More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1385 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1385  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  650    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3547  transcriptional regulator, LysR family  60.26 
 
 		 311 aa  388  1e-107  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.570181  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3321  helix-turn-helix, Fis-type  60.91 
 
 		 311 aa  388  1e-107  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.270973 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03530  transcriptional regulator  50.81 
 
 		 310 aa  323  3e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0369459  hitchhiker  0.0000000000000400126 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4519  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 312 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.624104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  28.83 
 
 		 302 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.617715 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  29.28 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 305 aa  133  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  31.38 
 
 		 305 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  31.07 
 
 		 316 aa  132  7.999999999999999e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 306 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31560  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.574653  hitchhiker  0.00349034 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2685  putative transcriptional regulator  28.66 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0437278  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3454  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 331 aa  130  3e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2908  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  27.95 
 
 		 319 aa  127  3e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 319 aa  127  3e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 311 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  26.8 
 
 		 310 aa  126  5e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 306 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1897  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 295 aa  125  7e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0520736  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 313 aa  124  1e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3064  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.935651  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2744  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 309 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.546413  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 316 aa  124  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 305 aa  123  4e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 306 aa  122  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64780  putative transcriptional regulator  28.77 
 
 		 298 aa  122  6e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.166653  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 307 aa  122  7e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6242  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 301 aa  122  9e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2473  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.45 
 
 		 309 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.470422  normal  0.100008 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0307  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.291876  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6527  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 306 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5507  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 		 301 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.242052  normal  0.462948 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 315 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5625  putative transcriptional regulator  28.42 
 
 		 298 aa  119  6e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.290257  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2997  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00848262 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2213  transcriptional regulator, LysR family protein  28.76 
 
 		 326 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2490  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.234951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  25.4 
 
 		 314 aa  115  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2696  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 310 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.600213  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  27 
 
 		 304 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2991  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  27.53 
 
 		 321 aa  115  8.999999999999998e-25  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  27.67 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5073  LysR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.255466 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2073  transcriptional regulator, LysR family protein  26.64 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3679  transcriptional regulator, LysR family  26.73 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  24.68 
 
 		 316 aa  114  3e-24  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2824  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 302 aa  113  5e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3088  LysR family transcriptional regulator  26.77 
 
 		 301 aa  112  6e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 298 aa  112  6e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5891  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 306 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.384931  normal  0.980568 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5527  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 306 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 309 aa  112  9e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1092  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  27.21 
 
 		 300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0138  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 311 aa  112  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.080069 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6400  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.245407 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3446  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000932924  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6019  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 303 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.176233  normal  0.34418 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1550  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 333 aa  110  3e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.135746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3025  transcriptional regulator MexT  25.58 
 
 		 308 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.21276  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 315 aa  110  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  26.85 
 
 		 304 aa  109  6e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5461  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 325 aa  109  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 304 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  26.07 
 
 		 310 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0885  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 326 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  25.33 
 
 		 304 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2046  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  26.85 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2454  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 342 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00089328  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3695  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 326 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 303 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2696  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 322 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 321 aa  108  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4508  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.872153  normal  0.61755 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 318 aa  108  2e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 329 aa  107  2e-22  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3102  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.3 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0451779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  26.03 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4664  transcriptional regulator, LysR family  27.65 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0610677 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4532  transcriptional regulator, LysR family  27.65 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.695585 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 312 aa  106  4e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  24.53 
 
 		 329 aa  106  4e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2667  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 301 aa  107  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 312 aa  106  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  25.16 
 
 		 314 aa  106  5e-22  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>