More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1724 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1724  transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  623  1e-177  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000109192 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3988  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 324 aa  157  2e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3495  regulatory protein, LysR  31.03 
 
 		 322 aa  150  2e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.268712  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 329 aa  148  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 329 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 312 aa  146  4.0000000000000006e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1767  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 336 aa  144  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.406374  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0253  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 320 aa  144  2e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  32.34 
 
 		 307 aa  142  5e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6977  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 324 aa  143  5e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  29.64 
 
 		 316 aa  142  5e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2042  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 314 aa  142  8e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.557762  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  29.11 
 
 		 314 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 319 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 317 aa  140  1.9999999999999998e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1311  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 321 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.20499  normal  0.840284 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0324  LysR family transcriptional regulator  32.15 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4139  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 323 aa  137  2e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1755  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 317 aa  136  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0253  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 318 aa  136  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.88055 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 314 aa  135  9e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3385  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.521059  normal  0.192926 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  31.79 
 
 		 321 aa  135  9.999999999999999e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 329 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  29.3 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 307 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2971  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 313 aa  132  6.999999999999999e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1036  transcriptional regulator of LysR family protein  29.77 
 
 		 313 aa  132  6.999999999999999e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5461  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 325 aa  132  7.999999999999999e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 310 aa  132  9e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  28.62 
 
 		 300 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0296  transcriptional regulator, LysR family protein  28.71 
 
 		 327 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.35272  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 300 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0195  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 323 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 330 aa  129  9.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 318 aa  128  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0195  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 323 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 278 aa  127  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4272  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0731118 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 334 aa  127  3e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  27.39 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 298 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 298 aa  126  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001991  transcriptional regulator  31.25 
 
 		 314 aa  125  7e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 323 aa  125  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 322 aa  124  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0800  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 326 aa  125  1e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.914712  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 297 aa  124  2e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3957  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3940  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 310 aa  123  3e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 304 aa  122  6e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00455  transcriptional regulator  30.56 
 
 		 341 aa  122  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 309 aa  122  7e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 310 aa  122  7e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3824  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 319 aa  122  9e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6227  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.67 
 
 		 334 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0896126  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.24 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2305  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089985 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  29.32 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4556  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 321 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 301 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3751  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 319 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2235  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.130762  decreased coverage  0.000140411 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 313 aa  120  3e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2446  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 327 aa  120  3e-26  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3949  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 319 aa  120  3e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002079  LysR-family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 313 aa  120  3.9999999999999996e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 298 aa  119  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4024  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 308 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.715762  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2248  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0456314  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  27.85 
 
 		 302 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 308 aa  119  6e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 304 aa  119  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 316 aa  119  6e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3500  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 313 aa  119  6e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0910886  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 302 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8471  transcriptional regulator, LysR family  29.02 
 
 		 341 aa  119  7.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376066  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 301 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 311 aa  119  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  27.81 
 
 		 319 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3026  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000551  transcriptional regulator  29.41 
 
 		 304 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  27.81 
 
 		 319 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1595  transcriptional regulator, LysR family  29.04 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.654422  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  29.21 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 333 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 309 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1258  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 313 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2911  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 333 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.960464  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>