More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0435 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_0435  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  100 
 
 
316 aa  601  1.0000000000000001e-171  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0743  translation factor SUA5  68.52 
 
 
312 aa  362  4e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.763495  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2399  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  68.52 
 
 
312 aa  361  8e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2463  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  64.87 
 
 
312 aa  348  7e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.201158 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3060  translation factor SUA5  65 
 
 
323 aa  341  1e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.279316  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3084  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  68.42 
 
 
325 aa  326  3e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.372213  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0831  translation factor SUA5  58.9 
 
 
327 aa  320  1.9999999999999998e-86  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.167827  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1267  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  60.52 
 
 
326 aa  308  6.999999999999999e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0444  translation factor SUA5  59.68 
 
 
322 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0774  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.55 
 
 
320 aa  302  5.000000000000001e-81  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.902931  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4305  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  58.73 
 
 
327 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3895  translation factor SUA5  56.78 
 
 
314 aa  300  2e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.12833 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2842  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  59.62 
 
 
335 aa  300  2e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2387  translation factor SUA5  57.45 
 
 
333 aa  298  6e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.833113 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0594  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.88 
 
 
324 aa  298  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120581  normal  0.895593 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4009  hypothetical protein  59.74 
 
 
328 aa  293  3e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2696  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  57.8 
 
 
328 aa  292  6e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0976  hypothetical protein  54.31 
 
 
323 aa  290  2e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4587  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  57.01 
 
 
329 aa  290  2e-77  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2023  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  55.95 
 
 
326 aa  290  3e-77  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0150257  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0715  translation factor SUA5  59.03 
 
 
318 aa  290  3e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0075  translation factor SUA5  58.86 
 
 
313 aa  289  5.0000000000000004e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1132  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  59.03 
 
 
329 aa  288  7e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.763244 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0547  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  57.89 
 
 
324 aa  288  9e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.373463  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0126  translation factor SUA5  57.28 
 
 
315 aa  285  8e-76  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4473  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  59.08 
 
 
329 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0940782  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3265  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  56.77 
 
 
345 aa  283  3.0000000000000004e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327071  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0481  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  53.97 
 
 
324 aa  282  6.000000000000001e-75  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0405  Sua5/YciO/YrdC family protein  54.88 
 
 
323 aa  282  7.000000000000001e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4105  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.75 
 
 
329 aa  281  1e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.854949  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0414  Sua5/YciO/YrdC family protein  54.57 
 
 
323 aa  281  1e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.395003  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1247  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  56.4 
 
 
330 aa  280  2e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0389  Sua5/YciO/YrdC family protein  48.91 
 
 
320 aa  274  1.0000000000000001e-72  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.50354  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0524  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  53.68 
 
 
332 aa  274  1.0000000000000001e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0227  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  57.56 
 
 
322 aa  266  5e-70  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.165973  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1769  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  55.1 
 
 
315 aa  265  5.999999999999999e-70  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.406307 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2369  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  57.61 
 
 
330 aa  261  1e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4486  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58 
 
 
296 aa  258  8e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.503081 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3830  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  54.61 
 
 
332 aa  251  1e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.905115 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0445  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.72 
 
 
328 aa  249  5e-65  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1394  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.76 
 
 
324 aa  249  6e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.406188 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3049  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.75 
 
 
323 aa  243  3e-63  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.268552  normal  0.430459 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2418  translation factor SUA5  46.5 
 
 
321 aa  241  1e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.85919  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1598  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.5 
 
 
331 aa  231  1e-59  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.215089 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0231  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.71 
 
 
349 aa  229  3e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0434156  normal  0.320696 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1857  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.76 
 
 
322 aa  228  1e-58  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0735  hypothetical protein  39.26 
 
 
325 aa  218  1e-55  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0403  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.66 
 
 
316 aa  218  1e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0175  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.54 
 
 
327 aa  217  2e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.559973  normal  0.684757 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0269  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.93 
 
 
348 aa  214  1.9999999999999998e-54  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.000257008  normal  0.95285 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3319  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.85 
 
 
348 aa  211  1e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.831205  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5504  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.88 
 
 
346 aa  204  1e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000376853  unclonable  1.14998e-25 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.87 
 
 
349 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4092  translation factor SUA5  45.34 
 
 
321 aa  204  2e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.323692 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5448  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.88 
 
 
346 aa  204  2e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.011245  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5123  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.57 
 
 
346 aa  204  2e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401349  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5174  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.57 
 
 
346 aa  203  3e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5009  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.57 
 
 
346 aa  203  3e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000874149  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5025  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.57 
 
 
346 aa  203  3e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00487742  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5417  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.57 
 
 
346 aa  203  3e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.7505e-62 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5568  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.57 
 
 
346 aa  203  3e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00343157  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5503  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.57 
 
 
346 aa  203  3e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000113963  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5452  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.2 
 
 
346 aa  202  4e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0228845  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0016  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.11 
 
 
323 aa  200  1.9999999999999998e-50  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0224928  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3846  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.51 
 
 
347 aa  199  6e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00967711  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.96 
 
 
335 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000138931  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2287  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.06 
 
 
346 aa  196  5.000000000000001e-49  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.036585  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2151  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.56 
 
 
358 aa  195  7e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4831  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.64 
 
 
348 aa  195  7e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0105572  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17950  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.79 
 
 
364 aa  193  3e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0108517  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0598  hypothetical protein  41.69 
 
 
329 aa  193  3e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.27 
 
 
335 aa  192  5e-48  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1782  translation factor SUA5  37.43 
 
 
337 aa  192  9e-48  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1749  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.62 
 
 
345 aa  191  1e-47  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.172136  normal  0.622284 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2993  SUA5/YciO/YrdC family translation initiation protein  44.34 
 
 
315 aa  191  1e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1129  translation factor SUA5  41.23 
 
 
342 aa  189  5e-47  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.712413 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1345  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.62 
 
 
358 aa  189  5.999999999999999e-47  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.165171 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1588  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.9 
 
 
317 aa  188  1e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2395  translation factor SUA5  40.51 
 
 
352 aa  187  2e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.311309 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0257  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.39 
 
 
359 aa  187  2e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00354892  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0454  translation factor SUA5  37.69 
 
 
342 aa  186  4e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3747  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.25 
 
 
352 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.585251  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0807  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.24 
 
 
338 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.172547  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0378  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.63 
 
 
349 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.606167  normal  0.126735 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0020  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.26 
 
 
317 aa  182  6e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.857779  normal  0.7385 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1371  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50 
 
 
328 aa  182  7e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1674  Sua5/YciO/YrdC family protein  50 
 
 
328 aa  182  7e-45  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0400  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.76 
 
 
345 aa  182  8.000000000000001e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0710  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.16 
 
 
331 aa  181  1e-44  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2011  translation factor SUA5  36.69 
 
 
350 aa  181  2e-44  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1193  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.67 
 
 
330 aa  181  2e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2023  translation factor SUA5  40.73 
 
 
339 aa  181  2e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.161833  normal  0.111129 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1580  translation factor SUA5  35.93 
 
 
337 aa  179  4.999999999999999e-44  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2011  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  44.83 
 
 
342 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2622  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.83 
 
 
342 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.378273  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2595  translation factor SUA5  38.22 
 
 
351 aa  179  7e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0328746  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3187  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.41 
 
 
370 aa  179  7e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.436725  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0195  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  45 
 
 
389 aa  179  8e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2669  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.14 
 
 
342 aa  179  8e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5953  translation factor SUA5  45.14 
 
 
342 aa  178  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.270235 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>