More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SNSL254_A0659 on replicon NC_011080
Organism: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011080  SNSL254_A0659  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 286 aa  588  1e-167  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0718  LysR family transcriptional regulator  99.3 
 
 		 300 aa  586  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21792  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0703  LysR family transcriptional regulator  99.3 
 
 		 305 aa  582  1.0000000000000001e-165  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0636241 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0645  transcriptional regulator, LysR family  93.71 
 
 		 300 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0764  transcriptional regulator, LysR family  88.46 
 
 		 301 aa  532  1e-150  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0275467  normal  0.553058 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0624  LysR family transcriptional regulator  51.76 
 
 		 300 aa  308  6.999999999999999e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3021  transcriptional regulator, LysR family  51.76 
 
 		 300 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0655  LysR family transcriptional regulator  51.76 
 
 		 300 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3040  LysR family transcriptional regulator  51.76 
 
 		 300 aa  307  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.575858  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0689  transcriptional regulator, LysR family  51.06 
 
 		 300 aa  303  2.0000000000000002e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.555049  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0624  LysR family transcriptional regulator  51.42 
 
 		 300 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.754981  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 308 aa  152  8.999999999999999e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1164  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.35 
 
 		 317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.898654  normal  0.0943675 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0690  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.04 
 
 		 317 aa  124  1e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.869609  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0736  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.68 
 
 		 317 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.13566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0676  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.68 
 
 		 317 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000759051  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0794  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.68 
 
 		 317 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0750  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.68 
 
 		 317 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.261288  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00598  predicted DNA-binding transcriptional regulator  28.06 
 
 		 317 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.133775  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00587  hypothetical protein  28.06 
 
 		 317 aa  111  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.140972  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0654  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.06 
 
 		 317 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000955262  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0649  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.9 
 
 		 317 aa  110  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00471226  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2997  transcriptional regulator, LysR family  28.06 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000483673  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3016  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.06 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.094496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0681  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.06 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000214808  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0717  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.06 
 
 		 317 aa  110  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000430698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  25.77 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3182  LysR family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 300 aa  97.4  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 308 aa  97.4  2e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000312  transcriptional regulator LysR family  23.51 
 
 		 285 aa  97.8  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3301  LysR family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000341492 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  27.4 
 
 		 298 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  27.05 
 
 		 298 aa  94  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  22.57 
 
 		 317 aa  94  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 305 aa  94.4  2e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  24.21 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3183  LysR family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 302 aa  93.2  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 332 aa  92.4  7e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1727  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 304 aa  92.4  7e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.986753  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  22.62 
 
 		 298 aa  91.3  1e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2903  LysR family transcriptional regulator  23.16 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  23.26 
 
 		 317 aa  90.1  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  24.37 
 
 		 319 aa  88.6  1e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1282  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.526163  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001651  transcriptional regulator LysR family  24.37 
 
 		 319 aa  87.8  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3533  leucine transcriptional activator  22.89 
 
 		 318 aa  86.3  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3403  leucine transcriptional activator  22.89 
 
 		 318 aa  86.3  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  22.89 
 
 		 322 aa  86.3  5e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 309 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.51 
 
 		 309 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  25.42 
 
 		 314 aa  85.9  8e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 303 aa  85.9  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  24.01 
 
 		 315 aa  85.5  8e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  22.43 
 
 		 300 aa  85.5  9e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 308 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1247  transcriptional regulator, LysR family protein  26.35 
 
 		 318 aa  83.6  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 301 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 321 aa  83.2  0.000000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  25.18 
 
 		 324 aa  82.8  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  25.08 
 
 		 314 aa  82.8  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0032  putative transcriptional regulator  24.49 
 
 		 334 aa  82.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.13566  normal  0.0308484 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3562  transcriptional regulator  23 
 
 		 281 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 308 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  22.42 
 
 		 314 aa  82.4  0.000000000000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0678941 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 314 aa  82  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  22.42 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  22.42 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  21.65 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  22.42 
 
 		 314 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  22.42 
 
 		 341 aa  81.6  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0033  putative transcriptional regulator  24.23 
 
 		 334 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.792057  normal  0.102163 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0034  putative transcriptional regulator  24.83 
 
 		 334 aa  80.9  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.737803  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3392  LysR family transcriptional regulator  22.46 
 
 		 281 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 302 aa  80.9  0.00000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 315 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  23.96 
 
 		 313 aa  80.5  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2061  leucine transcriptional activator  24.29 
 
 		 321 aa  80.5  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  21.65 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  21.65 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 311 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  21.65 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  20.68 
 
 		 314 aa  80.1  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  21.65 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  21.65 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  21.65 
 
 		 314 aa  79.7  0.00000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0561  LysR family transcriptional regulator  22.46 
 
 		 281 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  21.11 
 
 		 314 aa  79  0.00000000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1607  LysR family transcriptional regulator  21.64 
 
 		 314 aa  78.6  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  22 
 
 		 302 aa  78.2  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0033  putative transcriptional regulator  24.15 
 
 		 334 aa  78.6  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.408975  normal  0.0813593 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  24.06 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  23.83 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  24.66 
 
 		 326 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 301 aa  77  0.0000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1430  LysR family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1460  LysR family transcriptional regulator  22.96 
 
 		 313 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>