26.89 
 
 		 333 aa  125  1e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 312 aa  124  1e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  29.59 
 
 		 310 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 308 aa  125  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  26.89 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 306 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  30.43 
 
 		 326 aa  123  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 323 aa  123  4e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.76 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 309 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  24.57 
 
 		 300 aa  123  5e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 345 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 310 aa  122  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 320 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 320 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 310 aa  122  5e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.21 
 
 		 304 aa  122  6e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 306 aa  122  6e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 318 aa  122  6e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 304 aa  122  8e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>