More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_1282 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_1282  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  639    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.526163  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  36.07 
 
 		 301 aa  218  1e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3182  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 300 aa  145  6e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  29.63 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.82 
 
 		 309 aa  132  6e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 311 aa  132  6e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 306 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  28.15 
 
 		 310 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 306 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 308 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 315 aa  128  9.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 305 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1727  LysR family transcriptional regulator  27.22 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.986753  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  26.62 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  25.87 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3183  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  28.71 
 
 		 309 aa  126  6e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 317 aa  125  7e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2903  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 305 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 		 323 aa  125  8.000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 306 aa  125  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 308 aa  124  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  26.92 
 
 		 316 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  27.24 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  26.58 
 
 		 298 aa  122  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 334 aa  122  8e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 298 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001651  transcriptional regulator LysR family  26.6 
 
 		 319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  26.62 
 
 		 322 aa  119  4.9999999999999996e-26  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3533  leucine transcriptional activator  26.62 
 
 		 318 aa  119  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3403  leucine transcriptional activator  26.62 
 
 		 318 aa  119  4.9999999999999996e-26  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 312 aa  119  4.9999999999999996e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  26.26 
 
 		 319 aa  119  6e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 306 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  27.82 
 
 		 297 aa  118  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  28 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 301 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1607  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  27.03 
 
 		 307 aa  114  1.0000000000000001e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1751  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 299 aa  114  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4326  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  25.48 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1430  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 324 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1460  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1424  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  25.77 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2924  transcriptional regulator, LysR family  24.57 
 
 		 313 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  25.16 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  25.93 
 
 		 321 aa  113  5e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  25.16 
 
 		 314 aa  112  6e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  25.16 
 
 		 314 aa  112  6e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  25.16 
 
 		 314 aa  112  6e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  25.16 
 
 		 314 aa  112  6e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  25.16 
 
 		 314 aa  112  6e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3562  transcriptional regulator  28.42 
 
 		 281 aa  112  6e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  25.16 
 
 		 314 aa  112  6e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3301  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 302 aa  112  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000341492 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3033  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 312 aa  112  7.000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 333 aa  112  8.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  25.16 
 
 		 314 aa  112  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0678941 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1724  transcriptional regulator  26.51 
 
 		 304 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000109192 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3796  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 303 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  26.1 
 
 		 315 aa  112  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  25.16 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  25.16 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  25.25 
 
 		 317 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  25.16 
 
 		 341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  24.29 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  23.41 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 318 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2061  leucine transcriptional activator  26.42 
 
 		 321 aa  110  3e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  24.84 
 
 		 314 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 313 aa  109  5e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 313 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3932  transcriptional regulator  31.43 
 
 		 311 aa  108  8.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00420556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0069  leucine transcriptional activator  25.49 
 
 		 314 aa  108  9.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 313 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  23.76 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>