151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1503 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1503  CapA family protein  100 
 
 
321 aa  643    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2713  CapA family protein  91.59 
 
 
321 aa  587  1e-167  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.292185 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2631  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  42.36 
 
 
369 aa  245  8e-64  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1991  CapA family protein  37.5 
 
 
378 aa  219  5e-56  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2477  CapA family protein  37.46 
 
 
388 aa  219  6e-56  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.125105  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0958  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  35.99 
 
 
607 aa  217  2.9999999999999998e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0278824  normal  0.0914422 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0698  Capsule synthesis protein, CapA  40.19 
 
 
373 aa  215  7e-55  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0169  CapA family protein  37.42 
 
 
369 aa  208  9e-53  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4320  hypothetical protein  40.25 
 
 
384 aa  206  3e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0878146 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2035  CapA family protein  38.02 
 
 
384 aa  197  3e-49  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0211653 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4760  hypothetical protein  37.46 
 
 
382 aa  190  2.9999999999999997e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.124071  hitchhiker  0.00173955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3652  putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  36.39 
 
 
380 aa  187  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0103704  normal  0.169407 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2058  poly-gamma-glutamic synthesis PgsA protein-like  41.43 
 
 
420 aa  166  4e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3529  capsule biosynthesis protein, putative  32.02 
 
 
349 aa  135  7.000000000000001e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.198641  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3235  capsule biosynthesis protein, putative  30.21 
 
 
358 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0036  capsule biosynthesis protein, putative  33.2 
 
 
351 aa  119  9e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0615  capsule biosynthesis protein, putative  34.07 
 
 
340 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.546592  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1872  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  33.18 
 
 
356 aa  117  3e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000802014  normal  0.278856 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0286  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  34.09 
 
 
348 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000357505  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2843  Capsule synthesis protein, CapA  30.52 
 
 
387 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1398  putative polyglutamate synthase CapA  30.7 
 
 
360 aa  100  4e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0679  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  29.82 
 
 
360 aa  99.8  6e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0464077  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0638  putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  28.8 
 
 
483 aa  99.4  7e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.379007  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4801  capsule biosynthesis protein, putative  30.94 
 
 
365 aa  97.1  3e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2312  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  33.89 
 
 
493 aa  97.4  3e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2400  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  34.2 
 
 
493 aa  95.9  8e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144034  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0504  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  25.56 
 
 
411 aa  95.5  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000299856  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0138  Capsule synthesis protein, CapA  32.08 
 
 
397 aa  94.7  2e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2950  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  30.23 
 
 
331 aa  92.4  9e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.21297  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0820  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  29.89 
 
 
429 aa  92  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14130  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  29.19 
 
 
420 aa  91.7  2e-17  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0689518  normal  0.290388 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1553  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like  33.59 
 
 
466 aa  90.9  3e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.561775  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2317  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  29.96 
 
 
369 aa  90.1  4e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1681  SH3 type 3 domain protein  28.97 
 
 
536 aa  90.1  5e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007323  GBAA_pXO2_0064  capsule biosynthesis protein CapA  25.56 
 
 
411 aa  89.7  6e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0324  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  26.1 
 
 
346 aa  87.4  3e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.491036  normal  0.1082 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2244  capA-related protein  28.86 
 
 
388 aa  86.3  7e-16  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2260  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  32.58 
 
 
474 aa  85.9  8e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0234655  normal  0.0161393 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3259  hypothetical protein  28.96 
 
 
710 aa  85.9  9e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.962957  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1696  capsule biosynthesis protein  24.84 
 
 
367 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.369686  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1713  capsule biosynthesis protein CapA  25.16 
 
 
367 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.680497  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3475  putative capsule biosynthesis protein  31.06 
 
 
327 aa  84.7  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1971  hypothetical protein  24.18 
 
 
367 aa  84.3  0.000000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1671  capsule biosynthesis protein  24.18 
 
 
367 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1893  hypothetical protein  23.86 
 
 
367 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3661  poly-gamma-glutamate biosynthesis/capsule biosynthesis protein  31.95 
 
 
672 aa  82.8  0.000000000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1719  hypothetical protein  23.86 
 
 
367 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1855  hypothetical protein  23.86 
 
 
367 aa  82.4  0.000000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1225  putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  29.29 
 
 
418 aa  82.8  0.000000000000008  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.0000000030938  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6169  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  28.98 
 
 
337 aa  81.6  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0471744  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4101  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  27.78 
 
 
588 aa  82.4  0.00000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.422401  normal  0.368838 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2242  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like  29.77 
 
 
374 aa  81.3  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00100002  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1856  hypothetical protein  23.36 
 
 
367 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3486  hypothetical protein  24.2 
 
 
367 aa  80.5  0.00000000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14480  capsule synthesis protein PGA_cap  30.89 
 
 
379 aa  80.9  0.00000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1940  hypothetical protein  23.53 
 
 
367 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3006  capsule biosynthesis protein CapA  24.26 
 
 
411 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.131002  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1933  capsule biosynthesis protein CapA  23.96 
 
 
411 aa  80.5  0.00000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.346759  normal  0.248941 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0519  hypothetical protein  26.46 
 
 
366 aa  79.3  0.00000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3556  hypothetical protein  26.76 
 
 
373 aa  79  0.00000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0984898  normal  0.0100122 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1192  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  32.25 
 
 
314 aa  78.6  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0506  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  31.34 
 
 
325 aa  78.6  0.0000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2389  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  29.11 
 
 
342 aa  77.8  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4946  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  24.25 
 
 
440 aa  77.8  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0814916  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3299  capsule biosynthesis protein CapA  24.53 
 
 
411 aa  77.8  0.0000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1059  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  28.63 
 
 
390 aa  77.8  0.0000000000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3775  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  29.57 
 
 
398 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1210  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  26.49 
 
 
324 aa  77  0.0000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2565  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  28.29 
 
 
365 aa  76.6  0.0000000000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0836  hypothetical protein  28.45 
 
 
364 aa  76.3  0.0000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.346342  normal  0.760387 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4800  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  26.4 
 
 
360 aa  75.5  0.000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0668  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  23.67 
 
 
377 aa  73.9  0.000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.133268  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1093  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  25.66 
 
 
397 aa  73.6  0.000000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1037  Mur ligase middle domain protein  26.4 
 
 
1584 aa  73.6  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57988  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1489  hypothetical protein  26.94 
 
 
330 aa  73.6  0.000000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000816893  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1651  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  29.28 
 
 
368 aa  72.8  0.000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0375462  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0483  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  26.85 
 
 
327 aa  72.8  0.000000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2406  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  26.36 
 
 
328 aa  72.8  0.000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.163685  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0144  hypothetical protein  26.29 
 
 
378 aa  72.4  0.000000000009  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1951  hypothetical protein  29.41 
 
 
356 aa  72  0.00000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1870  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  26.92 
 
 
392 aa  72  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3851  putative capsule biosynthesis protein  29.13 
 
 
379 aa  70.5  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1318  polyglutamate synthase  30.36 
 
 
377 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2679  Mur ligase middle domain-containing protein  28.15 
 
 
403 aa  69.7  0.00000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3669  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  27.39 
 
 
375 aa  69.7  0.00000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.573213  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1535  hypothetical protein  25.89 
 
 
372 aa  69.7  0.00000000007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0104917 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1784  capsule biosynthesis protein CapA  26.27 
 
 
362 aa  69.3  0.00000000008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2329  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  30.07 
 
 
383 aa  69.3  0.00000000009  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2688  hypothetical protein  24.77 
 
 
712 aa  68.9  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.486891  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0048  polyglutamate synthase  29.76 
 
 
491 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.97464  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1734  putative capsule biosynthesis protein  29.28 
 
 
375 aa  68.9  0.0000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.720674  normal  0.681474 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1548  hypothetical protein  29.76 
 
 
478 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.587704  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1460  hypothetical protein  29.76 
 
 
409 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.900612  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1691  CapA family protein  28.19 
 
 
370 aa  68.9  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1312  capA protein, putative  25 
 
 
395 aa  67.8  0.0000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3480  Capsule synthesis protein, CapA  25.97 
 
 
346 aa  68.2  0.0000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2279  hypothetical protein  50.67 
 
 
447 aa  68.2  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1584  hypothetical protein  26.07 
 
 
372 aa  67.4  0.0000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.654532  normal  0.384648 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0726  CapA domain protein  25.37 
 
 
450 aa  67.4  0.0000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000469143  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0617  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  27.6 
 
 
405 aa  66.2  0.0000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>