More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4305 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4305  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  100 
 
 
327 aa  641    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4009  hypothetical protein  74.46 
 
 
328 aa  440  9.999999999999999e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2387  translation factor SUA5  75.25 
 
 
333 aa  431  1e-119  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.833113 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1267  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  75.08 
 
 
326 aa  430  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2696  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  70.34 
 
 
328 aa  420  1e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1132  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  71.12 
 
 
329 aa  420  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.763244 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1247  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  69.7 
 
 
330 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3265  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  65.16 
 
 
345 aa  364  1e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327071  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2842  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  64.42 
 
 
335 aa  355  7.999999999999999e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4587  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  61.13 
 
 
329 aa  333  2e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2023  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  59.42 
 
 
326 aa  333  3e-90  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0150257  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4473  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  63.55 
 
 
329 aa  331  9e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0940782  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4105  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  62.88 
 
 
329 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.854949  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0831  translation factor SUA5  58.33 
 
 
327 aa  322  6e-87  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.167827  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0743  translation factor SUA5  58.33 
 
 
312 aa  320  9.999999999999999e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.763495  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2399  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.33 
 
 
312 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0547  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.09 
 
 
324 aa  315  5e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373463  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0524  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  55.21 
 
 
332 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2369  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  61.11 
 
 
330 aa  311  7.999999999999999e-84  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2463  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  57.19 
 
 
312 aa  311  9e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0594  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  57.76 
 
 
324 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120581  normal  0.895593 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0445  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  57.37 
 
 
328 aa  306  3e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0976  hypothetical protein  52.98 
 
 
323 aa  304  2.0000000000000002e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0435  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  57.98 
 
 
316 aa  302  6.000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3830  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  59.47 
 
 
332 aa  301  1e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.905115 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0414  Sua5/YciO/YrdC family protein  55.17 
 
 
323 aa  300  3e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.395003  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0405  Sua5/YciO/YrdC family protein  55.17 
 
 
323 aa  299  5e-80  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0481  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  53.18 
 
 
324 aa  296  4e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0715  translation factor SUA5  56.63 
 
 
318 aa  293  2e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0444  translation factor SUA5  53.63 
 
 
322 aa  289  5.0000000000000004e-77  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0389  Sua5/YciO/YrdC family protein  49.84 
 
 
320 aa  288  9e-77  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.50354  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3060  translation factor SUA5  56.03 
 
 
323 aa  286  4e-76  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279316  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0774  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.87 
 
 
320 aa  276  3e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.902931  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3895  translation factor SUA5  53.02 
 
 
314 aa  275  6e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4486  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  56.86 
 
 
296 aa  271  8.000000000000001e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.503081 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3049  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52 
 
 
323 aa  270  2.9999999999999997e-71  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.268552  normal  0.430459 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0175  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.06 
 
 
327 aa  256  3e-67  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.559973  normal  0.684757 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0227  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  55.27 
 
 
322 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0126  translation factor SUA5  50.64 
 
 
315 aa  251  8.000000000000001e-66  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1769  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  52.03 
 
 
315 aa  251  9.000000000000001e-66  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.406307 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3084  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  56.7 
 
 
325 aa  243  3e-63  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.372213  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0403  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.32 
 
 
316 aa  241  9e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0075  translation factor SUA5  49.84 
 
 
313 aa  237  2e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0016  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.08 
 
 
323 aa  235  6e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0224928  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1394  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.59 
 
 
324 aa  235  8e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.406188 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1857  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.82 
 
 
322 aa  235  8e-61  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.75 
 
 
349 aa  228  9e-59  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17950  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.48 
 
 
364 aa  227  2e-58  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0108517  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5504  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  41.12 
 
 
346 aa  226  6e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000376853  unclonable  1.14998e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5448  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  41.12 
 
 
346 aa  225  8e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.011245  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3319  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.06 
 
 
348 aa  225  9e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.831205  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5452  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  40.81 
 
 
346 aa  225  1e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0228845  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5123  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.5 
 
 
346 aa  224  1e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401349  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5417  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  40.81 
 
 
346 aa  223  4e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.7505e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5174  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  40.81 
 
 
346 aa  223  4e-57  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5009  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  40.81 
 
 
346 aa  223  4e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000874149  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5025  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  40.81 
 
 
346 aa  223  4e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00487742  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5568  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  40.81 
 
 
346 aa  223  4e-57  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00343157  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5503  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  40.81 
 
 
346 aa  223  4e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000113963  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1598  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.17 
 
 
331 aa  222  7e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.215089 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2418  translation factor SUA5  42.59 
 
 
321 aa  220  3e-56  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.85919  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3846  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.8 
 
 
347 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00967711  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0231  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.79 
 
 
349 aa  219  5e-56  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0434156  normal  0.320696 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3747  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.54 
 
 
352 aa  218  7.999999999999999e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.585251  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1371  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.03 
 
 
328 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1674  Sua5/YciO/YrdC family protein  44.03 
 
 
328 aa  214  9.999999999999999e-55  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1961  translation factor SUA5  47 
 
 
335 aa  214  9.999999999999999e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2151  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.37 
 
 
358 aa  213  2.9999999999999995e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2395  translation factor SUA5  41.79 
 
 
352 aa  210  3e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.311309 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0020  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.62 
 
 
317 aa  210  3e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.857779  normal  0.7385 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0096  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.46 
 
 
354 aa  209  4e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3166  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.96 
 
 
354 aa  207  2e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0126434  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0044  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.66 
 
 
341 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.939032  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.66 
 
 
341 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0303  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.66 
 
 
341 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0598  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.66 
 
 
341 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0465  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.41 
 
 
347 aa  207  2e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.17381 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0845  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.66 
 
 
341 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4831  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.51 
 
 
348 aa  207  3e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0105572  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5091  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.57 
 
 
333 aa  206  4e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1129  translation factor SUA5  44.27 
 
 
342 aa  206  4e-52  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.712413 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0269  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.86 
 
 
348 aa  206  6e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000257008  normal  0.95285 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1003  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein, putative  43.75 
 
 
342 aa  206  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0840  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.75 
 
 
342 aa  206  6e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0807  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.82 
 
 
338 aa  205  9e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.172547  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2287  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.62 
 
 
346 aa  204  2e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.036585  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0735  hypothetical protein  40.5 
 
 
325 aa  204  2e-51  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0499  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.09 
 
 
317 aa  202  5e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0669  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.54 
 
 
341 aa  202  7e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2595  translation factor SUA5  40.42 
 
 
351 aa  201  9.999999999999999e-51  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0328746  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2993  SUA5/YciO/YrdC family translation initiation protein  43.35 
 
 
315 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4092  translation factor SUA5  41.28 
 
 
321 aa  200  3e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.323692 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2651  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.97 
 
 
342 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.654843  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1588  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.22 
 
 
317 aa  199  7e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0400  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.43 
 
 
345 aa  198  9e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1580  translation factor SUA5  36.86 
 
 
337 aa  197  2.0000000000000003e-49  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1811  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.52 
 
 
362 aa  197  3e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.101238  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0695  translation factor SUA5  42.86 
 
 
346 aa  197  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.274507  normal  0.401857 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1782  translation factor SUA5  39.05 
 
 
337 aa  197  3e-49  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0454  translation factor SUA5  38.32 
 
 
342 aa  196  3e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>