More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3454 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3454  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 331 aa  681    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2908  LysR family transcriptional regulator  55.05 
 
 		 311 aa  344  1e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  38.16 
 
 		 310 aa  228  8e-59  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2454  LysR family transcriptional regulator  41.97 
 
 		 342 aa  226  4e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00089328  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2319  LysR family transcriptional regulator  42.38 
 
 		 310 aa  225  6e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.253365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5736  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 308 aa  222  7e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0885  LysR family transcriptional regulator  41.31 
 
 		 326 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2413  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 307 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00812709 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1797  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2409  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 308 aa  218  1e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488071  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0881  LysR family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 306 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.995576 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0583  putative transcriptional regulator  41.23 
 
 		 321 aa  192  6e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06240  LysR family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.144211  normal  0.0778984 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0378  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 298 aa  163  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 301 aa  158  1e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 315 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68550  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 302 aa  158  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.505107 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5932  putative transcriptional regulator  34.44 
 
 		 302 aa  155  7e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 326 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6630  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 320 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.466638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6397  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 320 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6228  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 345 aa  152  1e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.196745  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0163  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 432 aa  151  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000224126 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3150  LysR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.266522  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 		 299 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  31.72 
 
 		 302 aa  150  3e-35  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.617715 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 311 aa  150  4e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3547  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.570181  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 316 aa  146  6e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0801  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3321  helix-turn-helix, Fis-type  29.87 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.270973 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4718  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.33 
 
 		 300 aa  143  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 319 aa  142  7e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_003296  RS05202  transcription regulator protein  32.67 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.0000103081  normal  0.0105317 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  31.82 
 
 		 319 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 310 aa  142  9.999999999999999e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 301 aa  139  3.9999999999999997e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 318 aa  139  4.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 317 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 305 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  29.67 
 
 		 305 aa  139  1e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  27.85 
 
 		 300 aa  138  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 310 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 316 aa  138  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4334  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.106421  normal  0.740204 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5015  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 301 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.305612  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5845  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 301 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.151621  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5082  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 301 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3889  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 300 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.246193  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 307 aa  134  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0737  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 302 aa  134  1.9999999999999998e-30  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000210121 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3222  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 314 aa  133  3e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 307 aa  133  3e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 303 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 315 aa  133  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01757  transcription regulator transcription regulator protein  28.62 
 
 		 321 aa  133  5e-30  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.354836 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 301 aa  133  5e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 308 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  29.97 
 
 		 303 aa  133  5e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.14 
 
 		 309 aa  132  6e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3588  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 301 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.443778 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  31.17 
 
 		 309 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2206  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 300 aa  132  7.999999999999999e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 318 aa  132  1.0000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4889  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.86 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  29.93 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1385  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 304 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 312 aa  129  7.000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 309 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3185  putative transcriptional regulator  31.23 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.054532  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 310 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5350  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57185  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01749  Transcriptional Regulator, LysR family protein  29.49 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.122215  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  25.67 
 
 		 299 aa  127  3e-28  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37140  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000373718  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03530  transcriptional regulator  27.67 
 
 		 310 aa  126  5e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0369459  hitchhiker  0.0000000000000400126 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 311 aa  126  5e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 304 aa  126  6e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA2020  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 311 aa  125  7e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1414  LysR family regulatory protein  28.57 
 
 		 311 aa  125  7e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0925  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 323 aa  125  7e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  28.86 
 
 		 310 aa  125  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  28.95 
 
 		 314 aa  125  9e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1157  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 320 aa  125  1e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0192755  normal  0.578291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2308  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.611002  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>