More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2074 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2074  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  624  1e-178  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.572241 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3669  LysR family transcriptional regulator  99.67 
 
 		 322 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.654811 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1584  LysR family transcriptional regulator  96.36 
 
 		 324 aa  565  1e-160  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.275662 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1383  LysR family transcriptional regulator  72.91 
 
 		 308 aa  431  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3265  transcriptional regulator, LysR family  65.79 
 
 		 309 aa  404  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.226704  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3102  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  65.46 
 
 		 309 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0451779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  55.18 
 
 		 304 aa  348  8e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  55.18 
 
 		 304 aa  348  9e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  54.85 
 
 		 304 aa  346  2e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  54.52 
 
 		 304 aa  345  6e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  54.52 
 
 		 304 aa  344  8e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  55.18 
 
 		 304 aa  344  1e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  54.18 
 
 		 304 aa  344  1e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  56.86 
 
 		 304 aa  343  2e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  56.86 
 
 		 304 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2201  LysR family transcriptional regulator  55 
 
 		 300 aa  335  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00946947 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1962  LysR family transcriptional regulator  55.03 
 
 		 307 aa  334  1e-90  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  53 
 
 		 320 aa  333  2e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  54.85 
 
 		 300 aa  328  7e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  54.18 
 
 		 300 aa  328  9e-89  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  54.52 
 
 		 301 aa  326  3e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  54.52 
 
 		 301 aa  326  3e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33850  Transcriptional regulator MexT  54.74 
 
 		 314 aa  300  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.5603  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2183  LysR family transcriptional regulator  54.74 
 
 		 304 aa  298  6e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.573437  normal  0.0364497 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2460  LysR family transcriptional regulator  52.51 
 
 		 324 aa  295  7e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  44.67 
 
 		 300 aa  249  4e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 317 aa  176  4e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 316 aa  170  3e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 306 aa  169  5e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  37.3 
 
 		 298 aa  166  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 312 aa  166  4e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 306 aa  166  5e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 305 aa  165  9e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  37.77 
 
 		 297 aa  162  5.0000000000000005e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 297 aa  162  9e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 308 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 306 aa  160  3e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  32.66 
 
 		 319 aa  159  4e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 306 aa  160  4e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 310 aa  159  4e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 319 aa  159  5e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 311 aa  159  6e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 308 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 308 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  34.15 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 316 aa  157  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 307 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 331 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 322 aa  156  4e-37  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  37.06 
 
 		 326 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 305 aa  154  1e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2459  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 298 aa  154  1e-36  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.57263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0619  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.56904  normal  0.89546 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 297 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 297 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 297 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 297 aa  152  8e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 302 aa  152  8e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3517  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.147017 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 297 aa  150  3e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 314 aa  149  4e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  32.21 
 
 		 310 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 320 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 		 308 aa  149  6e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 320 aa  149  6e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  31.76 
 
 		 300 aa  149  6e-35  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  35.28 
 
 		 315 aa  149  8e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 345 aa  149  8e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  34.32 
 
 		 323 aa  147  1.0000000000000001e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4022  putative LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 334 aa  147  2.0000000000000003e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0594  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 306 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354843  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 298 aa  146  3e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 310 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  34.32 
 
 		 323 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2681  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 306 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35830  Regulatory protein, LysR-family  36.7 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3902  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 297 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.981327 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4016  transcriptional regulator, LysR family  35.64 
 
 		 297 aa  145  8.000000000000001e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.393902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0902  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 321 aa  145  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 310 aa  144  1e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.54 
 
 		 309 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  145  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4165  transcriptional regulator  37.82 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.548504  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.03 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.72 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3789  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>