More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3640 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3640  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 327 aa  658    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.525425  normal  0.47067 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  39.94 
 
 		 324 aa  222  4.9999999999999996e-57  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2687  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 322 aa  193  3e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.522497  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8471  transcriptional regulator, LysR family  36.48 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376066  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 323 aa  168  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  34.28 
 
 		 302 aa  165  8e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 324 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 298 aa  159  6e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  34.27 
 
 		 310 aa  155  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 326 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 307 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 310 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3909  transcriptional regulator, LysR family  35.56 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  34.49 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  33.02 
 
 		 319 aa  147  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  33.02 
 
 		 316 aa  147  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 305 aa  146  6e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  33.23 
 
 		 299 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  32.7 
 
 		 319 aa  144  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  33.75 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 		 307 aa  143  4e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 311 aa  142  8e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4339  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.23 
 
 		 330 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 323 aa  141  1.9999999999999998e-32  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2248  transcriptional regulator, LysR family  33.43 
 
 		 316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0456314  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 309 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  31.49 
 
 		 302 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.617715 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 332 aa  140  3e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 307 aa  140  3e-32  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 300 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 308 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 301 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 307 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 311 aa  139  7e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  32.78 
 
 		 311 aa  139  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 307 aa  139  7e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  32.73 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3200  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 355 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.652853  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1329  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 355 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 312 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2309  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 355 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A3073  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 355 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1042  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 355 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.110992  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 318 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 319 aa  137  4e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 308 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 308 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0345  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.476042  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1527  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0378  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1717  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0449608  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 315 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1258  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 313 aa  135  8e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 315 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  31.27 
 
 		 316 aa  135  9e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  33.97 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 326 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 329 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2911  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.960464  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 297 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  33.97 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 322 aa  134  9.999999999999999e-31  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3883  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 326 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.79 
 
 		 300 aa  133  3e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 394 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  32.49 
 
 		 308 aa  133  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 342 aa  133  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 301 aa  132  6e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 329 aa  132  6e-30  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.65 
 
 		 300 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 309 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 313 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0894  LysR family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.517609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2419  LysR family transcriptional regulator  33.65 
 
 		 342 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.349153  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 301 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 317 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1942  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.247873  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0796  transcriptional regulator, LysR family  34.16 
 
 		 326 aa  130  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.473428  normal  0.137552 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1869  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0145349 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 315 aa  130  4.0000000000000003e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 320 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 321 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 320 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 309 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 309 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>