164 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2389 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2389  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  100 
 
 
342 aa  685    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1192  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  64.91 
 
 
314 aa  414  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2406  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  55.31 
 
 
328 aa  339  5e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.163685  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6169  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  52.61 
 
 
337 aa  305  7e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0471744  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3529  capsule biosynthesis protein, putative  41.97 
 
 
349 aa  180  4e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.198641  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2242  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like  41.18 
 
 
374 aa  165  1.0000000000000001e-39  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00100002  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3235  capsule biosynthesis protein, putative  41.31 
 
 
358 aa  157  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0036  capsule biosynthesis protein, putative  38.31 
 
 
351 aa  153  2.9999999999999998e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1681  SH3 type 3 domain protein  34.89 
 
 
536 aa  149  6e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0615  capsule biosynthesis protein, putative  40 
 
 
340 aa  142  6e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.546592  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0504  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  31.34 
 
 
411 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000299856  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1037  Mur ligase middle domain protein  40.76 
 
 
1584 aa  139  6e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57988  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14130  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  37.41 
 
 
420 aa  139  7e-32  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0689518  normal  0.290388 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0286  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  38.72 
 
 
348 aa  137  4e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000357505  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4801  capsule biosynthesis protein, putative  34.59 
 
 
365 aa  135  7.000000000000001e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2843  Capsule synthesis protein, CapA  32.72 
 
 
387 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0483  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  37.45 
 
 
327 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4800  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  33.06 
 
 
360 aa  132  6.999999999999999e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1210  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  32.81 
 
 
324 aa  132  9e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007323  GBAA_pXO2_0064  capsule biosynthesis protein CapA  30.85 
 
 
411 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2950  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  37.07 
 
 
331 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.21297  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3486  hypothetical protein  30.89 
 
 
367 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2407  Mur ligase middle domain-containing protein  38.4 
 
 
1020 aa  131  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.29011 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7265  hypothetical protein  31.96 
 
 
431 aa  130  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1856  hypothetical protein  29.17 
 
 
367 aa  130  3e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0238  hypothetical protein  32.72 
 
 
377 aa  130  3e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1940  hypothetical protein  29.39 
 
 
367 aa  130  4.0000000000000003e-29  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1696  capsule biosynthesis protein  30.24 
 
 
367 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.369686  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4101  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  34.58 
 
 
588 aa  129  5.0000000000000004e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.422401  normal  0.368838 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1713  capsule biosynthesis protein CapA  29.39 
 
 
367 aa  129  8.000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.680497  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1893  hypothetical protein  30.24 
 
 
367 aa  129  9.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1671  capsule biosynthesis protein  30.24 
 
 
367 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1719  hypothetical protein  29.84 
 
 
367 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1855  hypothetical protein  29.84 
 
 
367 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1971  hypothetical protein  29.84 
 
 
367 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0519  hypothetical protein  31.91 
 
 
366 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0144  hypothetical protein  32 
 
 
378 aa  122  8e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0138  Capsule synthesis protein, CapA  32.61 
 
 
397 aa  121  1.9999999999999998e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4972  Capsule synthesis protein, CapA  41.43 
 
 
389 aa  120  3.9999999999999996e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.162067 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3475  putative capsule biosynthesis protein  35 
 
 
327 aa  117  3e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1312  capA protein, putative  31.6 
 
 
395 aa  116  3.9999999999999997e-25  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2329  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  33.57 
 
 
383 aa  117  3.9999999999999997e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1059  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  34.12 
 
 
390 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1872  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  33.33 
 
 
356 aa  112  7.000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000802014  normal  0.278856 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0324  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  27.91 
 
 
346 aa  112  1.0000000000000001e-23  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.491036  normal  0.1082 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3206  CapA domain protein  27.48 
 
 
422 aa  110  5e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2317  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  30.47 
 
 
369 aa  109  7.000000000000001e-23  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3556  hypothetical protein  32.58 
 
 
373 aa  109  8.000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0984898  normal  0.0100122 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0679  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  32.62 
 
 
360 aa  108  1e-22  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0464077  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0623  capsule biosynthesis protein  29.58 
 
 
379 aa  108  1e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0135845  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1398  putative polyglutamate synthase CapA  34.98 
 
 
360 aa  107  3e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1535  hypothetical protein  30.74 
 
 
372 aa  107  3e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0104917 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1511  Capsule synthesis protein, CapA  31.64 
 
 
338 aa  104  2e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.180166  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0060  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  31.55 
 
 
405 aa  103  3e-21  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0638  putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  30.35 
 
 
483 aa  104  3e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.379007  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1584  hypothetical protein  33.51 
 
 
372 aa  102  6e-21  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.654532  normal  0.384648 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14480  capsule synthesis protein PGA_cap  28.76 
 
 
379 aa  101  2e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1489  hypothetical protein  31.17 
 
 
330 aa  101  2e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000816893  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2400  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  36.21 
 
 
493 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144034  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2312  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  35.39 
 
 
493 aa  100  4e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3300  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  30.11 
 
 
464 aa  99.8  6e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1318  polyglutamate synthase  34.8 
 
 
377 aa  99.8  7e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0288  Capsule synthesis protein, CapA  35.25 
 
 
373 aa  98.6  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.713971 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1797  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  32.37 
 
 
350 aa  98.6  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1870  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  29.28 
 
 
392 aa  98.2  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0506  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  33.6 
 
 
325 aa  97.4  3e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1093  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  27.1 
 
 
397 aa  96.7  5e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3652  putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  28.09 
 
 
380 aa  96.3  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0103704  normal  0.169407 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1784  capsule biosynthesis protein CapA  28.63 
 
 
362 aa  95.5  1e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1651  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  30.12 
 
 
368 aa  95.5  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0375462  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2565  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  32.67 
 
 
365 aa  95.5  1e-18  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1225  putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  28.05 
 
 
418 aa  94.7  2e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.0000000030938  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1939  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  32.13 
 
 
379 aa  94.7  2e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0513697  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3480  Capsule synthesis protein, CapA  29.37 
 
 
346 aa  94.7  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0668  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  28.71 
 
 
377 aa  94  4e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.133268  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0726  CapA domain protein  28.93 
 
 
450 aa  94  4e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000469143  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3411  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  33.19 
 
 
373 aa  93.2  6e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.784569  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2679  Mur ligase middle domain-containing protein  33.09 
 
 
403 aa  93.2  6e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2458  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  30.04 
 
 
440 aa  92.8  7e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3638  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  32.58 
 
 
403 aa  91.3  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0820  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  27.17 
 
 
429 aa  91.3  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0048  polyglutamate synthase  33.04 
 
 
491 aa  90.9  3e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.97464  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4320  hypothetical protein  28.79 
 
 
384 aa  90.9  3e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0878146 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1460  hypothetical protein  33.04 
 
 
409 aa  90.5  4e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.900612  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2260  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  31.56 
 
 
474 aa  89.7  6e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0234655  normal  0.0161393 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1553  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like  35.34 
 
 
466 aa  89.7  7e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.561775  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1548  hypothetical protein  33.04 
 
 
478 aa  89.7  7e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.587704  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3851  putative capsule biosynthesis protein  31.42 
 
 
379 aa  88.6  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3859  putative capsule biosynthesis protein  33.2 
 
 
370 aa  88.2  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.404083  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11430  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  28.82 
 
 
462 aa  88.6  2e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.025004  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11420  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  28.51 
 
 
450 aa  88.2  2e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0108091  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1691  CapA family protein  31.84 
 
 
370 aa  87.8  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3661  poly-gamma-glutamate biosynthesis/capsule biosynthesis protein  30.21 
 
 
672 aa  86.7  5e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2058  poly-gamma-glutamic synthesis PgsA protein-like  30.56 
 
 
420 aa  86.7  6e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2688  hypothetical protein  26.37 
 
 
712 aa  85.1  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.486891  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2483  poly-gamma-glutamate synthesis protein  30.09 
 
 
374 aa  84.7  0.000000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.152076 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0169  CapA family protein  25.82 
 
 
369 aa  84.7  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1951  hypothetical protein  26.76 
 
 
356 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2278  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  30.06 
 
 
396 aa  83.6  0.000000000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3775  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  29.11 
 
 
398 aa  83.6  0.000000000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>