More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3182 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3182  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  616  1e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2903  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 305 aa  279  5e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1607  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 314 aa  278  9e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1460  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 313 aa  277  1e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1430  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 313 aa  277  1e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2924  transcriptional regulator, LysR family  44.26 
 
 		 313 aa  276  2e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1424  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 313 aa  277  2e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3183  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 302 aa  265  7e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3301  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 302 aa  250  2e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000341492 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1727  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 304 aa  225  7e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.986753  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1247  transcriptional regulator, LysR family protein  37.76 
 
 		 318 aa  211  2e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 308 aa  159  5e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1282  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 306 aa  145  6e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.526163  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000312  transcriptional regulator LysR family  29.17 
 
 		 285 aa  142  9e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  30.69 
 
 		 298 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3562  transcriptional regulator  29.59 
 
 		 281 aa  138  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2748  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388713  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  29.01 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  30.72 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0561  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 281 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  27.48 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3392  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0913399 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  27.48 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  27.48 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  27.48 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  27.48 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  27.48 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  27.48 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  28.29 
 
 		 326 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  27 
 
 		 314 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  27 
 
 		 314 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  27.48 
 
 		 314 aa  126  5e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  27 
 
 		 314 aa  126  5e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  27 
 
 		 341 aa  126  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 307 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 326 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  27 
 
 		 314 aa  125  8.000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0678941 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.46 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 305 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 331 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 308 aa  123  4e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 310 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  26.76 
 
 		 322 aa  122  9e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3533  leucine transcriptional activator  26.76 
 
 		 318 aa  122  9e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3403  leucine transcriptional activator  26.76 
 
 		 318 aa  122  9e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  26.21 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  26.17 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 300 aa  121  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  26.78 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  29.07 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 317 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  25.77 
 
 		 308 aa  119  7e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 342 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 318 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 308 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0069  leucine transcriptional activator  27.15 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0519  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 329 aa  117  3e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 333 aa  117  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 308 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 310 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 313 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  28.28 
 
 		 324 aa  116  5e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  27.99 
 
 		 319 aa  116  5e-25  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 432 aa  116  5e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 315 aa  115  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 323 aa  116  6e-25  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  27.06 
 
 		 323 aa  115  8.999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 298 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 318 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  27.12 
 
 		 309 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  25.08 
 
 		 317 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  27.12 
 
 		 310 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 305 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  25.75 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 311 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2061  leucine transcriptional activator  27.34 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 314 aa  113  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 324 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001651  transcriptional regulator LysR family  27.65 
 
 		 319 aa  113  5e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 301 aa  112  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 312 aa  112  8.000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 301 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  23.39 
 
 		 300 aa  112  9e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 301 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  27.55 
 
 		 304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.67 
 
 		 309 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8471  transcriptional regulator, LysR family  25.72 
 
 		 341 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376066  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 323 aa  110  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 301 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 319 aa  110  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  27.03 
 
 		 326 aa  110  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>