121 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5041 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_5041  hypothetical protein  100 
 
 		 412 aa  837    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5412  hypothetical protein  97.57 
 
 		 412 aa  818    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.264785 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3117  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  29.93 
 
 		 431 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3228  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  27.39 
 
 		 448 aa  139  1e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.992169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2656  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  28.66 
 
 		 438 aa  130  6e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.253936  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_3999  Capsule synthesis protein, CapA  25.55 
 
 		 449 aa  128  1.0000000000000001e-28  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0396426  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0220  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  27.43 
 
 		 489 aa  123  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1054  Capsule synthesis protein, CapA  32.58 
 
 		 442 aa  120  6e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2279  hypothetical protein  27.21 
 
 		 447 aa  107  5e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1080  hypothetical protein  25.46 
 
 		 460 aa  91.7  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.543681 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1535  hypothetical protein  28.78 
 
 		 372 aa  89.7  7e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0104917 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3556  hypothetical protein  27.66 
 
 		 373 aa  86.7  6e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0984898  normal  0.0100122 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1719  hypothetical protein  29.81 
 
 		 367 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1671  capsule biosynthesis protein  29.81 
 
 		 367 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1855  hypothetical protein  29.81 
 
 		 367 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3475  putative capsule biosynthesis protein  25.93 
 
 		 327 aa  75.1  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1893  hypothetical protein  29.81 
 
 		 367 aa  75.5  0.000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1210  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  22.34 
 
 		 324 aa  73.9  0.000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1971  hypothetical protein  29.81 
 
 		 367 aa  74.3  0.000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1584  hypothetical protein  27.3 
 
 		 372 aa  73.9  0.000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.654532  normal  0.384648 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1696  capsule biosynthesis protein  29.19 
 
 		 367 aa  73.2  0.000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.369686  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1856  hypothetical protein  28.78 
 
 		 367 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1940  hypothetical protein  28.77 
 
 		 367 aa  70.9  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0504  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  26.84 
 
 		 411 aa  70.1  0.00000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000299856  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4101  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  32.35 
 
 		 588 aa  70.1  0.00000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.422401  normal  0.368838 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3486  hypothetical protein  28.87 
 
 		 367 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3529  capsule biosynthesis protein, putative  32.24 
 
 		 349 aa  68.6  0.0000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.198641  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0238  hypothetical protein  34.21 
 
 		 377 aa  66.6  0.0000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4800  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  37.07 
 
 		 360 aa  66.2  0.0000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1713  capsule biosynthesis protein CapA  27.66 
 
 		 367 aa  66.2  0.0000000009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.680497  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0836  hypothetical protein  25.5 
 
 		 364 aa  64.7  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.346342  normal  0.760387 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0036  capsule biosynthesis protein, putative  32.35 
 
 		 351 aa  63.9  0.000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0519  hypothetical protein  25.17 
 
 		 366 aa  63.9  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1870  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  31.15 
 
 		 392 aa  62.8  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0483  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  29.35 
 
 		 327 aa  62  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4801  capsule biosynthesis protein, putative  30.33 
 
 		 365 aa  62.4  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14130  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  32.61 
 
 		 420 aa  61.2  0.00000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0689518  normal  0.290388 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0679  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  24.42 
 
 		 360 aa  59.7  0.00000009  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0464077  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2631  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  35.05 
 
 		 369 aa  59.3  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0144  hypothetical protein  27.66 
 
 		 378 aa  58.2  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1093  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  27.34 
 
 		 397 aa  57.4  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0286  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  30.4 
 
 		 348 aa  57.4  0.0000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000357505  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2278  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  25.49 
 
 		 396 aa  57.4  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2679  Mur ligase middle domain-containing protein  26.44 
 
 		 403 aa  57  0.0000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2242  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like  29.5 
 
 		 374 aa  56.6  0.0000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00100002  n/a   
 
 
-
 
NC_007323  GBAA_pXO2_0064  capsule biosynthesis protein CapA  21.1 
 
 		 411 aa  55.8  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0726  CapA domain protein  34.48 
 
 		 450 aa  56.2  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000469143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1681  SH3 type 3 domain protein  31.9 
 
 		 536 aa  55.1  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3235  capsule biosynthesis protein, putative  27.27 
 
 		 358 aa  54.7  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26970  predicted protein  32.61 
 
 		 365 aa  54.3  0.000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0615  capsule biosynthesis protein, putative  34.18 
 
 		 340 aa  53.9  0.000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.546592  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1951  hypothetical protein  38.71 
 
 		 356 aa  53.5  0.000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2477  CapA family protein  31.15 
 
 		 388 aa  53.5  0.000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.125105  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1734  putative capsule biosynthesis protein  35.35 
 
 		 375 aa  52.8  0.00001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.720674  normal  0.681474 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7265  hypothetical protein  28.32 
 
 		 431 aa  53.1  0.00001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2312  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  26.43 
 
 		 493 aa  52.8  0.00001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2400  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  26.43 
 
 		 493 aa  52.4  0.00001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144034  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1192  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  41.89 
 
 		 314 aa  51.6  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0623  capsule biosynthesis protein  30.32 
 
 		 379 aa  52.4  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0135845  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1511  Capsule synthesis protein, CapA  23.59 
 
 		 338 aa  52.4  0.00002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.180166  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1059  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  41.18 
 
 		 390 aa  52.4  0.00002  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14480  capsule synthesis protein PGA_cap  29.66 
 
 		 379 aa  52.4  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0506  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  27.32 
 
 		 325 aa  51.2  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1312  capA protein, putative  31.93 
 
 		 395 aa  50.8  0.00004  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1371  hypothetical protein  25.42 
 
 		 392 aa  50.8  0.00004  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000119096  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2950  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  22.64 
 
 		 331 aa  50.8  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.21297  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2565  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  39.71 
 
 		 365 aa  50.8  0.00004  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2688  hypothetical protein  28.08 
 
 		 712 aa  50.8  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.486891  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1489  hypothetical protein  29.66 
 
 		 330 aa  50.8  0.00005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000816893  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1037  Mur ligase middle domain protein  29.09 
 
 		 1584 aa  50.4  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57988  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3259  hypothetical protein  28.7 
 
 		 710 aa  50.1  0.00006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.962957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6169  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  40.26 
 
 		 337 aa  50.1  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0471744  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2329  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  29.73 
 
 		 383 aa  50.1  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4946  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  30.58 
 
 		 440 aa  50.1  0.00007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0814916  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6386  Capsule synthesis protein, CapA  27.96 
 
 		 845 aa  50.1  0.00008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.175957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3411  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  25.71 
 
 		 373 aa  48.9  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.784569  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2843  Capsule synthesis protein, CapA  36.36 
 
 		 387 aa  49.7  0.0001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1797  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  35.63 
 
 		 350 aa  49.3  0.0001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1691  CapA family protein  41.07 
 
 		 370 aa  49.3  0.0001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1651  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  31.07 
 
 		 368 aa  48.5  0.0002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0375462  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2317  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  37.21 
 
 		 369 aa  48.9  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10584  hypothetical protein  41.07 
 
 		 380 aa  48.5  0.0002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.114132  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1503  CapA family protein  28.46 
 
 		 321 aa  48.9  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0657  poly-gamma-glutamic synthesis  30 
 
 		 329 aa  48.5  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.801382  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3206  CapA domain protein  28.07 
 
 		 422 aa  48.1  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2622  Capsule synthesis protein, CapA  25.93 
 
 		 380 aa  48.5  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2407  Mur ligase middle domain-containing protein  30 
 
 		 1020 aa  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.29011 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0324  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  31.71 
 
 		 346 aa  47.8  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.491036  normal  0.1082 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46240  hypothetical protein  31.19 
 
 		 370 aa  47.8  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.118841  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3851  putative capsule biosynthesis protein  33.75 
 
 		 379 aa  47.4  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1939  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  31.52 
 
 		 379 aa  47.8  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0513697  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4320  hypothetical protein  60.53 
 
 		 384 aa  47.4  0.0005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0878146 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1991  CapA family protein  33.02 
 
 		 378 aa  47  0.0006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0760  hypothetical protein  31.71 
 
 		 363 aa  46.6  0.0007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000718569  hitchhiker  2.13872e-16 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0638  putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  25.52 
 
 		 483 aa  46.6  0.0007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.379007  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1398  putative polyglutamate synthase CapA  29.27 
 
 		 360 aa  46.6  0.0008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4760  hypothetical protein  57.89 
 
 		 382 aa  46.6  0.0008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.124071  hitchhiker  0.00173955 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1464  hypothetical protein  27.32 
 
 		 390 aa  46.2  0.001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1553  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like  36.17 
 
 		 466 aa  46.2  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.561775  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2483  poly-gamma-glutamate synthesis protein  35.53 
 
 		 374 aa  45.8  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.152076 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>