142 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1464 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_1464  hypothetical protein  100 
 
 
390 aa  779    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0617  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  58.71 
 
 
405 aa  443  1e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1734  putative capsule biosynthesis protein  60.61 
 
 
375 aa  416  9.999999999999999e-116  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.720674  normal  0.681474 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3775  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  54.55 
 
 
398 aa  408  1.0000000000000001e-112  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3669  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  53.99 
 
 
375 aa  403  1e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.573213  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3859  putative capsule biosynthesis protein  57.26 
 
 
370 aa  390  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.404083  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2483  poly-gamma-glutamate synthesis protein  55.43 
 
 
374 aa  386  1e-106  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.152076 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46240  hypothetical protein  56.47 
 
 
370 aa  383  1e-105  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.118841  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6138  putative capsule biosynthesis protein  56.45 
 
 
382 aa  379  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.608597  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0048  polyglutamate synthase  55.19 
 
 
491 aa  379  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.97464  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3851  putative capsule biosynthesis protein  53.7 
 
 
379 aa  380  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1318  polyglutamate synthase  54.92 
 
 
377 aa  376  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1548  hypothetical protein  55.19 
 
 
478 aa  376  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.587704  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1460  hypothetical protein  55.19 
 
 
409 aa  378  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.900612  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2523  poly-gamma-glutamate synthesis protein  53.31 
 
 
368 aa  363  2e-99  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1691  CapA family protein  53.04 
 
 
370 aa  356  5e-97  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10584  hypothetical protein  48.63 
 
 
380 aa  329  6e-89  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.114132  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0836  hypothetical protein  53.31 
 
 
364 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.346342  normal  0.760387 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26970  predicted protein  39.46 
 
 
365 aa  197  4.0000000000000005e-49  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0483  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  36.96 
 
 
327 aa  168  2e-40  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2950  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  36.69 
 
 
331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.21297  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2565  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  36.98 
 
 
365 aa  147  2.0000000000000003e-34  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1210  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  34.67 
 
 
324 aa  145  1e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3475  putative capsule biosynthesis protein  36.56 
 
 
327 aa  142  8e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1511  Capsule synthesis protein, CapA  36.1 
 
 
338 aa  132  1.0000000000000001e-29  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.180166  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1059  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  34.21 
 
 
390 aa  129  8.000000000000001e-29  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3480  Capsule synthesis protein, CapA  33.73 
 
 
346 aa  128  2.0000000000000002e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3091  poly-gamma-glutamate synthesis protein  50.43 
 
 
120 aa  120  4.9999999999999996e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0504  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  29.37 
 
 
411 aa  114  3e-24  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000299856  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0506  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  35.16 
 
 
325 aa  110  6e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3529  capsule biosynthesis protein, putative  30.16 
 
 
349 aa  106  8e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.198641  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3235  capsule biosynthesis protein, putative  29.41 
 
 
358 aa  105  1e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0615  capsule biosynthesis protein, putative  28.9 
 
 
340 aa  95.9  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.546592  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2407  Mur ligase middle domain-containing protein  33.66 
 
 
1020 aa  93.6  6e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.29011 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0036  capsule biosynthesis protein, putative  32.76 
 
 
351 aa  92  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1037  Mur ligase middle domain protein  27.99 
 
 
1584 aa  89.7  7e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.57988  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0286  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  25.91 
 
 
348 aa  86.7  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000357505  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4101  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  24.62 
 
 
588 aa  85.5  0.000000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.422401  normal  0.368838 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1713  capsule biosynthesis protein CapA  26.38 
 
 
367 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.680497  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1856  hypothetical protein  25.96 
 
 
367 aa  84.7  0.000000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3486  hypothetical protein  25.53 
 
 
367 aa  84.3  0.000000000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1940  hypothetical protein  25.11 
 
 
367 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1696  capsule biosynthesis protein  25.11 
 
 
367 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.369686  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0519  hypothetical protein  30.62 
 
 
366 aa  80.9  0.00000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4800  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  30.97 
 
 
360 aa  80.5  0.00000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2389  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  31.58 
 
 
342 aa  80.1  0.00000000000007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1671  capsule biosynthesis protein  24.68 
 
 
367 aa  79.3  0.0000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007323  GBAA_pXO2_0064  capsule biosynthesis protein CapA  23.96 
 
 
411 aa  79  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14130  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  30.99 
 
 
420 aa  79  0.0000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0689518  normal  0.290388 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1719  hypothetical protein  24.26 
 
 
367 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1855  hypothetical protein  24.26 
 
 
367 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1971  hypothetical protein  24.26 
 
 
367 aa  78.2  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1893  hypothetical protein  24.26 
 
 
367 aa  79  0.0000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4801  capsule biosynthesis protein, putative  30.14 
 
 
365 aa  76.3  0.0000000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3411  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  26.27 
 
 
373 aa  76.3  0.0000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.784569  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0144  hypothetical protein  31.41 
 
 
378 aa  75.9  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2843  Capsule synthesis protein, CapA  29.58 
 
 
387 aa  75.9  0.000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2679  Mur ligase middle domain-containing protein  30.36 
 
 
403 aa  75.9  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2406  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  30.42 
 
 
328 aa  75.1  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.163685  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1192  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  30.84 
 
 
314 aa  74.7  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2329  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  30.09 
 
 
383 aa  73.9  0.000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3556  hypothetical protein  26.63 
 
 
373 aa  73.9  0.000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0984898  normal  0.0100122 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1398  putative polyglutamate synthase CapA  27.95 
 
 
360 aa  73.2  0.000000000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3638  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  30.04 
 
 
403 aa  71.6  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14480  capsule synthesis protein PGA_cap  30 
 
 
379 aa  72  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1681  SH3 type 3 domain protein  30.94 
 
 
536 aa  71.6  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1872  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  24.4 
 
 
356 aa  71.2  0.00000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000802014  normal  0.278856 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0679  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  29.07 
 
 
360 aa  70.1  0.00000000006  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0464077  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7265  hypothetical protein  36.25 
 
 
431 aa  70.1  0.00000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2458  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  27.2 
 
 
440 aa  69.3  0.0000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4665  Mur ligase, middle region  28.71 
 
 
851 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4753  Mur ligase middle domain-containing protein  28.71 
 
 
1299 aa  68.9  0.0000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1535  hypothetical protein  26.26 
 
 
372 aa  69.3  0.0000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0104917 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3661  poly-gamma-glutamate biosynthesis/capsule biosynthesis protein  28.74 
 
 
672 aa  69.3  0.0000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11420  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  26.52 
 
 
450 aa  67.8  0.0000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0108091  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0238  hypothetical protein  28.23 
 
 
377 aa  68.2  0.0000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6169  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  25.67 
 
 
337 aa  67.4  0.0000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0471744  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4657  Methyltransferase type 11  22.62 
 
 
624 aa  67.4  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.109696 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3206  CapA domain protein  24.18 
 
 
422 aa  67  0.0000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1584  hypothetical protein  26.24 
 
 
372 aa  67  0.0000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.654532  normal  0.384648 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0288  Capsule synthesis protein, CapA  30.37 
 
 
373 aa  66.6  0.0000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.713971 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1536  Capsule synthesis protein, CapA  28.28 
 
 
429 aa  66.6  0.0000000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.366141  normal  0.237354 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1093  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  25.91 
 
 
397 aa  65.1  0.000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1651  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  27.78 
 
 
368 aa  64.3  0.000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0375462  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1797  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  26.36 
 
 
350 aa  63.2  0.000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2400  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  29.55 
 
 
493 aa  62.4  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144034  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1225  putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  21.02 
 
 
418 aa  61.2  0.00000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.0000000030938  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1489  hypothetical protein  25 
 
 
330 aa  60.8  0.00000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000816893  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2312  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  27.78 
 
 
361 aa  60.8  0.00000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00411827  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2278  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  25.91 
 
 
396 aa  60.8  0.00000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2312  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  29.09 
 
 
493 aa  60.8  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1939  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  31.02 
 
 
379 aa  59.7  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0513697  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3300  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  25 
 
 
464 aa  59.7  0.00000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2317  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  27.38 
 
 
369 aa  58.9  0.0000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2622  Capsule synthesis protein, CapA  28.26 
 
 
380 aa  58.2  0.0000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0060  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  30.58 
 
 
405 aa  58.9  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2656  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  25.5 
 
 
438 aa  58.2  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.253936  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1235  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  27.71 
 
 
455 aa  58.2  0.0000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5041  hypothetical protein  23.64 
 
 
412 aa  57.8  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1784  capsule biosynthesis protein CapA  23.5 
 
 
362 aa  57.8  0.0000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>