More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_2748 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_2748  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  611  9.999999999999999e-175  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388713  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1727  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.986753  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3182  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 300 aa  136  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 308 aa  135  6.0000000000000005e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1607  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1430  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 313 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1460  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 313 aa  126  5e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 305 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1424  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2924  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 313 aa  123  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  29.35 
 
 		 314 aa  116  5e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1535  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 301 aa  115  6.9999999999999995e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.418397  hitchhiker  0.00238453 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  26.17 
 
 		 300 aa  115  7.999999999999999e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  29.01 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  28.81 
 
 		 322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3533  leucine transcriptional activator  28.81 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3403  leucine transcriptional activator  28.81 
 
 		 318 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2903  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  29.01 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  29.01 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  29.01 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  29.01 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  29.01 
 
 		 314 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  28.43 
 
 		 310 aa  112  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  28.67 
 
 		 315 aa  112  7.000000000000001e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  24.24 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3183  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  28.77 
 
 		 314 aa  110  3e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  28.92 
 
 		 314 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  28.92 
 
 		 314 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  28.92 
 
 		 341 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  28.92 
 
 		 314 aa  109  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0678941 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000312  transcriptional regulator LysR family  28.37 
 
 		 285 aa  108  8.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  28.92 
 
 		 314 aa  108  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  30.58 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 307 aa  108  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 308 aa  107  2e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  26.28 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 307 aa  106  4e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001651  transcriptional regulator LysR family  28.72 
 
 		 319 aa  105  9e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  27.36 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  25.93 
 
 		 308 aa  103  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  28.42 
 
 		 324 aa  102  6e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2061  leucine transcriptional activator  27.68 
 
 		 321 aa  102  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 305 aa  102  7e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 305 aa  102  7e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0069  leucine transcriptional activator  28.67 
 
 		 314 aa  102  8e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 298 aa  102  9e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3301  LysR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 302 aa  101  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000341492 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 315 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  26.82 
 
 		 319 aa  100  3e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 312 aa  100  4e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3033  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 312 aa  99.8  5e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  26.51 
 
 		 301 aa  99.8  5e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1282  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 306 aa  99.4  6e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.526163  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 305 aa  99  8e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1247  transcriptional regulator, LysR family protein  26.17 
 
 		 318 aa  99  8e-20  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4733  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 310 aa  99  9e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.7616 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  27.09 
 
 		 314 aa  98.2  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3196  nodulation protein d1  26.58 
 
 		 312 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.763305  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 301 aa  98.2  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 304 aa  98.2  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0561  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 281 aa  98.2  1e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 		 314 aa  97.8  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  27.52 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  24.41 
 
 		 298 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 304 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 307 aa  97.4  3e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 305 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 301 aa  96.7  4e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  25.08 
 
 		 333 aa  96.7  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 301 aa  97.1  4e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  27.09 
 
 		 301 aa  96.7  4e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 306 aa  96.3  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3392  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 281 aa  96.3  5e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  26.01 
 
 		 326 aa  96.7  5e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 303 aa  95.9  7e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3118  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 310 aa  95.9  7e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 306 aa  95.9  7e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 309 aa  95.5  9e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6183  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 311 aa  95.5  9e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.543426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 306 aa  95.5  9e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4915  transcriptional regulator, LysR family  26.49 
 
 		 315 aa  95.1  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 301 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 308 aa  94  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3833  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 308 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  25 
 
 		 301 aa  94.4  2e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 316 aa  94.4  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.66 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 307 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>