More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr4_3392 on replicon NC_008321
Organism: Shewanella sp. MR-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3392  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 281 aa  580  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0561  LysR family transcriptional regulator  98.93 
 
 		 281 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3562  transcriptional regulator  85.77 
 
 		 281 aa  500  1e-140  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000312  transcriptional regulator LysR family  51.64 
 
 		 285 aa  306  2.0000000000000002e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000894  transcriptional regulator LysR family  36.94 
 
 		 280 aa  211  1e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1727  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 304 aa  156  3e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.986753  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1430  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 313 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1460  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 313 aa  151  8.999999999999999e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1607  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1424  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 313 aa  150  2e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2924  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 313 aa  149  4e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3183  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 302 aa  142  5e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2903  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 305 aa  133  3e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3301  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000341492 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3182  LysR family transcriptional regulator  26.78 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  30.8 
 
 		 324 aa  127  2.0000000000000002e-28  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2061  leucine transcriptional activator  30.21 
 
 		 321 aa  124  2e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1247  transcriptional regulator, LysR family protein  30.04 
 
 		 318 aa  123  3e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001651  transcriptional regulator LysR family  29.9 
 
 		 319 aa  123  3e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  29.9 
 
 		 319 aa  122  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  26.83 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  26.83 
 
 		 341 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  26.83 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  26.83 
 
 		 314 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  26.83 
 
 		 314 aa  108  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0678941 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 317 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  25.86 
 
 		 314 aa  107  2e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  25.86 
 
 		 314 aa  105  7e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  25.86 
 
 		 314 aa  105  7e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  25.86 
 
 		 314 aa  105  7e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  25.86 
 
 		 314 aa  105  7e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  25.86 
 
 		 314 aa  105  7e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  25.86 
 
 		 314 aa  105  7e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  25.86 
 
 		 314 aa  105  7e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  24.91 
 
 		 314 aa  105  8e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  25.67 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  24.41 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  27.49 
 
 		 301 aa  103  3e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  26.21 
 
 		 315 aa  102  6e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  24.83 
 
 		 322 aa  98.6  9e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3403  leucine transcriptional activator  24.83 
 
 		 318 aa  99  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3533  leucine transcriptional activator  24.83 
 
 		 318 aa  99  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1282  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 306 aa  96.7  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.526163  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2748  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388713  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 308 aa  94.7  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 311 aa  93.2  4e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 301 aa  93.2  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  25.68 
 
 		 308 aa  92.8  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  24.41 
 
 		 309 aa  92  8e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  24.14 
 
 		 300 aa  92  9e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 307 aa  92  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0069  leucine transcriptional activator  25.52 
 
 		 314 aa  91.3  2e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 319 aa  91.3  2e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 323 aa  90.9  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  24.4 
 
 		 331 aa  90.5  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  23.96 
 
 		 323 aa  90.1  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 321 aa  90.5  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 315 aa  89.7  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 312 aa  89.7  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 300 aa  89.4  6e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 311 aa  89.4  7e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  23.93 
 
 		 311 aa  89.4  7e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 312 aa  89  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  23.23 
 
 		 310 aa  88.2  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 355 aa  88.6  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 355 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 355 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 355 aa  88.6  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  26.03 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 355 aa  88.6  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6204  LysR family transcriptional regulator  24.16 
 
 		 326 aa  87.4  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 308 aa  87.4  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  23.88 
 
 		 300 aa  87.4  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  23.15 
 
 		 301 aa  85.9  6e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  24.56 
 
 		 318 aa  84.7  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  23.49 
 
 		 313 aa  85.5  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0703  LysR family transcriptional regulator  22.34 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0636241 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0718  LysR family transcriptional regulator  22.41 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  24.3 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0649  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.3 
 
 		 317 aa  83.6  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00471226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  23.88 
 
 		 318 aa  83.2  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  20.95 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0645  transcriptional regulator, LysR family  21.72 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0717  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.65 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000430698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  25.36 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0690  putative DNA-binding transcriptional regulator  21.68 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.869609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 308 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  24.23 
 
 		 314 aa  82.4  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 301 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  25.52 
 
 		 316 aa  82  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  24.23 
 
 		 314 aa  82  0.000000000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>