More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0999 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_0999  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  640    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.913515  normal  0.929233 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 310 aa  164  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  31.37 
 
 		 300 aa  161  2e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  31.15 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5308  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 317 aa  160  4e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.459598  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 333 aa  157  3e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 314 aa  156  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0095  transcriptional regulator, LysR family  34.53 
 
 		 323 aa  154  1e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.329429  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0076  LysR family transcriptional regulator  34.53 
 
 		 323 aa  154  2e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 306 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 312 aa  153  5e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 307 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 308 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0145  transcriptional regulator, LysR family  33.65 
 
 		 326 aa  152  8.999999999999999e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 306 aa  152  1e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 331 aa  150  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 301 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 305 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 305 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 301 aa  150  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 311 aa  149  9e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3111  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 319 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  30.1 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.14 
 
 		 309 aa  146  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 316 aa  146  6e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 306 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.79 
 
 		 300 aa  145  9e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1024  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 305 aa  143  3e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.849003  normal  0.711621 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 316 aa  143  3e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 306 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  28.15 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 314 aa  143  5e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 303 aa  142  7e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  32.42 
 
 		 310 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 329 aa  142  9.999999999999999e-33  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001651  transcriptional regulator LysR family  29.49 
 
 		 319 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 305 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 316 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  32.01 
 
 		 305 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00823  leucine transcriptional activator  29.49 
 
 		 319 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2165  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0776573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 317 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 312 aa  140  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 304 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  33.67 
 
 		 304 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2134  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 310 aa  140  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152417  normal  0.355077 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  30.52 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 307 aa  140  3.9999999999999997e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 329 aa  139  4.999999999999999e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  30.29 
 
 		 313 aa  139  4.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3445  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 322 aa  139  4.999999999999999e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000626744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  30.62 
 
 		 315 aa  139  6e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  32.43 
 
 		 301 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3713  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 320 aa  139  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0764365 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 432 aa  139  7e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3262  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 304 aa  139  7.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 315 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  34.41 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  32.79 
 
 		 321 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  34.41 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  29.45 
 
 		 314 aa  137  3.0000000000000003e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4567  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 332 aa  136  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.227329  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3412  regulatory protein, LysR  30.9 
 
 		 317 aa  136  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.366877  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 301 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  29.77 
 
 		 314 aa  136  6.0000000000000005e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2061  leucine transcriptional activator  29 
 
 		 321 aa  135  9e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 301 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  27.27 
 
 		 316 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3909  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1292  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.33 
 
 		 304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1869  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0145349 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2378  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5266  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.861367  normal  0.266286 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2421  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1942  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.247873  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1314  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0202314 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 315 aa  133  3e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 304 aa  134  3e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2322  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 310 aa  133  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.390658 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1955  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1937  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6123  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.406924  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1979  LysR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0276851 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>