More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1751 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1751  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  590  1e-168  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4326  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  40.89 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 312 aa  172  7.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 301 aa  155  6e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 306 aa  155  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 322 aa  152  8e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 306 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 305 aa  152  8.999999999999999e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 306 aa  151  1e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  35.49 
 
 		 299 aa  150  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 306 aa  150  3e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 316 aa  149  5e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 317 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5744  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 308 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.205378 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 318 aa  144  2e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 306 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1164  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 307 aa  144  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0213908  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6276  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 317 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0594796  normal  0.485366 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.2 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 307 aa  142  7e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 310 aa  142  9e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5115  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.337357  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 301 aa  139  6e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4479  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 308 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3131  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 308 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4311  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 309 aa  137  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.386764  normal  0.967846 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 334 aa  138  1e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2322  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 310 aa  137  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.390658 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1937  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1292  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1869  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 309 aa  136  5e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0145349 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1942  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 309 aa  136  5e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.247873  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5290  LysR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 327 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5266  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 309 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.861367  normal  0.266286 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2074  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 507 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.834558  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1314  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 309 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0202314 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  135  9e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 310 aa  135  9e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  31.73 
 
 		 323 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0642  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915851  normal  0.108834 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  31.42 
 
 		 321 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3156  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2525  LysR family regulatory protein  32.89 
 
 		 508 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.149922  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 432 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  32.42 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1979  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0276851 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1955  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6123  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.406924  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1230  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 332 aa  133  5e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.121818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5015  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 308 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.357265  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4032  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 314 aa  132  9e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522955  normal  0.224362 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2243  transcription regulator protein  32.98 
 
 		 326 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.145641  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 305 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 329 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2055  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4041  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 314 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  29.55 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 326 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3025  transcriptional regulator MexT  32.07 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7723  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.262185  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8471  transcriptional regulator, LysR family  32.48 
 
 		 341 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.376066  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2448  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 		 325 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 307 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 329 aa  129  5.0000000000000004e-29  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 312 aa  129  6e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3589  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 330 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 307 aa  129  8.000000000000001e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4499  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 314 aa  128  9.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 299 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002655  LysR-like transcriptional regulator  29.29 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0158  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 342 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000138303  normal  0.930835 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  31.1 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0216  transcriptional regulator, LysR family  31.89 
 
 		 313 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000946054  normal  0.293728 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  29.21 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4123  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 313 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000527418  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 315 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4244  LysR family transcriptional regulator  31.89 
 
 		 313 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000170817  hitchhiker  0.00215615 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 323 aa  127  3e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 		 298 aa  126  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1026  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 311 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 333 aa  127  3e-28  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>