More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_2409 on replicon NC_008542
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008542  Bcen2424_2409  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488071  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1797  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 308 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2413  LysR family transcriptional regulator  98.37 
 
 		 307 aa  591  1e-168  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00812709 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5736  LysR family transcriptional regulator  97.7 
 
 		 308 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2319  LysR family transcriptional regulator  95.08 
 
 		 310 aa  550  1e-156  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.253365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2454  LysR family transcriptional regulator  94.1 
 
 		 342 aa  545  1e-154  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00089328  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0881  LysR family transcriptional regulator  93.09 
 
 		 306 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.995576 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0885  LysR family transcriptional regulator  77.35 
 
 		 326 aa  464  1e-129  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  50.5 
 
 		 310 aa  330  2e-89  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0583  putative transcriptional regulator  58 
 
 		 321 aa  292  5e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06240  LysR family transcriptional regulator  58.53 
 
 		 308 aa  290  2e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.144211  normal  0.0778984 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3454  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 331 aa  235  6e-61  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2908  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 311 aa  220  3e-56  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 315 aa  175  7e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 313 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 320 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 301 aa  170  2e-41  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 320 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 345 aa  171  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 301 aa  170  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 308 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 308 aa  169  8e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 432 aa  167  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 308 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 307 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 314 aa  166  5.9999999999999996e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  34.22 
 
 		 300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3942  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 331 aa  163  3e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 315 aa  162  5.0000000000000005e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  36.15 
 
 		 304 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  36.15 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 299 aa  161  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0912  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 311 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00635337  normal  0.114981 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 310 aa  160  3e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  34.12 
 
 		 318 aa  159  4e-38  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 299 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 314 aa  156  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  30.46 
 
 		 310 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1878  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 305 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 311 aa  155  6e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  31.54 
 
 		 300 aa  155  8e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 309 aa  155  8e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.1 
 
 		 309 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 318 aa  154  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 298 aa  155  1e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 298 aa  153  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 314 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 309 aa  152  7e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 314 aa  152  8e-36  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  30.79 
 
 		 310 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 326 aa  151  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 333 aa  151  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  31.51 
 
 		 319 aa  150  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  31.51 
 
 		 319 aa  150  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  150  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2234  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 300 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46330  putative transcriptional regulator  34.24 
 
 		 306 aa  149  5e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0116434 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2802  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 305 aa  149  6e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 307 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2060  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 301 aa  149  7e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3669  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 301 aa  149  9e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0729055 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2230  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 300 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.474451  normal  0.423702 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 312 aa  148  1.0000000000000001e-34  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 302 aa  147  1.0000000000000001e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  31.13 
 
 		 321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  35.41 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  34.77 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 305 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 304 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  31.13 
 
 		 316 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  32.35 
 
 		 304 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  32.43 
 
 		 302 aa  145  8.000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 315 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.03 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.89 
 
 		 300 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2704  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 		 323 aa  144  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.613515 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  34.31 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 307 aa  144  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  32.09 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  36.58 
 
 		 321 aa  143  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  30.98 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 306 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 308 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  33.99 
 
 		 304 aa  142  6e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>