More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2993 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008700  Sama_2993  SUA5/YciO/YrdC family translation initiation protein  100 
 
 
315 aa  639    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2023  translation factor SUA5  59.05 
 
 
339 aa  350  1e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.161833  normal  0.111129 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1371  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.34 
 
 
328 aa  229  5e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1674  Sua5/YciO/YrdC family protein  44.34 
 
 
328 aa  229  5e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0607  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  40.85 
 
 
364 aa  222  6e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.97472  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0507  translation factor SUA5  41.85 
 
 
330 aa  218  7.999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.160879  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0598  hypothetical protein  41.99 
 
 
329 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4092  translation factor SUA5  41.51 
 
 
321 aa  213  2.9999999999999995e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.323692 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1811  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.47 
 
 
362 aa  213  3.9999999999999995e-54  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.101238  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0452  translation factor SUA5  44.76 
 
 
331 aa  213  3.9999999999999995e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3861  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.52 
 
 
327 aa  210  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0553  translation factor SUA5  41.46 
 
 
328 aa  209  5e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0735  hypothetical protein  39.14 
 
 
325 aa  208  8e-53  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0831  translation factor SUA5  44.76 
 
 
327 aa  207  2e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.167827  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3044  hypothetical protein  38.36 
 
 
322 aa  206  5e-52  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1857  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.29 
 
 
322 aa  205  1e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0044  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.64 
 
 
341 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.939032  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0303  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.64 
 
 
341 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2902  hypothetical protein  38.05 
 
 
322 aa  204  2e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1003  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein, putative  41.64 
 
 
342 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0845  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.64 
 
 
341 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.64 
 
 
341 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0840  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.64 
 
 
342 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0598  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.64 
 
 
341 aa  204  2e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3284  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.77 
 
 
332 aa  202  6e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2542  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.82 
 
 
342 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.636354  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2669  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.82 
 
 
342 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3936  translation factor SUA5  41.77 
 
 
332 aa  201  9.999999999999999e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.182526  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0669  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.09 
 
 
341 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4625  translation factor SUA5  42.04 
 
 
331 aa  200  1.9999999999999998e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0695  translation factor SUA5  42.2 
 
 
346 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.274507  normal  0.401857 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2463  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.56 
 
 
312 aa  200  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2011  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  41.64 
 
 
342 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2622  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.64 
 
 
342 aa  199  5e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.378273  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0577  hypothetical protein  44.34 
 
 
336 aa  199  7e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2651  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.34 
 
 
342 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.654843  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5953  translation factor SUA5  41.07 
 
 
342 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4305  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  43.35 
 
 
327 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0175  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.8 
 
 
327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.559973  normal  0.684757 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4587  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.64 
 
 
329 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0465  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.82 
 
 
347 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.17381 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1598  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.45 
 
 
331 aa  196  5.000000000000001e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.215089 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0403  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.36 
 
 
316 aa  195  8.000000000000001e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0497  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.08 
 
 
337 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.271479  normal  0.123391 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0484  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.08 
 
 
337 aa  194  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.862271 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2387  translation factor SUA5  45.25 
 
 
333 aa  195  1e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.833113 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2399  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.04 
 
 
312 aa  194  1e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0676  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.36 
 
 
342 aa  194  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.727288 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3271  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.12 
 
 
346 aa  194  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.917971 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0400  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.2 
 
 
345 aa  193  3e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0743  translation factor SUA5  42.68 
 
 
312 aa  192  4e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.763495  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4186  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.39 
 
 
355 aa  192  5e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.302621  hitchhiker  0.00000330857 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5448  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  36 
 
 
346 aa  192  6e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.011245  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3895  translation factor SUA5  41.48 
 
 
314 aa  191  1e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2023  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.54 
 
 
326 aa  190  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0150257  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.16 
 
 
349 aa  189  4e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0774  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.49 
 
 
320 aa  189  5e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.902931  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2287  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.18 
 
 
346 aa  189  5.999999999999999e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.036585  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0445  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.08 
 
 
328 aa  187  2e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1246  putative translation factor (SUA5)  37.97 
 
 
334 aa  186  3e-46  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.377442  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0435  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.34 
 
 
316 aa  186  3e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3187  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  53.23 
 
 
370 aa  186  5e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.436725  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5504  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  35.69 
 
 
346 aa  186  5e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000376853  unclonable  1.14998e-25 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0452  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.99 
 
 
316 aa  186  5e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.865666 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1544  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.18 
 
 
348 aa  186  5e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676955  normal  0.0127604 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5123  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.38 
 
 
346 aa  186  6e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401349  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0139  translation factor SUA5  36.31 
 
 
350 aa  185  7e-46  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3265  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.3 
 
 
345 aa  185  7e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327071  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0195  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  36.02 
 
 
389 aa  185  9e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3166  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.65 
 
 
354 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0126434  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0988  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.81 
 
 
332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.330084 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0096  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.56 
 
 
354 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0454  translation factor SUA5  36.84 
 
 
342 aa  184  2.0000000000000003e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3319  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.15 
 
 
348 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.831205  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3846  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.2 
 
 
347 aa  182  5.0000000000000004e-45  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00967711  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5452  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  35.08 
 
 
346 aa  182  6e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0228845  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5174  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  35.38 
 
 
346 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5009  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  35.38 
 
 
346 aa  181  1e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000874149  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5025  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  35.38 
 
 
346 aa  181  1e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00487742  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5568  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  35.38 
 
 
346 aa  181  1e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00343157  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5503  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  35.38 
 
 
346 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000113963  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2842  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.28 
 
 
335 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5417  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  35.38 
 
 
346 aa  181  1e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.7505e-62 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4473  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.35 
 
 
329 aa  181  1e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0940782  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1394  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.74 
 
 
324 aa  181  2e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.406188 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2151  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.43 
 
 
358 aa  181  2e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4831  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.04 
 
 
348 aa  181  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0105572  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1267  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.77 
 
 
326 aa  181  2e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1588  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.1 
 
 
317 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1129  translation factor SUA5  37.54 
 
 
342 aa  179  4e-44  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.712413 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0075  translation factor SUA5  42.12 
 
 
313 aa  179  4e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0444  translation factor SUA5  42.12 
 
 
322 aa  179  4.999999999999999e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2418  translation factor SUA5  38.46 
 
 
321 aa  179  4.999999999999999e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.85919  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4321  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.65 
 
 
356 aa  179  4.999999999999999e-44  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.550799 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4105  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.03 
 
 
329 aa  179  7e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.854949  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1961  translation factor SUA5  41.01 
 
 
335 aa  179  7e-44  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5091  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.79 
 
 
333 aa  179  7e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0487  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.48 
 
 
318 aa  178  9e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0231  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.46 
 
 
349 aa  178  1e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0434156  normal  0.320696 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2595  translation factor SUA5  36.86 
 
 
351 aa  178  1e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0328746  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>