More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6977 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 324 aa  648    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8471  transcriptional regulator, LysR family  46.23 
 
 		 341 aa  281  9e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376066  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  39.16 
 
 		 323 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 324 aa  189  5.999999999999999e-47  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3640  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 327 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.525425  normal  0.47067 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  33.23 
 
 		 300 aa  162  9e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.12 
 
 		 300 aa  160  4e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 317 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  33.84 
 
 		 323 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  33.84 
 
 		 323 aa  152  5e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 		 316 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 302 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 310 aa  151  2e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 306 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 307 aa  150  4e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 305 aa  149  5e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  31.65 
 
 		 304 aa  149  6e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 306 aa  149  6e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 301 aa  149  6e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.49 
 
 		 309 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 333 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1724  transcriptional regulator  29.52 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000109192 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 309 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  30.49 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2687  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 322 aa  147  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522497  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 313 aa  146  4.0000000000000006e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 320 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 320 aa  146  6e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 308 aa  145  7.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 315 aa  145  7.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 307 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 345 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  27.1 
 
 		 309 aa  145  9e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  31.66 
 
 		 302 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 331 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 308 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  33.97 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  32.48 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 322 aa  142  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 299 aa  142  6e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 432 aa  142  7e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 315 aa  142  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 314 aa  142  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 318 aa  142  7e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  30.67 
 
 		 304 aa  142  9.999999999999999e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 315 aa  142  9.999999999999999e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  27.27 
 
 		 347 aa  140  3e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  33.12 
 
 		 299 aa  140  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  30.28 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  30.28 
 
 		 304 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 311 aa  139  6e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0100  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 318 aa  139  6e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183121  normal  0.148828 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  32.71 
 
 		 326 aa  139  7.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1583  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.44 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  30.96 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 312 aa  136  5e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2441  hypothetical protein  27.5 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 316 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 316 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 322 aa  135  8e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 309 aa  135  8e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  31.31 
 
 		 312 aa  135  9e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1318  LysR family transcriptional regulator  34.19 
 
 		 300 aa  135  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  28.8 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  26.28 
 
 		 304 aa  134  9.999999999999999e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  28.8 
 
 		 305 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1145  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.610214  normal  0.415034 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 298 aa  134  3e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 332 aa  133  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  31.35 
 
 		 311 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  29.58 
 
 		 319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 321 aa  133  3.9999999999999996e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 355 aa  133  5e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0112  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 319 aa  132  6e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  28.7 
 
 		 309 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>