108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0220 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0220  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  100 
 
 		 489 aa  998    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3999  Capsule synthesis protein, CapA  31.26 
 
 		 449 aa  187  5e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0396426  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3117  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  29.73 
 
 		 431 aa  183  6e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2656  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  29.35 
 
 		 438 aa  175  1.9999999999999998e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.253936  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3228  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  30.52 
 
 		 448 aa  169  7e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.992169  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2279  hypothetical protein  31.5 
 
 		 447 aa  160  5e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1080  hypothetical protein  29.48 
 
 		 460 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.543681 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5041  hypothetical protein  27.43 
 
 		 412 aa  123  7e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5412  hypothetical protein  26.81 
 
 		 412 aa  119  9e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.264785 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1054  Capsule synthesis protein, CapA  28.87 
 
 		 442 aa  116  6.9999999999999995e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0504  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  28.75 
 
 		 411 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000299856  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0036  capsule biosynthesis protein, putative  29.31 
 
 		 351 aa  89.7  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3556  hypothetical protein  26.15 
 
 		 373 aa  82.4  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0984898  normal  0.0100122 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3529  capsule biosynthesis protein, putative  32.28 
 
 		 349 aa  81.6  0.00000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.198641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1535  hypothetical protein  26.21 
 
 		 372 aa  81.3  0.00000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0104917 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0286  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  32.76 
 
 		 348 aa  80.9  0.00000000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000357505  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0483  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  25.56 
 
 		 327 aa  76.3  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1584  hypothetical protein  26.05 
 
 		 372 aa  68.9  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.654532  normal  0.384648 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2317  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  25 
 
 		 369 aa  65.5  0.000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3475  putative capsule biosynthesis protein  38.46 
 
 		 327 aa  64.7  0.000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1037  Mur ligase middle domain protein  39.29 
 
 		 1584 aa  64.3  0.000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57988  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3411  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  26.71 
 
 		 373 aa  63.9  0.000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.784569  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2242  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like  31.91 
 
 		 374 aa  63.9  0.000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00100002  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0623  capsule biosynthesis protein  34.25 
 
 		 379 aa  63.5  0.000000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0135845  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4101  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  52 
 
 		 588 aa  62.4  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.422401  normal  0.368838 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1872  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  42.86 
 
 		 356 aa  62  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000802014  normal  0.278856 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3235  capsule biosynthesis protein, putative  31.65 
 
 		 358 aa  62.4  0.00000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0169  CapA family protein  34.96 
 
 		 369 aa  61.6  0.00000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1210  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  25.44 
 
 		 324 aa  61.2  0.00000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1991  CapA family protein  31.78 
 
 		 378 aa  60.5  0.00000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3775  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  24.73 
 
 		 398 aa  59.7  0.0000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2843  Capsule synthesis protein, CapA  51.85 
 
 		 387 aa  59.3  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3480  Capsule synthesis protein, CapA  29.9 
 
 		 346 aa  58.5  0.0000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4320  hypothetical protein  48.94 
 
 		 384 aa  57.4  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0878146 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2565  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  25.45 
 
 		 365 aa  57.4  0.0000006  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1398  putative polyglutamate synthase CapA  52.83 
 
 		 360 aa  57.4  0.0000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4760  hypothetical protein  51.06 
 
 		 382 aa  56.6  0.0000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.124071  hitchhiker  0.00173955 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0958  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  57.5 
 
 		 607 aa  55.8  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0278824  normal  0.0914422 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1691  CapA family protein  39.56 
 
 		 370 aa  55.8  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1192  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  56.1 
 
 		 314 aa  54.3  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1511  Capsule synthesis protein, CapA  40.26 
 
 		 338 aa  54.3  0.000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.180166  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2679  Mur ligase middle domain-containing protein  54.76 
 
 		 403 aa  53.9  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007323  GBAA_pXO2_0064  capsule biosynthesis protein CapA  31.96 
 
 		 411 aa  53.5  0.000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0615  capsule biosynthesis protein, putative  38.67 
 
 		 340 aa  53.1  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.546592  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10584  hypothetical protein  39.76 
 
 		 380 aa  52.8  0.00001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.114132  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0836  hypothetical protein  26.27 
 
 		 364 aa  53.1  0.00001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.346342  normal  0.760387 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3669  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  37.5 
 
 		 375 aa  52.8  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.573213  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2631  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  37.5 
 
 		 369 aa  53.1  0.00001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0324  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  35.42 
 
 		 346 aa  52.4  0.00002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.491036  normal  0.1082 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2477  CapA family protein  52.5 
 
 		 388 aa  52.4  0.00002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.125105  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14130  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  26.59 
 
 		 420 aa  52  0.00003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0689518  normal  0.290388 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6386  Capsule synthesis protein, CapA  27.37 
 
 		 845 aa  51.6  0.00003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.175957  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1681  SH3 type 3 domain protein  34.92 
 
 		 536 aa  51.6  0.00003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3851  putative capsule biosynthesis protein  27 
 
 		 379 aa  51.2  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1734  putative capsule biosynthesis protein  32.53 
 
 		 375 aa  51.2  0.00004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.720674  normal  0.681474 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1489  hypothetical protein  32.2 
 
 		 330 aa  51.2  0.00004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000816893  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1870  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  27.95 
 
 		 392 aa  51.2  0.00004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1671  capsule biosynthesis protein  32.53 
 
 		 367 aa  50.8  0.00006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6169  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  34.34 
 
 		 337 aa  50.8  0.00006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0471744  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3486  hypothetical protein  33.75 
 
 		 367 aa  50.4  0.00006  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1719  hypothetical protein  32.53 
 
 		 367 aa  50.4  0.00007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1855  hypothetical protein  32.53 
 
 		 367 aa  50.4  0.00007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2058  poly-gamma-glutamic synthesis PgsA protein-like  53.66 
 
 		 420 aa  50.4  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1971  hypothetical protein  32.53 
 
 		 367 aa  50.4  0.00007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1893  hypothetical protein  32.53 
 
 		 367 aa  50.4  0.00007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1059  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  35.29 
 
 		 390 aa  50.4  0.00008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1318  polyglutamate synthase  42.68 
 
 		 377 aa  50.1  0.00009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2389  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  51.22 
 
 		 342 aa  50.1  0.00009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1312  capA protein, putative  33.94 
 
 		 395 aa  50.1  0.0001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1696  capsule biosynthesis protein  31.33 
 
 		 367 aa  49.7  0.0001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.369686  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0617  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  35.9 
 
 		 405 aa  49.3  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2406  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  48.98 
 
 		 328 aa  49.3  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.163685  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2035  CapA family protein  42.86 
 
 		 384 aa  49.7  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0211653 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0726  CapA domain protein  41.54 
 
 		 450 aa  50.1  0.0001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000469143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0657  poly-gamma-glutamic synthesis  31.11 
 
 		 329 aa  49.7  0.0001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.801382  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1940  hypothetical protein  32.5 
 
 		 367 aa  48.9  0.0002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0679  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  36.99 
 
 		 360 aa  48.9  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0464077  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1713  capsule biosynthesis protein CapA  32.53 
 
 		 367 aa  48.9  0.0002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.680497  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14480  capsule synthesis protein PGA_cap  32.94 
 
 		 379 aa  49.3  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0698  Capsule synthesis protein, CapA  33.78 
 
 		 373 aa  48.5  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0138  Capsule synthesis protein, CapA  45.28 
 
 		 397 aa  48.9  0.0002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2483  poly-gamma-glutamate synthesis protein  32.99 
 
 		 374 aa  48.5  0.0003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.152076 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3661  poly-gamma-glutamate biosynthesis/capsule biosynthesis protein  23.91 
 
 		 672 aa  48.5  0.0003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3652  putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  51.28 
 
 		 380 aa  48.5  0.0003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0103704  normal  0.169407 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11420  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  34.15 
 
 		 450 aa  47.8  0.0005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0108091  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1856  hypothetical protein  31.25 
 
 		 367 aa  47.4  0.0006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3206  CapA domain protein  20.75 
 
 		 422 aa  47  0.0008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1951  hypothetical protein  37.7 
 
 		 356 aa  46.2  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0048  polyglutamate synthase  35.06 
 
 		 491 aa  46.2  0.001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.97464  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3859  putative capsule biosynthesis protein  37.1 
 
 		 370 aa  46.6  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.404083  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1548  hypothetical protein  35.06 
 
 		 478 aa  46.6  0.001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.587704  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1460  hypothetical protein  35.06 
 
 		 409 aa  46.6  0.001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.900612  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2950  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  48.72 
 
 		 331 aa  46.6  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.21297  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1503  CapA family protein  48.84 
 
 		 321 aa  46.6  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2713  CapA family protein  48.78 
 
 		 321 aa  46.6  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.292185 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0032  Capsule synthesis protein, CapA  48.84 
 
 		 395 aa  45.4  0.002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.563184  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3638  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  36.99 
 
 		 403 aa  45.4  0.002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46240  hypothetical protein  40.28 
 
 		 370 aa  45.8  0.002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.118841  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1093  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  31.46 
 
 		 397 aa  45.8  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2688  hypothetical protein  42.86 
 
 		 712 aa  45.1  0.003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.486891  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>