285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3088 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3088  lipoyltransferase  100 
 
 		 225 aa  459  9.999999999999999e-129  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2381  lipoate-protein ligase B  72.43 
 
 		 220 aa  324  8.000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.735279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1252  lipoyltransferase  74.76 
 
 		 216 aa  322  3e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.33407 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0589  lipoate-protein ligase B  67.61 
 
 		 267 aa  302  3.0000000000000004e-81  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0555  lipoate-protein ligase B  67.14 
 
 		 267 aa  300  2e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0665  lipoate-protein ligase B  67.91 
 
 		 218 aa  298  5e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.119674  normal  0.0262975 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3655  lipoate-protein ligase B  66.67 
 
 		 270 aa  297  7e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.347972  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1878  lipoate-protein ligase B  67.91 
 
 		 218 aa  296  1e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0528  lipoate-protein ligase B  67.91 
 
 		 218 aa  297  1e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.740621  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1045  lipoyltransferase  66.2 
 
 		 246 aa  293  1e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0860459  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0698  lipoate-protein ligase B  66.51 
 
 		 244 aa  290  1e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1936  lipoyltransferase  67.12 
 
 		 218 aa  287  1e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00922586 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1948  lipoate-protein ligase B  62.84 
 
 		 243 aa  286  1e-76  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3805  lipoate-protein ligase B  64.98 
 
 		 243 aa  286  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0737011 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2774  lipoate-protein ligase B  66.98 
 
 		 225 aa  285  5e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.258038  normal  0.144607 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1871  lipoate-protein ligase B  63.18 
 
 		 237 aa  283  1.0000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159982  normal  0.0798648 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1026  lipoate-protein ligase B  63.85 
 
 		 262 aa  282  4.0000000000000003e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.00000441542  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2074  lipoate-protein ligase B  64.19 
 
 		 237 aa  281  6.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0898  lipoate-protein ligase B  57.85 
 
 		 241 aa  278  6e-74  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.572856  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1621  lipoate-protein ligase B  60.63 
 
 		 239 aa  271  5.000000000000001e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00888371  normal  0.103618 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4082  lipoate-protein ligase B  61.16 
 
 		 262 aa  268  7e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1996  lipoate-protein ligase B  61.68 
 
 		 216 aa  266  1e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.895983  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6295  lipoate-protein ligase B  60.93 
 
 		 236 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3161  lipoate-protein ligase B  63.8 
 
 		 241 aa  263  2e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4211  lipoate-protein ligase B  61.97 
 
 		 244 aa  260  1e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.374535 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4581  lipoate-protein ligase B  61.97 
 
 		 244 aa  260  1e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0695462 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2371  lipoate-protein ligase B  61.78 
 
 		 255 aa  259  2e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.417087  normal  0.838068 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3083  lipoate-protein ligase B  63.26 
 
 		 255 aa  259  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.372719 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4726  lipoate-protein ligase B  62.98 
 
 		 211 aa  247  1e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.78228  normal  0.0194812 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5311  lipoate-protein ligase B  63.26 
 
 		 235 aa  246  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0319626 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3348  lipoate-protein ligase B  63.01 
 
 		 247 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1401  lipoate-protein ligase B  57.42 
 
 		 223 aa  244  9e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.482656  normal  0.150956 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1745  lipoate-protein ligase B  61.09 
 
 		 226 aa  242  3e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.548162  normal  0.138545 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4892  lipoate-protein ligase B  61.36 
 
 		 240 aa  241  5e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.861284  normal  0.17832 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3579  lipoate-protein ligase B  61.16 
 
 		 245 aa  240  1e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2163  lipoyltransferase  61.11 
 
 		 241 aa  238  4e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1731  lipoyltransferase  59.07 
 
 		 231 aa  229  3e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.558674  normal  0.523049 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2290  lipoate-protein ligase B  53.78 
 
 		 228 aa  227  1e-58  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1014  lipoate-protein ligase B  46.98 
 
 		 205 aa  225  4e-58  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.449501  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0371  lipoate-protein ligase B  47.93 
 
 		 214 aa  223  2e-57  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0131987  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1350  lipoate-protein ligase B  52.97 
 
 		 217 aa  218  5e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.619841  normal  0.0278741 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0640  lipoate-protein ligase B  46.54 
 
 		 214 aa  216  2e-55  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0120  lipoate-protein ligase B  50.45 
 
 		 232 aa  213  1.9999999999999998e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.580477  normal  0.0291639 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0094  lipoate-protein ligase B  53.73 
 
 		 222 aa  197  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0100  lipoate-protein ligase B  41.47 
 
 		 209 aa  184  8e-46  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0350  lipoate-protein ligase B  42.5 
 
 		 211 aa  144  9e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10460  lipoate-protein ligase B  43.32 
 
 		 246 aa  137  2e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  decreased coverage  0.00811076  normal  0.015008 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2704  lipoate-protein ligase B  40.39 
 
 		 203 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2037  lipoate-protein ligase B  35.78 
 
 		 228 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1469  lipoyltransferase  34.31 
 
 		 199 aa  133  3e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2747  lipoate-protein ligase B  38.18 
 
 		 213 aa  133  3e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4819  lipoate-protein ligase B  37.96 
 
 		 218 aa  132  5e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0269  lipoate-protein ligase B  40.91 
 
 		 218 aa  132  5e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.896037 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3220  lipoate-protein ligase B  37.04 
 
 		 239 aa  132  6e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0755352  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2876  lipoyltransferase  37.04 
 
 		 239 aa  132  6e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4359  lipoate-protein ligase B  37.5 
 
 		 218 aa  131  6.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.100426  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4188  lipoyltransferase  36.53 
 
 		 213 aa  131  1.0000000000000001e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0627971 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1514  lipoyltransferase  34.12 
 
 		 199 aa  130  2.0000000000000002e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0528  lipoate-protein ligase B  38.05 
 
 		 212 aa  130  2.0000000000000002e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.58244  normal  0.525035 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4467  lipoate-protein ligase B  35.09 
 
 		 230 aa  129  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4854  lipoate-protein ligase B  36.45 
 
 		 215 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0288  lipoate-protein ligase B  37.89 
 
 		 205 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1921  lipoate-protein ligase B  39.15 
 
 		 247 aa  128  7.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00431373  hitchhiker  0.000603896 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0620  lipoate-protein ligase B  36.45 
 
 		 215 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1269  lipoate-protein ligase B  34.72 
 
 		 214 aa  127  1.0000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3155  lipoate-protein ligase B  35.98 
 
 		 227 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000182986  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08450  lipoate-protein ligase B  37.26 
 
 		 218 aa  127  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.699386  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04288  lipoate-protein ligase B  37.04 
 
 		 224 aa  127  1.0000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0243  lipoate-protein ligase B  36.36 
 
 		 224 aa  127  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2353  lipoyltransferase  35.94 
 
 		 233 aa  127  2.0000000000000002e-28  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3335  lipoate-protein ligase B  37.37 
 
 		 216 aa  126  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000375701  normal  0.0176495 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4801  lipoate-protein ligase B  36.45 
 
 		 216 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.255218 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2842  lipoate-protein ligase B  38.89 
 
 		 214 aa  125  4.0000000000000003e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117951  hitchhiker  0.000142913 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3026  lipoate-protein ligase B  36.63 
 
 		 233 aa  125  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0519842  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2954  lipoate-protein ligase B  36.63 
 
 		 233 aa  125  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000757866  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3326  lipoate-protein ligase B  42.21 
 
 		 213 aa  125  5e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.117098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4676  lipoate-protein ligase B  36.45 
 
 		 215 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.946401  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0179  lipoate-protein ligase B  37.3 
 
 		 215 aa  125  5e-28  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.799971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1854  lipoate-protein ligase B  36.63 
 
 		 232 aa  125  6e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000629456  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1176  lipoate-protein ligase B  38.8 
 
 		 227 aa  125  7e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000926852  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3443  lipoate-protein ligase B  37.37 
 
 		 236 aa  124  8.000000000000001e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.822951  normal  0.715309 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1015  lipoate-protein ligase B  40.43 
 
 		 217 aa  124  9e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0314  lipoate-protein ligase B  33.92 
 
 		 251 aa  124  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.113052  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00599  lipoyltransferase  39.43 
 
 		 213 aa  124  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2996  lipoate-protein ligase B  39.43 
 
 		 213 aa  124  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000404863  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2434  lipoate-protein ligase B  39.44 
 
 		 227 aa  124  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.824182  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3031  lipoate-protein ligase B  34.55 
 
 		 227 aa  124  1e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0655  lipoate-protein ligase B  39.43 
 
 		 213 aa  124  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000162879  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0682  lipoate-protein ligase B  39.43 
 
 		 213 aa  124  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000064187  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0718  lipoate-protein ligase B  39.43 
 
 		 213 aa  124  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000105703  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0621  lipoate-protein ligase B  39.43 
 
 		 213 aa  124  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3714  lipoate-protein ligase B  33.17 
 
 		 219 aa  124  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000923711  hitchhiker  0.00434688 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3015  lipoate-protein ligase B  39.43 
 
 		 213 aa  124  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0323475  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00588  hypothetical protein  39.43 
 
 		 213 aa  124  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.277284  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1165  lipoyltransferase  37.91 
 
 		 213 aa  123  2e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.330887  normal  0.173019 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0315  lipoate-protein ligase B  37 
 
 		 224 aa  123  2e-27  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0215792 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0693  lipoate-protein ligase B  33.17 
 
 		 216 aa  124  2e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0109  lipoate-protein ligase B  36.36 
 
 		 207 aa  122  3e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.20872  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0650  lipoate-protein ligase B  39.43 
 
 		 213 aa  123  3e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000116189  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1554  lipoate-protein ligase B  37.28 
 
 		 217 aa  122  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00660992  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>