More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_1607 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_1607  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
314 aa  647    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1460  LysR family transcriptional regulator  93.51 
 
 
313 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2924  transcriptional regulator, LysR family  93.18 
 
 
313 aa  597  1e-170  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1430  LysR family transcriptional regulator  93.51 
 
 
313 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1424  LysR family transcriptional regulator  92.86 
 
 
313 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3183  LysR family transcriptional regulator  54.88 
 
 
302 aa  337  9.999999999999999e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3301  LysR family transcriptional regulator  52.6 
 
 
302 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000341492 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2903  LysR family transcriptional regulator  50.33 
 
 
305 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3182  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 
300 aa  278  1e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1247  transcriptional regulator, LysR family protein  43.99 
 
 
318 aa  231  1e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1727  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 
304 aa  195  1e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.986753  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0561  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
281 aa  152  5e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  29.93 
 
 
301 aa  152  7e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3392  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 
281 aa  150  2e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3562  transcriptional regulator  30.77 
 
 
281 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  29.19 
 
 
314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  29.19 
 
 
314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  29.19 
 
 
314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  29.19 
 
 
341 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  29.19 
 
 
314 aa  136  5e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0678941 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  27.85 
 
 
314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  27.85 
 
 
314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  27.85 
 
 
314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  27.85 
 
 
314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  27.85 
 
 
314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  27.85 
 
 
314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  27.85 
 
 
314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  27.85 
 
 
314 aa  134  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000312  transcriptional regulator LysR family  27.62 
 
 
285 aa  132  6e-30  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  29.73 
 
 
324 aa  132  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 
317 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  29.8 
 
 
298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  29.53 
 
 
298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  27.81 
 
 
314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  27.85 
 
 
315 aa  130  4.0000000000000003e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 
331 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2748  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 
300 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388713  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  29.25 
 
 
317 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 
308 aa  126  4.0000000000000003e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000894  transcriptional regulator LysR family  27.68 
 
 
280 aa  122  6e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001651  transcriptional regulator LysR family  30.64 
 
 
319 aa  122  7e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
310 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  30.64 
 
 
319 aa  121  1.9999999999999998e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 
313 aa  120  3e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  28 
 
 
314 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 
301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  28.04 
 
 
321 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2061  leucine transcriptional activator  29.87 
 
 
321 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  27.67 
 
 
314 aa  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 
318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 
315 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0069  leucine transcriptional activator  27.52 
 
 
314 aa  115  7.999999999999999e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1282  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 
306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.526163  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  28.91 
 
 
306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 
310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3403  leucine transcriptional activator  26.28 
 
 
318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  26.28 
 
 
322 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3533  leucine transcriptional activator  26.28 
 
 
318 aa  113  4.0000000000000004e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 
305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 
311 aa  113  5e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  27.6 
 
 
311 aa  113  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 
355 aa  112  6e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 
355 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 
355 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 
355 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 
355 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 
311 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 
301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 
301 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 
300 aa  109  8.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  27.21 
 
 
300 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 
298 aa  108  1e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  25.73 
 
 
314 aa  107  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  26.21 
 
 
341 aa  107  2e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  27.3 
 
 
318 aa  106  4e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  27.99 
 
 
308 aa  107  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 
301 aa  106  4e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 
320 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  26.21 
 
 
327 aa  106  5e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 
320 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 
330 aa  105  7e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 
345 aa  105  7e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  26.88 
 
 
301 aa  105  9e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 
310 aa  104  2e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8471  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 
341 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376066  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
305 aa  103  3e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 
323 aa  103  3e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  26.12 
 
 
314 aa  103  4e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  24.75 
 
 
316 aa  103  4e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 
432 aa  103  4e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3025  transcriptional regulator MexT  26.9 
 
 
308 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 
301 aa  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  25.16 
 
 
322 aa  102  8e-21  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  25.55 
 
 
322 aa  102  8e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  25.32 
 
 
324 aa  102  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 
318 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 
295 aa  101  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  25.79 
 
 
323 aa  101  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 
298 aa  100  3e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>