More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0976 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_0976  hypothetical protein  100 
 
 
323 aa  640    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0547  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  69.57 
 
 
324 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373463  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0594  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  68.9 
 
 
324 aa  409  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120581  normal  0.895593 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0481  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  62.85 
 
 
324 aa  397  1e-109  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0715  translation factor SUA5  57.99 
 
 
318 aa  351  8.999999999999999e-96  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0524  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  55.59 
 
 
332 aa  348  9e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0405  Sua5/YciO/YrdC family protein  57.64 
 
 
323 aa  338  9e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0414  Sua5/YciO/YrdC family protein  57.01 
 
 
323 aa  334  1e-90  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.395003  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0389  Sua5/YciO/YrdC family protein  54.84 
 
 
320 aa  330  2e-89  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.50354  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2842  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  57.57 
 
 
335 aa  322  8e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1267  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  55.23 
 
 
326 aa  296  3e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4305  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  52.98 
 
 
327 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2023  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.88 
 
 
326 aa  293  4e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0150257  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2387  translation factor SUA5  56.25 
 
 
333 aa  291  8e-78  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.833113 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4473  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  53.2 
 
 
329 aa  287  1e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0940782  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3265  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  54.75 
 
 
345 aa  286  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327071  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4587  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.3 
 
 
329 aa  286  4e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0435  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  54.31 
 
 
316 aa  284  2.0000000000000002e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0831  translation factor SUA5  52.58 
 
 
327 aa  283  3.0000000000000004e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.167827  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4105  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.53 
 
 
329 aa  281  1e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.854949  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2399  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  54.07 
 
 
312 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0743  translation factor SUA5  54.22 
 
 
312 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.763495  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3060  translation factor SUA5  53.62 
 
 
323 aa  279  4e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279316  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1132  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  54.07 
 
 
329 aa  278  1e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.763244 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0445  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  54.61 
 
 
328 aa  277  2e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1247  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  54.9 
 
 
330 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4009  hypothetical protein  51.91 
 
 
328 aa  273  4.0000000000000004e-72  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2463  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.44 
 
 
312 aa  270  2e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2696  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  51.63 
 
 
328 aa  269  5e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0075  translation factor SUA5  52.63 
 
 
313 aa  268  8e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3830  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.16 
 
 
332 aa  267  2e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.905115 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1769  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  53.2 
 
 
315 aa  267  2e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.406307 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0774  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.54 
 
 
320 aa  262  4.999999999999999e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.902931  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2369  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  53.62 
 
 
330 aa  260  3e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0444  translation factor SUA5  48.48 
 
 
322 aa  253  2.0000000000000002e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3049  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.7 
 
 
323 aa  251  1e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.268552  normal  0.430459 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0227  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  49.68 
 
 
322 aa  236  6e-61  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0126  translation factor SUA5  47.87 
 
 
315 aa  229  6e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1857  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.34 
 
 
322 aa  225  1e-57  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4486  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.67 
 
 
296 aa  224  2e-57  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.503081 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3895  translation factor SUA5  45.93 
 
 
314 aa  223  3e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0231  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.09 
 
 
349 aa  214  9.999999999999999e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0434156  normal  0.320696 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3084  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.06 
 
 
325 aa  210  3e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.372213  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1394  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.94 
 
 
324 aa  209  4e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.406188 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2418  translation factor SUA5  42.95 
 
 
321 aa  206  4e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.85919  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.77 
 
 
349 aa  205  7e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0735  hypothetical protein  39.2 
 
 
325 aa  202  6e-51  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5452  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  40 
 
 
346 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0228845  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0016  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.6 
 
 
323 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0224928  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3319  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.32 
 
 
348 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.831205  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1598  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.16 
 
 
331 aa  199  5e-50  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.215089 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4831  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.94 
 
 
348 aa  199  7e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0105572  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17950  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.54 
 
 
364 aa  198  1.0000000000000001e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0108517  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3846  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.63 
 
 
347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00967711  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5174  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.38 
 
 
346 aa  197  3e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5009  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.38 
 
 
346 aa  197  3e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000874149  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5025  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.38 
 
 
346 aa  197  3e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00487742  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5568  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.38 
 
 
346 aa  197  3e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00343157  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5503  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.38 
 
 
346 aa  197  3e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000113963  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5417  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.38 
 
 
346 aa  197  3e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.7505e-62 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5123  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.08 
 
 
346 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401349  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5504  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  38.46 
 
 
346 aa  193  3e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000376853  unclonable  1.14998e-25 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5448  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  38.46 
 
 
346 aa  193  4e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.011245  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1588  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.18 
 
 
317 aa  192  5e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0020  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.77 
 
 
317 aa  191  1e-47  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.857779  normal  0.7385 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1961  translation factor SUA5  43.28 
 
 
335 aa  191  1e-47  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1782  translation factor SUA5  38.74 
 
 
337 aa  190  2.9999999999999997e-47  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0807  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.28 
 
 
338 aa  189  5e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.172547  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1193  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.61 
 
 
330 aa  188  1e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0269  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.54 
 
 
348 aa  188  1e-46  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000257008  normal  0.95285 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1464  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.68 
 
 
341 aa  187  2e-46  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0175  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.28 
 
 
327 aa  187  2e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.559973  normal  0.684757 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2395  translation factor SUA5  40.48 
 
 
352 aa  187  2e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.311309 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0454  translation factor SUA5  38.61 
 
 
342 aa  187  3e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0403  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.95 
 
 
316 aa  185  7e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2464  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.76 
 
 
350 aa  185  8e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0195  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  37.02 
 
 
389 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2174  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.76 
 
 
350 aa  183  3e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0143173  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3747  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.05 
 
 
352 aa  180  2e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.585251  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1129  translation factor SUA5  38.97 
 
 
342 aa  180  4e-44  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.712413 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0257  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.84 
 
 
359 aa  179  7e-44  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00354892  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2595  translation factor SUA5  37.57 
 
 
351 aa  178  1e-43  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0328746  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4186  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.07 
 
 
355 aa  177  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.302621  hitchhiker  0.00000330857 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.23 
 
 
335 aa  177  2e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1580  translation factor SUA5  35.44 
 
 
337 aa  177  2e-43  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1674  Sua5/YciO/YrdC family protein  39.32 
 
 
328 aa  176  6e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1371  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.32 
 
 
328 aa  176  6e-43  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0139  translation factor SUA5  36.15 
 
 
350 aa  176  7e-43  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0096  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.71 
 
 
354 aa  175  8e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3166  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.14 
 
 
354 aa  175  9e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0126434  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4092  translation factor SUA5  38.61 
 
 
321 aa  175  9.999999999999999e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.323692 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2151  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.41 
 
 
358 aa  174  9.999999999999999e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0607  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  37.54 
 
 
364 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.97472  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.99 
 
 
335 aa  173  3.9999999999999995e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000138931  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0452  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.13 
 
 
316 aa  171  1e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.865666 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1686  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  37.5 
 
 
315 aa  171  1e-41  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0487  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.66 
 
 
318 aa  172  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1246  putative translation factor (SUA5)  36.79 
 
 
334 aa  171  1e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.377442  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0496  translation factor SUA5  37.5 
 
 
323 aa  171  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3936  translation factor SUA5  39.69 
 
 
332 aa  170  2e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.182526  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>