More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_000312 on replicon NC_013457
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013457  VEA_000312  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 285 aa  590  1e-167  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3562  transcriptional regulator  51.25 
 
 		 281 aa  314  9e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3392  LysR family transcriptional regulator  51.64 
 
 		 281 aa  306  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0561  LysR family transcriptional regulator  51.27 
 
 		 281 aa  306  3e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000894  transcriptional regulator LysR family  48.13 
 
 		 280 aa  267  2e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1727  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 304 aa  177  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.986753  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3183  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2903  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 305 aa  142  6e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3182  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 300 aa  142  8e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1430  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1460  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1424  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2924  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 313 aa  135  9e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3301  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000341492 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1607  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 314 aa  132  6e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  29.31 
 
 		 319 aa  122  7e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  28.72 
 
 		 324 aa  122  9.999999999999999e-27  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001651  transcriptional regulator LysR family  28.28 
 
 		 319 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  27.15 
 
 		 314 aa  112  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2061  leucine transcriptional activator  28.42 
 
 		 321 aa  112  7.000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  27.15 
 
 		 314 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 308 aa  112  8.000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1247  transcriptional regulator, LysR family protein  26.99 
 
 		 318 aa  112  9e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  27.15 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  27.15 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  28.37 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  27.15 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  27.15 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  27.15 
 
 		 314 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0703  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 305 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0636241 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2748  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 300 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388713  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0718  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21792  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1282  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 306 aa  105  7e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.526163  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 297 aa  105  7e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  27.68 
 
 		 341 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  27.68 
 
 		 314 aa  104  2e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0678941 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  27.68 
 
 		 314 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  27.68 
 
 		 314 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  27.68 
 
 		 314 aa  103  3e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  27.05 
 
 		 314 aa  103  4e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  24 
 
 		 310 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0645  transcriptional regulator, LysR family  23.97 
 
 		 300 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0764  transcriptional regulator, LysR family  24.32 
 
 		 301 aa  100  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0275467  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 301 aa  99  7e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0069  leucine transcriptional activator  29.37 
 
 		 314 aa  98.6  9e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  27.27 
 
 		 315 aa  98.6  1e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0659  LysR family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 286 aa  97.8  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 311 aa  96.3  5e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  24.64 
 
 		 311 aa  94.7  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  22.49 
 
 		 317 aa  94.7  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 306 aa  94.4  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 355 aa  94  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 355 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 355 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 355 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 355 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  23.65 
 
 		 312 aa  93.2  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  26.8 
 
 		 322 aa  91.7  1e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3533  leucine transcriptional activator  26.8 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 333 aa  91.3  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3403  leucine transcriptional activator  26.8 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 321 aa  90.9  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  24.82 
 
 		 316 aa  89.7  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  24.41 
 
 		 309 aa  89.4  7e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  25.27 
 
 		 308 aa  89  8e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 309 aa  89  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 342 aa  88.6  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  24.47 
 
 		 316 aa  88.6  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  22.84 
 
 		 318 aa  87.4  2e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 304 aa  87  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  21.45 
 
 		 317 aa  87.4  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  23 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  25.17 
 
 		 304 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 314 aa  86.3  5e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2041  LysR family transcriptional regulator  24.73 
 
 		 391 aa  85.9  8e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000497451  normal  0.0972832 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0649  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.91 
 
 		 317 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00471226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  24.44 
 
 		 323 aa  85.9  8e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0654  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.91 
 
 		 317 aa  85.9  8e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000955262  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  23 
 
 		 301 aa  85.5  9e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2997  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 317 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000483673  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0681  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.91 
 
 		 317 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000214808  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3016  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.91 
 
 		 317 aa  85.1  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.094496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 318 aa  84.7  0.000000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  22.76 
 
 		 331 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  22.68 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  24.03 
 
 		 323 aa  84.7  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0624  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 315 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  22.49 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  22.18 
 
 		 307 aa  84.7  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  24.29 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3943  LysR family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 388 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.399731  normal  0.68595 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  24.57 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0717  putative DNA-binding transcriptional regulator  24.91 
 
 		 317 aa  84.3  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000430698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3040  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.575858  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  23.78 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>