148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3259 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003910  CPS_2688  hypothetical protein  50.65 
 
 
712 aa  684    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.486891  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3259  hypothetical protein  100 
 
 
710 aa  1470    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.962957  normal 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3661  poly-gamma-glutamate biosynthesis/capsule biosynthesis protein  33.24 
 
 
672 aa  170  9e-41  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0036  capsule biosynthesis protein, putative  32.86 
 
 
351 aa  132  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2843  Capsule synthesis protein, CapA  29.36 
 
 
387 aa  130  8.000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007323  GBAA_pXO2_0064  capsule biosynthesis protein CapA  25.9 
 
 
411 aa  126  2e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1971  hypothetical protein  34.26 
 
 
367 aa  123  9e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1671  capsule biosynthesis protein  34.26 
 
 
367 aa  123  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1681  SH3 type 3 domain protein  29.41 
 
 
536 aa  123  9.999999999999999e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1719  hypothetical protein  33.8 
 
 
367 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1696  capsule biosynthesis protein  34.26 
 
 
367 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.369686  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1855  hypothetical protein  33.8 
 
 
367 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1893  hypothetical protein  33.8 
 
 
367 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1856  hypothetical protein  33.33 
 
 
367 aa  120  7e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1940  hypothetical protein  33.8 
 
 
367 aa  120  9.999999999999999e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3486  hypothetical protein  33.8 
 
 
367 aa  119  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1713  capsule biosynthesis protein CapA  32.41 
 
 
367 aa  118  5e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.680497  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2242  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like  30 
 
 
374 aa  117  6.9999999999999995e-25  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00100002  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3529  capsule biosynthesis protein, putative  30.96 
 
 
349 aa  117  7.999999999999999e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.198641  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3235  capsule biosynthesis protein, putative  28.01 
 
 
358 aa  117  8.999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14130  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  31.34 
 
 
420 aa  115  3e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0689518  normal  0.290388 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1872  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  27.76 
 
 
356 aa  113  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.000000000000802014  normal  0.278856 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0615  capsule biosynthesis protein, putative  29.11 
 
 
340 aa  113  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.546592  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0238  hypothetical protein  28.16 
 
 
377 aa  111  6e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6386  Capsule synthesis protein, CapA  38.62 
 
 
845 aa  110  9.000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.175957  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2312  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  33.94 
 
 
493 aa  109  1e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2400  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  33.94 
 
 
493 aa  109  2e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144034  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0519  hypothetical protein  26.69 
 
 
366 aa  108  3e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0286  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  29.79 
 
 
348 aa  108  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000357505  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0138  Capsule synthesis protein, CapA  28.97 
 
 
397 aa  106  1e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4101  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  26.93 
 
 
588 aa  105  2e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.422401  normal  0.368838 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1398  putative polyglutamate synthase CapA  30.71 
 
 
360 aa  105  3e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4800  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  25.71 
 
 
360 aa  105  3e-21  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0504  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  27.53 
 
 
411 aa  100  7e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000299856  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1553  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like  34.7 
 
 
466 aa  100  8e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.561775  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1093  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  25.25 
 
 
397 aa  99.8  1e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1210  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  27.52 
 
 
324 aa  99.8  2e-19  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1192  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  31 
 
 
314 aa  97.4  8e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0483  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  26.2 
 
 
327 aa  96.3  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4801  capsule biosynthesis protein, putative  27.38 
 
 
365 aa  95.5  3e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0638  putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  31.05 
 
 
483 aa  94.7  5e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.379007  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7265  hypothetical protein  29.96 
 
 
431 aa  92.4  3e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2477  CapA family protein  25 
 
 
388 aa  92  4e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.125105  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2950  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  24.54 
 
 
331 aa  90.5  9e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.21297  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0679  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  27.68 
 
 
360 aa  90.1  1e-16  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0464077  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2407  Mur ligase middle domain-containing protein  25.73 
 
 
1020 aa  89.7  2e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.29011 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0668  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  31.58 
 
 
377 aa  88.2  5e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.133268  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2406  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  30.48 
 
 
328 aa  87.8  7e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.163685  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2260  putative enzyme of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  30.71 
 
 
474 aa  86.7  0.000000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0234655  normal  0.0161393 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1797  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  33.33 
 
 
350 aa  86.7  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2713  CapA family protein  30.95 
 
 
321 aa  86.3  0.000000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.292185 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1503  CapA family protein  28.96 
 
 
321 aa  86.3  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0324  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  27.15 
 
 
346 aa  84.3  0.000000000000007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.491036  normal  0.1082 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46240  hypothetical protein  26.93 
 
 
370 aa  84  0.000000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.118841  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0506  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  27.27 
 
 
325 aa  84  0.000000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1951  hypothetical protein  28.09 
 
 
356 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2389  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  28.84 
 
 
342 aa  82.8  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3851  putative capsule biosynthesis protein  25.96 
 
 
379 aa  82.4  0.00000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2631  Putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  26.71 
 
 
369 aa  81.6  0.00000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1511  Capsule synthesis protein, CapA  23.86 
 
 
338 aa  81.6  0.00000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.180166  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0144  hypothetical protein  26.42 
 
 
378 aa  81.6  0.00000000000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2278  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  25.37 
 
 
396 aa  81.6  0.00000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0958  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  23.26 
 
 
607 aa  80.5  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0278824  normal  0.0914422 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1059  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  25.57 
 
 
390 aa  80.5  0.0000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2317  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  28.41 
 
 
369 aa  79.7  0.0000000000002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2622  Capsule synthesis protein, CapA  27.95 
 
 
380 aa  78.6  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2329  conserved hypothetical protein; putative signal peptide  28.36 
 
 
383 aa  79  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1651  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  25.58 
 
 
368 aa  78.6  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0375462  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3206  CapA domain protein  27.86 
 
 
422 aa  78.6  0.0000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4320  hypothetical protein  28.35 
 
 
384 aa  78.2  0.0000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0878146 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2679  Mur ligase middle domain-containing protein  29.89 
 
 
403 aa  77  0.000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1318  polyglutamate synthase  26.51 
 
 
377 aa  76.6  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6169  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis enzyme  25 
 
 
337 aa  75.9  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0471744  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4760  hypothetical protein  28.74 
 
 
382 aa  75.5  0.000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.124071  hitchhiker  0.00173955 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0806  putative poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)-like protein  31.03 
 
 
343 aa  74.7  0.000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.207843  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0060  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  26.3 
 
 
405 aa  74.7  0.000000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3480  Capsule synthesis protein, CapA  25.66 
 
 
346 aa  73.9  0.000000000009  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2565  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  25.37 
 
 
365 aa  73.6  0.00000000001  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1870  poly-gamma-glutamate biosynthesis protein  27.83 
 
 
392 aa  73.6  0.00000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0760  hypothetical protein  27.22 
 
 
363 aa  72  0.00000000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.0000000718569  hitchhiker  2.13872e-16 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3475  putative capsule biosynthesis protein  25.23 
 
 
327 aa  72  0.00000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0836  hypothetical protein  27.59 
 
 
364 aa  71.2  0.00000000005  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.346342  normal  0.760387 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1784  capsule biosynthesis protein CapA  24.64 
 
 
362 aa  71.2  0.00000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1548  hypothetical protein  24.55 
 
 
478 aa  70.9  0.00000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.587704  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3652  putative protein of poly-gamma-glutamate biosynthesis (capsule formation)  25 
 
 
380 aa  70.5  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0103704  normal  0.169407 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3669  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  22.87 
 
 
375 aa  70.5  0.00000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.573213  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0048  polyglutamate synthase  24.85 
 
 
491 aa  69.3  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.97464  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1734  putative capsule biosynthesis protein  24.62 
 
 
375 aa  69.7  0.0000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.720674  normal  0.681474 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1489  hypothetical protein  28.11 
 
 
330 aa  69.3  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000816893  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1460  hypothetical protein  24.85 
 
 
409 aa  69.7  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.900612  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0726  CapA domain protein  24.01 
 
 
450 aa  69.3  0.0000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000469143  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0288  Capsule synthesis protein, CapA  26.33 
 
 
373 aa  70.1  0.0000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.713971 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1371  hypothetical protein  27.64 
 
 
392 aa  68.9  0.0000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000119096  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4665  Mur ligase, middle region  26.8 
 
 
851 aa  68.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3775  poly-gamma-glutamate synthesis protein (capsule biosynthesis protein)  24.41 
 
 
398 aa  68.9  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4753  Mur ligase middle domain-containing protein  26.8 
 
 
1299 aa  68.9  0.0000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.592677 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26970  predicted protein  29.87 
 
 
365 aa  68.9  0.0000000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1991  CapA family protein  25.07 
 
 
378 aa  68.9  0.0000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3006  capsule biosynthesis protein CapA  27.17 
 
 
411 aa  69.3  0.0000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.131002  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1933  capsule biosynthesis protein CapA  27.17 
 
 
411 aa  68.9  0.0000000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.346759  normal  0.248941 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>