More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1267 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1267  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  100 
 
 
326 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1132  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  78.53 
 
 
329 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.763244 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1247  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  80.07 
 
 
330 aa  442  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4305  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  72.39 
 
 
327 aa  424  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2387  translation factor SUA5  74.92 
 
 
333 aa  414  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.833113 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2696  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  72.7 
 
 
328 aa  410  1e-113  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4009  hypothetical protein  72.7 
 
 
328 aa  408  1e-113  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3265  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  66.23 
 
 
345 aa  363  2e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327071  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2842  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  65.33 
 
 
335 aa  358  5e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4587  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  64.81 
 
 
329 aa  355  5e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4473  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  65.35 
 
 
329 aa  349  3e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0940782  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2023  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  62.66 
 
 
326 aa  346  2e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0150257  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4105  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  64.36 
 
 
329 aa  342  5e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.854949  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0831  translation factor SUA5  60.58 
 
 
327 aa  331  1e-89  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.167827  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0743  translation factor SUA5  60.25 
 
 
312 aa  328  5.0000000000000004e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.763495  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2399  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  60.25 
 
 
312 aa  326  3e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3830  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  63.37 
 
 
332 aa  325  9e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.905115 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2369  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  65.03 
 
 
330 aa  323  2e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2463  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.59 
 
 
312 aa  323  2e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0445  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  60.88 
 
 
328 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0444  translation factor SUA5  58.54 
 
 
322 aa  312  5.999999999999999e-84  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0715  translation factor SUA5  59.29 
 
 
318 aa  312  5.999999999999999e-84  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0594  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  60.73 
 
 
324 aa  311  6.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120581  normal  0.895593 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3049  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.43 
 
 
323 aa  309  4e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.268552  normal  0.430459 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0524  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  56.33 
 
 
332 aa  307  1.0000000000000001e-82  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0405  Sua5/YciO/YrdC family protein  58.23 
 
 
323 aa  306  4.0000000000000004e-82  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0414  Sua5/YciO/YrdC family protein  57.91 
 
 
323 aa  305  8.000000000000001e-82  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.395003  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0389  Sua5/YciO/YrdC family protein  51.72 
 
 
320 aa  303  3.0000000000000004e-81  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.50354  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0435  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  60.38 
 
 
316 aa  298  7e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0547  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.42 
 
 
324 aa  298  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373463  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0976  hypothetical protein  55.23 
 
 
323 aa  297  2e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3060  translation factor SUA5  58.5 
 
 
323 aa  296  4e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279316  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0481  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.91 
 
 
324 aa  292  6e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0774  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  56.13 
 
 
320 aa  291  1e-77  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.902931  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4486  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.67 
 
 
296 aa  278  8e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.503081 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0227  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  57.64 
 
 
322 aa  272  4.0000000000000004e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3895  translation factor SUA5  50.64 
 
 
314 aa  266  2.9999999999999995e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3084  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.02 
 
 
325 aa  259  4e-68  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.372213  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0175  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  49.06 
 
 
327 aa  254  1.0000000000000001e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.559973  normal  0.684757 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0126  translation factor SUA5  51.45 
 
 
315 aa  254  1.0000000000000001e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1769  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  53.16 
 
 
315 aa  254  1.0000000000000001e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.406307 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1394  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.81 
 
 
324 aa  252  5.000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.406188 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1857  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.98 
 
 
322 aa  249  6e-65  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0403  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50 
 
 
316 aa  248  1e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3319  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.24 
 
 
348 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.831205  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0075  translation factor SUA5  52.33 
 
 
313 aa  240  2.9999999999999997e-62  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.64 
 
 
349 aa  238  1e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17950  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.53 
 
 
364 aa  233  3e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0108517  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2418  translation factor SUA5  44.17 
 
 
321 aa  232  5e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.85919  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0016  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  49.05 
 
 
323 aa  230  3e-59  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0224928  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5123  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.14 
 
 
346 aa  229  4e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401349  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5452  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  40.6 
 
 
346 aa  228  8e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0228845  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1598  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.48 
 
 
331 aa  228  2e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.215089 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3846  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.68 
 
 
347 aa  227  2e-58  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00967711  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0807  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.02 
 
 
338 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.172547  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5417  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  40.6 
 
 
346 aa  225  8e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.7505e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5174  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  40.6 
 
 
346 aa  225  8e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5009  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  40.6 
 
 
346 aa  225  8e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000874149  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5025  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  40.6 
 
 
346 aa  225  8e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00487742  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5503  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  40.6 
 
 
346 aa  225  8e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000113963  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5568  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  40.6 
 
 
346 aa  225  8e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00343157  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2395  translation factor SUA5  45.02 
 
 
352 aa  225  8e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.311309 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2595  translation factor SUA5  42.52 
 
 
351 aa  224  1e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0328746  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5448  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.7 
 
 
346 aa  223  3e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.011245  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5504  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.7 
 
 
346 aa  222  6e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000376853  unclonable  1.14998e-25 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1371  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.63 
 
 
328 aa  222  7e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4092  translation factor SUA5  46.3 
 
 
321 aa  222  7e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.323692 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1674  Sua5/YciO/YrdC family protein  46.63 
 
 
328 aa  222  7e-57  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4831  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.99 
 
 
348 aa  222  8e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0105572  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0735  hypothetical protein  41.34 
 
 
325 aa  222  9e-57  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0096  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.25 
 
 
354 aa  220  3e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3166  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.86 
 
 
354 aa  220  3e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0126434  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0020  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.48 
 
 
317 aa  218  1e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.857779  normal  0.7385 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1588  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.68 
 
 
317 aa  216  4e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1580  translation factor SUA5  41.38 
 
 
337 aa  216  5e-55  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1961  translation factor SUA5  49.38 
 
 
335 aa  215  7e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1782  translation factor SUA5  41.85 
 
 
337 aa  215  8e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0499  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.76 
 
 
317 aa  214  9.999999999999999e-55  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2287  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.79 
 
 
346 aa  214  9.999999999999999e-55  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.036585  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3747  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.48 
 
 
352 aa  214  1.9999999999999998e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.585251  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4321  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.18 
 
 
356 aa  213  3.9999999999999995e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.550799 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0400  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.48 
 
 
345 aa  211  1e-53  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0231  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.79 
 
 
349 aa  210  3e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0434156  normal  0.320696 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0452  translation factor SUA5  45.21 
 
 
331 aa  209  5e-53  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0139  translation factor SUA5  38.65 
 
 
350 aa  209  5e-53  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2464  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.06 
 
 
350 aa  209  5e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1565  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  43.64 
 
 
324 aa  209  8e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2174  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.06 
 
 
350 aa  208  1e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0143173  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0710  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.42 
 
 
331 aa  206  4e-52  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2151  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  54.95 
 
 
358 aa  206  5e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0496  translation factor SUA5  42.49 
 
 
323 aa  206  5e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0598  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.53 
 
 
341 aa  206  6e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0840  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.53 
 
 
342 aa  206  6e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0303  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.53 
 
 
341 aa  206  6e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1003  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein, putative  47.53 
 
 
342 aa  206  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.53 
 
 
341 aa  206  6e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0845  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.53 
 
 
341 aa  206  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0044  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.53 
 
 
341 aa  206  6e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.939032  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0669  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.69 
 
 
341 aa  205  9e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1995  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.9 
 
 
319 aa  204  1e-51  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>