More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SeD_A0703 on replicon NC_011205
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011205  SeD_A0703  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  627  1e-178  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0636241 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0718  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  613  9.999999999999999e-175  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0645  transcriptional regulator, LysR family  94.63 
 
 		 300 aa  587  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0659  LysR family transcriptional regulator  99.3 
 
 		 286 aa  582  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0764  transcriptional regulator, LysR family  89.6 
 
 		 301 aa  559  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0275467  normal  0.553058 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3021  transcriptional regulator, LysR family  54.18 
 
 		 300 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0655  LysR family transcriptional regulator  54.18 
 
 		 300 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0624  LysR family transcriptional regulator  54.18 
 
 		 300 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3040  LysR family transcriptional regulator  54.18 
 
 		 300 aa  337  9.999999999999999e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.575858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0624  LysR family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 300 aa  332  6e-90  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.754981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0689  transcriptional regulator, LysR family  53.36 
 
 		 300 aa  331  7.000000000000001e-90  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.555049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 308 aa  164  2.0000000000000002e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1164  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.63 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.898654  normal  0.0943675 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0690  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.62 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.869609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0736  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.27 
 
 		 317 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.13566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0676  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.27 
 
 		 317 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000759051  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0794  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.27 
 
 		 317 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0750  putative DNA-binding transcriptional regulator  31.27 
 
 		 317 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.261288  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00598  predicted DNA-binding transcriptional regulator  29.37 
 
 		 317 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133775  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0654  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.37 
 
 		 317 aa  121  9.999999999999999e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000955262  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0649  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.23 
 
 		 317 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00471226  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00587  hypothetical protein  29.37 
 
 		 317 aa  122  9.999999999999999e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.140972  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2997  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 317 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000483673  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0717  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.37 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000430698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3016  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.37 
 
 		 317 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.094496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0681  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.37 
 
 		 317 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000214808  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  26.95 
 
 		 301 aa  113  4.0000000000000004e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3182  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 300 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000312  transcriptional regulator LysR family  24.66 
 
 		 285 aa  109  7.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1727  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.986753  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  23.67 
 
 		 317 aa  105  8e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3301  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000341492 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 308 aa  105  1e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  25.24 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  25.08 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3183  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 302 aa  103  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  27.74 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 332 aa  102  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  24.5 
 
 		 317 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2903  LysR family transcriptional regulator  23.3 
 
 		 305 aa  102  7e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  27.4 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  25.78 
 
 		 319 aa  99.4  6e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001651  transcriptional regulator LysR family  25.44 
 
 		 319 aa  98.2  1e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  31.13 
 
 		 309 aa  97.4  2e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.71 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  24.32 
 
 		 322 aa  97.1  3e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3403  leucine transcriptional activator  24.32 
 
 		 318 aa  97.1  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3533  leucine transcriptional activator  24.32 
 
 		 318 aa  97.1  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 307 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  25.44 
 
 		 315 aa  96.3  6e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 308 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 303 aa  95.5  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  25.99 
 
 		 314 aa  95.1  1e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 308 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  23.76 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 314 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2547  transcriptional regulator, LysR family  22.22 
 
 		 334 aa  93.6  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 308 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1247  transcriptional regulator, LysR family protein  27.37 
 
 		 318 aa  93.2  6e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  23.79 
 
 		 314 aa  92.8  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0678941 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 321 aa  92.4  7e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  26.21 
 
 		 324 aa  92.4  8e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2061  leucine transcriptional activator  25.69 
 
 		 321 aa  92.4  8e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 311 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0032  putative transcriptional regulator  25.16 
 
 		 334 aa  92.4  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.13566  normal  0.0308484 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1282  LysR family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 306 aa  92  9e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.526163  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  23.79 
 
 		 314 aa  92.4  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  25.66 
 
 		 314 aa  92.4  9e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  23.79 
 
 		 314 aa  92.4  9e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  23.79 
 
 		 314 aa  92  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  23.79 
 
 		 341 aa  92  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 315 aa  90.9  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  23.08 
 
 		 314 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0033  putative transcriptional regulator  24.92 
 
 		 334 aa  90.9  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.792057  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  25.63 
 
 		 326 aa  91.3  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0034  putative transcriptional regulator  24.84 
 
 		 334 aa  90.5  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.737803  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 323 aa  90.5  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  23.08 
 
 		 314 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  23.08 
 
 		 314 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  21.71 
 
 		 314 aa  90.1  4e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  23.08 
 
 		 314 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 313 aa  90.1  4e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  23.08 
 
 		 314 aa  90.1  4e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  24.35 
 
 		 312 aa  90.1  4e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  23.08 
 
 		 314 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  22.68 
 
 		 302 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  23.08 
 
 		 314 aa  90.1  5e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1607  LysR family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 314 aa  89.7  6e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  22.56 
 
 		 314 aa  89.4  7e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1430  LysR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 313 aa  88.6  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 310 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1460  LysR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 313 aa  88.6  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 345 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1424  LysR family transcriptional regulator  24.37 
 
 		 313 aa  87.4  2e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 320 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2924  transcriptional regulator, LysR family  24.37 
 
 		 313 aa  87.8  2e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0033  putative transcriptional regulator  24.84 
 
 		 334 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.408975  normal  0.0813593 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  22.78 
 
 		 320 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  26.02 
 
 		 310 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>