More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3183 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3183  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  614  1e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3301  LysR family transcriptional regulator  87.5 
 
 		 302 aa  520  1e-146  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000341492 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2903  LysR family transcriptional regulator  64.9 
 
 		 305 aa  410  1e-113  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1430  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 313 aa  342  4e-93  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1460  LysR family transcriptional regulator  55.56 
 
 		 313 aa  342  4e-93  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2924  transcriptional regulator, LysR family  55.22 
 
 		 313 aa  340  2.9999999999999998e-92  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1607  LysR family transcriptional regulator  54.88 
 
 		 314 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1424  LysR family transcriptional regulator  54.88 
 
 		 313 aa  337  1.9999999999999998e-91  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3182  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 300 aa  265  7e-70  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1247  transcriptional regulator, LysR family protein  47.12 
 
 		 318 aa  261  1e-68  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1727  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 304 aa  215  7e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.986753  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 308 aa  152  8.999999999999999e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  31.29 
 
 		 301 aa  146  5e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 310 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0561  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 281 aa  145  1e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000312  transcriptional regulator LysR family  30.1 
 
 		 285 aa  143  3e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3562  transcriptional regulator  29.49 
 
 		 281 aa  143  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3392  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 281 aa  142  5e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2061  leucine transcriptional activator  31.31 
 
 		 321 aa  140  3e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  29.76 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  27.42 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  27.42 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  27.42 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  27.42 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  27.42 
 
 		 314 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  27.42 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  27.42 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  27.42 
 
 		 314 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  28.09 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  28.09 
 
 		 314 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  28.09 
 
 		 341 aa  133  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  28.09 
 
 		 314 aa  132  5e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  28.09 
 
 		 314 aa  132  6e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0678941 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001651  transcriptional regulator LysR family  29 
 
 		 319 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  29.61 
 
 		 319 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  27.52 
 
 		 314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  26.94 
 
 		 322 aa  129  6e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3403  leucine transcriptional activator  26.94 
 
 		 318 aa  129  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3533  leucine transcriptional activator  26.94 
 
 		 318 aa  129  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1282  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.526163  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 331 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  28.42 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  31.74 
 
 		 298 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 317 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0069  leucine transcriptional activator  27.09 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 299 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  27.3 
 
 		 315 aa  119  4.9999999999999996e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  29.33 
 
 		 317 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  26.42 
 
 		 321 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.42 
 
 		 300 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  27.33 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  25.52 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  25.76 
 
 		 314 aa  115  8.999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  25.76 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  27.7 
 
 		 309 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000894  transcriptional regulator LysR family  27.03 
 
 		 280 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 311 aa  113  3e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 315 aa  113  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  25 
 
 		 301 aa  113  5e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 320 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 313 aa  112  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 320 aa  112  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 321 aa  112  7.000000000000001e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 345 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  26.87 
 
 		 308 aa  112  9e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 301 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2748  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388713  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  25.34 
 
 		 310 aa  109  5e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 301 aa  109  6e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 326 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 307 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0764  transcriptional regulator, LysR family  25.18 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0275467  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  27.42 
 
 		 304 aa  108  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 301 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 314 aa  108  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0519  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 329 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 323 aa  107  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 295 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  24.66 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>