More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_4519 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_4519  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 312 aa  641    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.624104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1385  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 311 aa  216  4e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3547  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 311 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.570181  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3321  helix-turn-helix, Fis-type  35.53 
 
 		 311 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.270973 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03530  transcriptional regulator  36.93 
 
 		 310 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0369459  hitchhiker  0.0000000000000400126 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2520  putative transcriptional regulator  26.83 
 
 		 302 aa  109  6e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.617715 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2666  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 304 aa  109  6e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.380766 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1799  putative transcriptional regulator  27.18 
 
 		 304 aa  108  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2994  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 310 aa  108  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3640  transcriptional regulator, LysR family  26.25 
 
 		 301 aa  107  2e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2978  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 304 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0300552 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0352  transcriptional regulator, LysR family  25.59 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2863  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 304 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2826  transcriptional regulator MexT  27.53 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.663633  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21080  LysR family transcriptional activator  26.86 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0175  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 311 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.355822  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5461  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 325 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2913  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.91 
 
 		 304 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0160728 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  26.88 
 
 		 307 aa  102  6e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3040  transcriptional regulator, LysR family  26.91 
 
 		 304 aa  102  7e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.120446  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2956  LysR family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 304 aa  102  7e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.801513 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0328  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 306 aa  102  9e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0791  transcriptional regulator, LysR family  26.6 
 
 		 318 aa  102  1e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1347  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 		 312 aa  101  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2094  transcription regulator protein  25.73 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5356  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2424  LysR family transcriptional regulator  25.16 
 
 		 394 aa  100  3e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.449437  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2454  LysR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 342 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00089328  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3526  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0893193 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2908  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 311 aa  100  4e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.888378 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0894  LysR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 316 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.517609  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2245  transcriptional regulator, LysR family  25.41 
 
 		 315 aa  100  5e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3105  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 302 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.253115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2409  LysR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 308 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0488071  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1797  LysR family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 308 aa  99.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.764878  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5736  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 308 aa  99.4  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.401426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2413  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 307 aa  99.4  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00812709 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0484  LysR family transcriptional regulator  24.76 
 
 		 328 aa  99.4  6e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.567995  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2319  LysR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 310 aa  99.4  6e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.253365  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1921  transcriptional regulator, LysR family  25.41 
 
 		 315 aa  99.4  6e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.84327 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5074  LysR family transcriptional regulator  23.47 
 
 		 306 aa  99.4  8e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.322448 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3608  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 309 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592433  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1626  LysR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 329 aa  98.6  1e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.11884 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1973  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 308 aa  99  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0881  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 306 aa  98.6  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.995576 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1859  LysR family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 329 aa  99  1e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0738691 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3900  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.447965 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3454  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 331 aa  97.8  2e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0138  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 305 aa  98.2  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  26.95 
 
 		 298 aa  97.4  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_4108  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 312 aa  97.4  3e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0885  LysR family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 326 aa  97.4  3e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01658  transcriptional regulator transcription regulator protein  27.63 
 
 		 308 aa  96.7  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.121304  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6114  transcriptional regulator, LysR family  25.75 
 
 		 316 aa  96.7  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.689302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2495  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 306 aa  97.1  4e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.025453  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33850  Transcriptional regulator MexT  27.87 
 
 		 314 aa  97.1  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.5603  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  24.76 
 
 		 316 aa  96.3  6e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0702  transcriptional regulator, LysR family  23.93 
 
 		 310 aa  95.9  7e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 298 aa  95.9  7e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0866  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 299 aa  95.9  8e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0044  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 307 aa  95.5  9e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0054  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 307 aa  95.5  9e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1550  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 307 aa  95.5  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1198  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 307 aa  95.5  9e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.601339  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  24.45 
 
 		 314 aa  95.5  9e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0052  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 307 aa  95.5  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3905  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 327 aa  95.1  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0065  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.363781  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2311  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 316 aa  95.5  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00615396  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1481  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 308 aa  95.5  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2041  LysR family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 391 aa  94.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000497451  normal  0.0972832 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3620  LysR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 305 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.00938056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2045  transcriptional regulator, LysR family  28.33 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32410  transcriptional regulator MexT  26.13 
 
 		 304 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.282605  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3947  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 321 aa  94  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0044  LysR family transcriptional regulator  25.4 
 
 		 307 aa  94  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4455  LysR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 307 aa  94  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.326178 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0979  LysR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 301 aa  94  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00025121 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3459  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 325 aa  94  3e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.151094 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  25.17 
 
 		 314 aa  94  3e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000117377  decreased coverage  0.00000015924 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4622  LysR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 314 aa  93.6  4e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4643  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 315 aa  93.6  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4978  transcriptional regulator, LysR family  23.3 
 
 		 319 aa  93.2  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00475669  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5030  transcriptional regulator, LysR family  23.66 
 
 		 316 aa  93.2  5e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.381817  normal  0.43412 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2307  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 302 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.975385  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2746  transcriptional regulator MexT  25.78 
 
 		 304 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1447  LysR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 329 aa  92.8  7e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000494272  normal  0.226871 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4518  LysR substrate-binding  23.3 
 
 		 319 aa  92.8  7e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  23.23 
 
 		 315 aa  92.4  9e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1036  transcriptional regulator, LysR family  24.2 
 
 		 320 aa  92.4  9e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03340  transcriptional regulator  23.57 
 
 		 313 aa  92.4  1e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2155  transcriptional regulator, LysR family  24.25 
 
 		 316 aa  91.3  2e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3376  transcriptional regulator, LysR family  26.06 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5043  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 303 aa  91.7  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002655  LysR-like transcriptional regulator  25.16 
 
 		 306 aa  91.7  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2460  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 324 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 331 aa  90.9  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3943  LysR family transcriptional regulator  24.6 
 
 		 388 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.399731  normal  0.68595 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2106  LysR family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 317 aa  91.3  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.544571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3883  LysR family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 326 aa  91.3  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>