More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_2704 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 323 aa  636    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 324 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8471  transcriptional regulator, LysR family  37.9 
 
 		 341 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376066  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3640  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 327 aa  168  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.525425  normal  0.47067 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 342 aa  165  8e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 309 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 319 aa  163  5.0000000000000005e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 326 aa  162  8.000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 307 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 308 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 334 aa  160  3e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 310 aa  160  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 307 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 319 aa  155  7e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  32.92 
 
 		 302 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 323 aa  154  2e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 314 aa  153  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 298 aa  153  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 302 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 306 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 305 aa  149  6e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 305 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  32.27 
 
 		 314 aa  149  7e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  32.15 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  32.15 
 
 		 305 aa  149  8e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 322 aa  149  9e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 309 aa  149  9e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 318 aa  149  9e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 299 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.62 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.49 
 
 		 300 aa  146  4.0000000000000006e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  32.05 
 
 		 316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 323 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 332 aa  146  4.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 307 aa  146  6e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 333 aa  145  6e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 305 aa  145  7.0000000000000006e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 308 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 323 aa  145  9e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 320 aa  145  9e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 432 aa  144  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  31.43 
 
 		 321 aa  144  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2687  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 322 aa  143  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 308 aa  142  8e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 300 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  31.48 
 
 		 308 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 328 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 331 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 327 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 318 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 299 aa  139  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 310 aa  139  6e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 318 aa  139  8.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 308 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  31.11 
 
 		 298 aa  139  8.999999999999999e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 336 aa  139  8.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 321 aa  139  8.999999999999999e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  34.83 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3533  leucine transcriptional activator  28.75 
 
 		 318 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2934  leucine transcriptional activator  28.75 
 
 		 322 aa  137  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.594963  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3403  leucine transcriptional activator  28.75 
 
 		 318 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  30.97 
 
 		 311 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 308 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0746  leucine transcriptional activator  27.92 
 
 		 315 aa  137  4e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  28.76 
 
 		 347 aa  136  4e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 323 aa  136  4e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 306 aa  136  4e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 326 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 314 aa  136  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  29.25 
 
 		 314 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 307 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  32.72 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  29.13 
 
 		 308 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.49 
 
 		 330 aa  134  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1751  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 299 aa  135  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4326  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>