More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_3562 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_3562  transcriptional regulator  100 
 
 		 281 aa  580  1.0000000000000001e-165  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0561  LysR family transcriptional regulator  85.77 
 
 		 281 aa  501  1e-141  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3392  LysR family transcriptional regulator  85.77 
 
 		 281 aa  500  1e-140  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000312  transcriptional regulator LysR family  51.25 
 
 		 285 aa  314  9e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000894  transcriptional regulator LysR family  36.94 
 
 		 280 aa  203  3e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1727  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 304 aa  168  8e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.986753  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1430  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1607  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1460  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 313 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1424  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 313 aa  146  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2924  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 313 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3183  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2903  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 305 aa  139  7e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3182  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3301  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000341492 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1247  transcriptional regulator, LysR family protein  28.31 
 
 		 318 aa  119  6e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2749  leucine transcriptional activator  29.55 
 
 		 324 aa  117  3e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  27.59 
 
 		 319 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1282  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 306 aa  112  6e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.526163  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2061  leucine transcriptional activator  28.04 
 
 		 321 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001651  transcriptional regulator LysR family  28.47 
 
 		 319 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0623  leucine transcriptional activator  25.6 
 
 		 314 aa  109  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0252202 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0124  leucine transcriptional activator  26.39 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.442889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0131  leucine transcriptional activator  26.39 
 
 		 341 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0127  leucine transcriptional activator  26.39 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0126  leucine transcriptional activator  26.39 
 
 		 314 aa  108  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.44493  hitchhiker  0.00376656 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0131  leucine transcriptional activator  26.39 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0678941 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  24.33 
 
 		 317 aa  105  7e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000302  transcriptional regulator LysR family  25.42 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0081  leucine transcriptional activator  24.83 
 
 		 314 aa  102  6e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1974  LysR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 317 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  26.21 
 
 		 315 aa  101  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00078  leucine transcriptional activator  24.83 
 
 		 314 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00077  hypothetical protein  24.83 
 
 		 314 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3523  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 314 aa  101  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3403  leucine transcriptional activator  25.87 
 
 		 318 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  25.87 
 
 		 322 aa  101  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0084  leucine transcriptional activator  24.83 
 
 		 314 aa  100  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3581  leucine transcriptional activator  24.83 
 
 		 314 aa  101  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.313803  hitchhiker  0.000946626 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3533  leucine transcriptional activator  25.87 
 
 		 318 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0081  leucine transcriptional activator  24.83 
 
 		 314 aa  101  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.669516  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0078  leucine transcriptional activator  24.83 
 
 		 314 aa  101  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 312 aa  99  7e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  23.79 
 
 		 310 aa  98.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  25.52 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 301 aa  93.6  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0310  LysR family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 308 aa  92.4  7e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3905  transcriptional regulator, LysR family  22.26 
 
 		 327 aa  92  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2331  LysR family transcriptional regulator  23.05 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2748  LysR family transcriptional regulator  24.74 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.388713  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 331 aa  91.3  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 301 aa  91.3  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  25.68 
 
 		 303 aa  91.3  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  25.36 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 315 aa  89.7  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  23.18 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 323 aa  87.4  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 308 aa  87.8  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  23.69 
 
 		 311 aa  87  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  23.69 
 
 		 309 aa  86.7  4e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  22.9 
 
 		 313 aa  86.7  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0645  transcriptional regulator, LysR family  23.02 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 323 aa  86.3  5e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  22.15 
 
 		 313 aa  86.3  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0718  LysR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 300 aa  86.3  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.21792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0069  leucine transcriptional activator  24.48 
 
 		 314 aa  85.9  6e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  22.08 
 
 		 321 aa  86.3  6e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0703  LysR family transcriptional regulator  22.87 
 
 		 305 aa  85.9  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0636241 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  24.29 
 
 		 323 aa  85.5  9e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  23.69 
 
 		 308 aa  84.7  0.000000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  23.34 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  23.34 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 333 aa  84  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 355 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 355 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 355 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 355 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  23.57 
 
 		 355 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  21.28 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  22.64 
 
 		 319 aa  82.8  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  20.61 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0659  LysR family transcriptional regulator  23 
 
 		 286 aa  82.8  0.000000000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  21.32 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  22.84 
 
 		 318 aa  82  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1227  LysR family transcriptional regulator  23.37 
 
 		 302 aa  81.6  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.268765  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  20.96 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  23.75 
 
 		 314 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0690  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.15 
 
 		 317 aa  81.3  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.869609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0649  putative DNA-binding transcriptional regulator  21.25 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00471226  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  23.75 
 
 		 314 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  22.07 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0736  putative DNA-binding transcriptional regulator  21.8 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.13566  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0794  putative DNA-binding transcriptional regulator  21.8 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.659097  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0750  putative DNA-binding transcriptional regulator  21.8 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.261288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0676  putative DNA-binding transcriptional regulator  21.8 
 
 		 317 aa  80.1  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000759051  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 297 aa  79.7  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0717  putative DNA-binding transcriptional regulator  21.53 
 
 		 317 aa  79.7  0.00000000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000430698  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  23.55 
 
 		 309 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1164  putative DNA-binding transcriptional regulator  22.54 
 
 		 317 aa  79.7  0.00000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.898654  normal  0.0943675 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>