More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1145 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1145  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.610214  normal  0.415034 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  36.99 
 
 		 299 aa  173  3.9999999999999995e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 314 aa  170  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 301 aa  168  9e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 321 aa  165  8e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  31.97 
 
 		 300 aa  159  6e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  31.95 
 
 		 316 aa  157  2e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 309 aa  156  5.0000000000000005e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 315 aa  155  7e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 307 aa  155  9e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  36.49 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 315 aa  153  4e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 307 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 307 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 307 aa  152  5e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 307 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 307 aa  152  5e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 314 aa  152  5.9999999999999996e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 307 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 308 aa  152  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 329 aa  150  2e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 316 aa  150  2e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2999  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 333 aa  150  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.4449  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 329 aa  150  4e-35  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  31.13 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  33.33 
 
 		 304 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 317 aa  147  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  146  5e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 432 aa  145  9e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 299 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  31.42 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 331 aa  145  1e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  32.9 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 298 aa  145  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 305 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.78 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 315 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 315 aa  144  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 307 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 314 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 323 aa  144  3e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 308 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 310 aa  143  5e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 308 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3905  transcriptional regulator, LysR family  31 
 
 		 327 aa  142  5e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  32.6 
 
 		 323 aa  142  7e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  31.63 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 		 309 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  34.65 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  34.65 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 315 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 322 aa  140  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  32.34 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  32.26 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 326 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 320 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 309 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 307 aa  139  4.999999999999999e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 332 aa  139  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3459  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 325 aa  139  6e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.151094 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 336 aa  139  6e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0144  transcription regulator protein  34.78 
 
 		 321 aa  139  7.999999999999999e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 308 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3789  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 305 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1482  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0547838 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 313 aa  138  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 329 aa  137  2e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 333 aa  136  3.0000000000000003e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2289  transcriptional regulator, LysR family  37.86 
 
 		 311 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.317043  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  31.58 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  31.7 
 
 		 317 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 306 aa  136  5e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 305 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 310 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  30.85 
 
 		 317 aa  135  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 314 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 394 aa  135  8e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 319 aa  135  9e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 306 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0794  transcriptional regulator, LysR family protein  30.26 
 
 		 301 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>