More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3060 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3060  translation factor SUA5  100 
 
 
323 aa  635    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279316  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2399  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  62.5 
 
 
312 aa  339  4e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0743  translation factor SUA5  62.18 
 
 
312 aa  338  5e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.763495  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0435  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  63.29 
 
 
316 aa  336  3.9999999999999995e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2463  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  60.13 
 
 
312 aa  334  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2023  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.25 
 
 
326 aa  311  9e-84  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0150257  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0831  translation factor SUA5  55.42 
 
 
327 aa  310  2.9999999999999997e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.167827  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0715  translation factor SUA5  58.12 
 
 
318 aa  308  8e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2842  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.51 
 
 
335 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0774  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  56.77 
 
 
320 aa  306  4.0000000000000004e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.902931  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0405  Sua5/YciO/YrdC family protein  56.04 
 
 
323 aa  305  6e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0389  Sua5/YciO/YrdC family protein  52.26 
 
 
320 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.50354  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0414  Sua5/YciO/YrdC family protein  55.42 
 
 
323 aa  301  8.000000000000001e-81  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.395003  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0444  translation factor SUA5  58.15 
 
 
322 aa  299  4e-80  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0524  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  53.97 
 
 
332 aa  298  6e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2387  translation factor SUA5  57.49 
 
 
333 aa  298  1e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.833113 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3049  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  56.25 
 
 
323 aa  297  2e-79  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.268552  normal  0.430459 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1267  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.5 
 
 
326 aa  295  5e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4587  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  57.45 
 
 
329 aa  293  2e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1247  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  59.42 
 
 
330 aa  291  9e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0227  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.26 
 
 
322 aa  290  3e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1132  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  58.25 
 
 
329 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.763244 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3265  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  55.21 
 
 
345 aa  288  6e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327071  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0594  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  54.49 
 
 
324 aa  286  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120581  normal  0.895593 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0445  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  56.86 
 
 
328 aa  287  2e-76  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4473  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.86 
 
 
329 aa  286  4e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0940782  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4305  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  53.73 
 
 
327 aa  285  8e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4105  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.53 
 
 
329 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.854949  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4009  hypothetical protein  56.39 
 
 
328 aa  283  2.0000000000000002e-75  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0547  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  54.49 
 
 
324 aa  281  8.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373463  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0976  hypothetical protein  52.66 
 
 
323 aa  281  8.000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3895  translation factor SUA5  55.59 
 
 
314 aa  281  1e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3084  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  61.7 
 
 
325 aa  278  1e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.372213  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2369  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  57.38 
 
 
330 aa  274  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2696  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  55.73 
 
 
328 aa  273  3e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3830  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  55.81 
 
 
332 aa  267  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.905115 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0481  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.16 
 
 
324 aa  265  8.999999999999999e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1769  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  54.51 
 
 
315 aa  264  2e-69  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.406307 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0075  translation factor SUA5  52.72 
 
 
313 aa  263  3e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4486  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  54.92 
 
 
296 aa  248  9e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.503081 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0126  translation factor SUA5  51.66 
 
 
315 aa  242  5e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0175  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.88 
 
 
327 aa  241  2e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.559973  normal  0.684757 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0231  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.44 
 
 
349 aa  238  6.999999999999999e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0434156  normal  0.320696 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0403  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  49.21 
 
 
316 aa  237  2e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1394  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.05 
 
 
324 aa  231  9e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.406188 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1857  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.46 
 
 
322 aa  224  2e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0735  hypothetical protein  40 
 
 
325 aa  221  9.999999999999999e-57  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0016  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.79 
 
 
323 aa  220  1.9999999999999999e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0224928  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4092  translation factor SUA5  45.45 
 
 
321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.323692 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1782  translation factor SUA5  39.22 
 
 
337 aa  213  2.9999999999999995e-54  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4831  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.69 
 
 
348 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0105572  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3319  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.74 
 
 
348 aa  212  5.999999999999999e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.831205  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3166  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.98 
 
 
354 aa  210  3e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0126434  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2418  translation factor SUA5  43.13 
 
 
321 aa  210  3e-53  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.85919  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1598  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.28 
 
 
331 aa  206  4e-52  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.215089 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.96 
 
 
349 aa  203  3e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0807  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.53 
 
 
338 aa  202  5e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.172547  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0454  translation factor SUA5  38.82 
 
 
342 aa  202  8e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1246  putative translation factor (SUA5)  40.18 
 
 
334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.377442  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1193  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.63 
 
 
330 aa  200  3e-50  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2287  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.44 
 
 
346 aa  200  3e-50  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.036585  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0400  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.21 
 
 
345 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1749  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.7 
 
 
345 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.172136  normal  0.622284 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5452  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.25 
 
 
346 aa  197  3e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0228845  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2395  translation factor SUA5  40.47 
 
 
352 aa  196  4.0000000000000005e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.311309 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3846  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.5 
 
 
347 aa  196  6e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00967711  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1129  translation factor SUA5  40.66 
 
 
342 aa  196  6e-49  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.712413 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0020  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  49.52 
 
 
317 aa  196  7e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.857779  normal  0.7385 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3747  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.16 
 
 
352 aa  195  8.000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.585251  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5504  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.25 
 
 
346 aa  195  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000376853  unclonable  1.14998e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5448  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.25 
 
 
346 aa  195  9e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.011245  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0096  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.63 
 
 
354 aa  195  9e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17950  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.14 
 
 
364 aa  194  2e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0108517  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5123  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.25 
 
 
346 aa  194  2e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401349  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5174  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.25 
 
 
346 aa  193  3e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5009  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.25 
 
 
346 aa  193  3e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000874149  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5025  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.25 
 
 
346 aa  193  3e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00487742  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5568  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.25 
 
 
346 aa  193  3e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00343157  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5503  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.25 
 
 
346 aa  193  3e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000113963  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5417  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.25 
 
 
346 aa  193  3e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.7505e-62 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0139  translation factor SUA5  38.48 
 
 
350 aa  192  4e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2464  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.37 
 
 
350 aa  190  2.9999999999999997e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1813  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.05 
 
 
366 aa  189  4e-47  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00420003  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2174  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.45 
 
 
350 aa  189  5e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0143173  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1580  translation factor SUA5  38.1 
 
 
337 aa  189  5e-47  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0269  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.65 
 
 
348 aa  189  5.999999999999999e-47  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000257008  normal  0.95285 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1345  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.6 
 
 
358 aa  189  5.999999999999999e-47  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.165171 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0378  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.79 
 
 
349 aa  188  9e-47  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.606167  normal  0.126735 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0257  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.79 
 
 
359 aa  188  1e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00354892  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0710  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.71 
 
 
331 aa  185  8e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1674  Sua5/YciO/YrdC family protein  43.12 
 
 
328 aa  185  9e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1371  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.12 
 
 
328 aa  185  9e-46  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2151  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.62 
 
 
358 aa  185  9e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0755  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.88 
 
 
344 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00940805  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2011  translation factor SUA5  37.77 
 
 
350 aa  183  3e-45  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1961  translation factor SUA5  42.94 
 
 
335 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2595  translation factor SUA5  37.27 
 
 
351 aa  183  4.0000000000000006e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0328746  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.06 
 
 
348 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1464  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.94 
 
 
341 aa  182  6e-45  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4321  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.42 
 
 
356 aa  182  8.000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.550799 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>