128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3117 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3117  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  100 
 
 		 431 aa  894    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2279  hypothetical protein  52.33 
 
 		 447 aa  456  1e-127  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3999  Capsule synthesis protein, CapA  36.51 
 
 		 449 aa  286  4e-76  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0396426  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3228  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  32.96 
 
 		 448 aa  224  2e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.992169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2656  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  33.26 
 
 		 438 aa  213  5.999999999999999e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.253936  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0220  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  29.73 
 
 		 489 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1054  Capsule synthesis protein, CapA  32.61 
 
 		 442 aa  179  7e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1080  hypothetical protein  28.7 
 
 		 460 aa  147  4.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.543681 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5412  hypothetical protein  29.77 
 
 		 412 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.264785 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5041  hypothetical protein  29.93 
 
 		 412 aa  141  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1535  hypothetical protein  29.35 
 
 		 372 aa  103  6e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0104917 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0504  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  30.18 
 
 		 411 aa  98.2  2e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000299856  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1210  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  25.69 
 
 		 324 aa  95.5  2e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3556  hypothetical protein  27.1 
 
 		 373 aa  91.7  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0984898  normal  0.0100122 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1584  hypothetical protein  30.8 
 
 		 372 aa  91.3  3e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.654532  normal  0.384648 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4760  hypothetical protein  42.31 
 
 		 382 aa  78.6  0.0000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.124071  hitchhiker  0.00173955 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0958  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  40.18 
 
 		 607 aa  77.8  0.0000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0278824  normal  0.0914422 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0698  Capsule synthesis protein, CapA  48.39 
 
 		 373 aa  77  0.0000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0036  capsule biosynthesis protein, putative  47.22 
 
 		 351 aa  75.1  0.000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4320  hypothetical protein  46.39 
 
 		 384 aa  75.5  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0878146 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0286  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  28.57 
 
 		 348 aa  73.2  0.000000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000357505  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1511  Capsule synthesis protein, CapA  24.14 
 
 		 338 aa  73.2  0.000000000008  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.180166  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3529  capsule biosynthesis protein, putative  47.22 
 
 		 349 aa  72  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.198641  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0169  CapA family protein  47.67 
 
 		 369 aa  70.9  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4101  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  44.74 
 
 		 588 aa  69.7  0.0000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.422401  normal  0.368838 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2058  poly-gamma-glutamic synthesis PgsA protein-like  75.61 
 
 		 420 aa  69.7  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0483  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  29.47 
 
 		 327 aa  68.9  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2035  CapA family protein  42.42 
 
 		 384 aa  67.8  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0211653 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1503  CapA family protein  38.78 
 
 		 321 aa  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2477  CapA family protein  38.46 
 
 		 388 aa  65.5  0.000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.125105  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1991  CapA family protein  42.86 
 
 		 378 aa  64.7  0.000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007323  GBAA_pXO2_0064  capsule biosynthesis protein CapA  41.25 
 
 		 411 aa  64.3  0.000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3661  poly-gamma-glutamate biosynthesis/capsule biosynthesis protein  26.97 
 
 		 672 aa  63.9  0.000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1671  capsule biosynthesis protein  35.71 
 
 		 367 aa  63.5  0.000000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1971  hypothetical protein  34.52 
 
 		 367 aa  63.5  0.000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10584  hypothetical protein  40.86 
 
 		 380 aa  63.5  0.000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.114132  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1719  hypothetical protein  34.52 
 
 		 367 aa  63.2  0.000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1855  hypothetical protein  34.52 
 
 		 367 aa  63.2  0.000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1696  capsule biosynthesis protein  34.52 
 
 		 367 aa  62.8  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.369686  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1893  hypothetical protein  34.52 
 
 		 367 aa  63.2  0.00000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6386  Capsule synthesis protein, CapA  47.69 
 
 		 845 aa  62.8  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.175957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3652  putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  56 
 
 		 380 aa  62.8  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0103704  normal  0.169407 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0617  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  26.89 
 
 		 405 aa  62  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2950  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  24.86 
 
 		 331 aa  62  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.21297  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1713  capsule biosynthesis protein CapA  34.48 
 
 		 367 aa  62  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.680497  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3235  capsule biosynthesis protein, putative  46.38 
 
 		 358 aa  62.4  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2713  CapA family protein  35.78 
 
 		 321 aa  62.4  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.292185 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0638  putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  39.76 
 
 		 483 aa  61.2  0.00000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.379007  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3486  hypothetical protein  34.52 
 
 		 367 aa  61.2  0.00000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1940  hypothetical protein  34.52 
 
 		 367 aa  61.2  0.00000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0615  capsule biosynthesis protein, putative  44.44 
 
 		 340 aa  60.8  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.546592  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2631  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  37.36 
 
 		 369 aa  60.8  0.00000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3411  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  25.14 
 
 		 373 aa  61.2  0.00000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.784569  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1192  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  40.48 
 
 		 314 aa  60.5  0.00000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2843  Capsule synthesis protein, CapA  43.9 
 
 		 387 aa  60.5  0.00000006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0138  Capsule synthesis protein, CapA  37.25 
 
 		 397 aa  60.5  0.00000006  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1037  Mur ligase middle domain protein  34.88 
 
 		 1584 aa  60.1  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57988  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0726  CapA domain protein  23.31 
 
 		 450 aa  60.1  0.00000008  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000469143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1856  hypothetical protein  33.33 
 
 		 367 aa  59.3  0.0000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1872  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  41.33 
 
 		 356 aa  58.5  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000802014  normal  0.278856 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1681  SH3 type 3 domain protein  29.21 
 
 		 536 aa  58.5  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6169  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  42.67 
 
 		 337 aa  58.2  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0471744  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1398  putative polyglutamate synthase CapA  41.46 
 
 		 360 aa  58.2  0.0000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3475  putative capsule biosynthesis protein  37.11 
 
 		 327 aa  58.2  0.0000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14480  capsule synthesis protein PGA_cap  36.89 
 
 		 379 aa  57.8  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1536  Capsule synthesis protein, CapA  40 
 
 		 429 aa  58.2  0.0000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.366141  normal  0.237354 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2389  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  34.88 
 
 		 342 aa  57.8  0.0000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1691  CapA family protein  37.5 
 
 		 370 aa  57.8  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2105  capA protein  40.79 
 
 		 357 aa  57  0.0000006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2407  Mur ligase middle domain-containing protein  37.65 
 
 		 1020 aa  57  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.29011 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1225  putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  32.14 
 
 		 418 aa  56.6  0.0000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.0000000030938  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3669  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  37.04 
 
 		 375 aa  55.8  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.573213  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1651  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  37.21 
 
 		 368 aa  55.8  0.000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0375462  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0679  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  38.37 
 
 		 360 aa  55.1  0.000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0464077  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2679  Mur ligase middle domain-containing protein  60 
 
 		 403 aa  55.1  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3775  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  38.27 
 
 		 398 aa  54.3  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1797  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  34.19 
 
 		 350 aa  53.9  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2458  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  37.76 
 
 		 440 aa  53.9  0.000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2565  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  33.33 
 
 		 365 aa  53.5  0.000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1951  hypothetical protein  37.5 
 
 		 356 aa  53.1  0.000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1933  capsule biosynthesis protein CapA  34.62 
 
 		 411 aa  53.1  0.000009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.346759  normal  0.248941 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1784  capsule biosynthesis protein CapA  22.15 
 
 		 362 aa  52.8  0.00001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3006  capsule biosynthesis protein CapA  34.62 
 
 		 411 aa  52.8  0.00001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.131002  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0657  poly-gamma-glutamic synthesis  27.66 
 
 		 329 aa  52.4  0.00001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.801382  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3299  capsule biosynthesis protein CapA  34.62 
 
 		 411 aa  52.8  0.00001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1734  putative capsule biosynthesis protein  36.17 
 
 		 375 aa  52  0.00002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.720674  normal  0.681474 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2406  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  55 
 
 		 328 aa  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.163685  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0032  Capsule synthesis protein, CapA  37.35 
 
 		 395 aa  52.4  0.00002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.563184  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2242  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like  34.43 
 
 		 374 aa  52  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00100002  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1870  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  29.66 
 
 		 392 aa  51.6  0.00002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3259  hypothetical protein  35 
 
 		 710 aa  51.6  0.00002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.962957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1235  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  41.38 
 
 		 455 aa  51.2  0.00003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4800  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  36.59 
 
 		 360 aa  51.2  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0144  hypothetical protein  27.33 
 
 		 378 aa  51.6  0.00003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1059  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  35.38 
 
 		 390 aa  51.2  0.00003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3480  Capsule synthesis protein, CapA  29.46 
 
 		 346 aa  51.2  0.00004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2688  hypothetical protein  33.85 
 
 		 712 aa  50.1  0.00008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.486891  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1553  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like  35.87 
 
 		 466 aa  49.7  0.00009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.561775  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2483  poly-gamma-glutamate synthesis protein  24.31 
 
 		 374 aa  50.1  0.00009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.152076 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1489  hypothetical protein  28.12 
 
 		 330 aa  49.7  0.00009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000816893  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>