More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YpsIP31758_3403 on replicon NC_009708
Organism: Yersinia pseudotuberculosis IP 31758



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009708  YpsIP31758_3403  leucine transcriptional activator  100 
 
 
318 aa  661    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  100 
 
 
322 aa  661    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3533  leucine transcriptional activator  100 
 
 
318 aa  661    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  65.99 
 
 
314 aa  415  9.999999999999999e-116  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  66.55 
 
 
341 aa  414  9.999999999999999e-116  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  66.55 
 
 
314 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0678941 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  66.55 
 
 
314 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  66.21 
 
 
314 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  66.55 
 
 
314 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  64.83 
 
 
314 aa  404  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  64.83 
 
 
314 aa  404  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  64.83 
 
 
314 aa  404  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  64.83 
 
 
314 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  64.83 
 
 
314 aa  404  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  64.83 
 
 
314 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  64.83 
 
 
314 aa  405  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  62.22 
 
 
315 aa  406  1.0000000000000001e-112  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  64.83 
 
 
314 aa  403  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0069  leucine transcriptional activator  64.48 
 
 
314 aa  392  1e-108  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001651  transcriptional regulator LysR family  53.82 
 
 
319 aa  323  2e-87  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  53.12 
 
 
319 aa  319  3e-86  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2061  leucine transcriptional activator  53.82 
 
 
321 aa  313  1.9999999999999998e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  50.16 
 
 
324 aa  313  2.9999999999999996e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 
308 aa  154  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  30.51 
 
 
317 aa  152  7e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 
317 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3033  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
312 aa  149  5e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 
331 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
311 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  32.97 
 
 
311 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
355 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
355 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
355 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
355 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 
320 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 
320 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 
355 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 
345 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
311 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
308 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
307 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  25.17 
 
 
301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 
333 aa  139  6e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2687  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
322 aa  139  7e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522497  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 
308 aa  139  7e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 
308 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
298 aa  138  1e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 
311 aa  138  1e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  28.75 
 
 
323 aa  137  2e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 
313 aa  138  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 
310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 
316 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  28.76 
 
 
300 aa  136  4e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 
314 aa  136  5e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  30.94 
 
 
301 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.15 
 
 
309 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
301 aa  135  8e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
314 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 
315 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 
305 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 
301 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  28.97 
 
 
298 aa  134  3e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 
301 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 
301 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 
301 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 
305 aa  134  3e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  30.82 
 
 
309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  30.17 
 
 
310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 
310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  28.42 
 
 
308 aa  132  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  30.32 
 
 
321 aa  132  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 
301 aa  133  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
300 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  29.49 
 
 
299 aa  132  6e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
300 aa  132  6e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4276  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 
309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.580603 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 
301 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 
301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 
314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 
303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 
314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 
326 aa  130  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3183  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 
302 aa  129  6e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 
312 aa  129  6e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 
305 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 
302 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 
299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 
319 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  27.52 
 
 
302 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  27.1 
 
 
342 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 
298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 
310 aa  127  3e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  28.18 
 
 
321 aa  127  3e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 
306 aa  127  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 
308 aa  127  3e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3118  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 
310 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  30.15 
 
 
297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  30.15 
 
 
297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.981327 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>