More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0195 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_0195  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  100 
 
 
389 aa  775    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3861  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  56.65 
 
 
327 aa  370  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3936  translation factor SUA5  57.98 
 
 
332 aa  367  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.182526  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1544  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  57.63 
 
 
348 aa  367  1e-100  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676955  normal  0.0127604 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4625  translation factor SUA5  57.78 
 
 
331 aa  365  1e-100  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3284  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  57.71 
 
 
332 aa  363  2e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5091  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  54.35 
 
 
333 aa  360  2e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4564  translation factor SUA5  58.78 
 
 
336 aa  335  5.999999999999999e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0988  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  56.12 
 
 
332 aa  329  5.0000000000000004e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.330084 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0297  translation factor SUA5  54.01 
 
 
335 aa  311  1e-83  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0755964 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0367  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  51.12 
 
 
346 aa  275  8e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000143554 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0553  translation factor SUA5  47.14 
 
 
328 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0507  translation factor SUA5  47.79 
 
 
330 aa  271  2e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.160879  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0598  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.2 
 
 
341 aa  260  3e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0840  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.2 
 
 
342 aa  260  3e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0303  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.2 
 
 
341 aa  260  3e-68  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.2 
 
 
341 aa  260  3e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1003  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein, putative  46.2 
 
 
342 aa  260  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0044  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.2 
 
 
341 aa  260  3e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.939032  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0845  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.2 
 
 
341 aa  260  3e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0695  translation factor SUA5  44.62 
 
 
346 aa  258  1e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.274507  normal  0.401857 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2011  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  46.07 
 
 
342 aa  257  3e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2622  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.07 
 
 
342 aa  257  3e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.378273  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0676  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.07 
 
 
342 aa  257  3e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.727288 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3271  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.97 
 
 
346 aa  256  6e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.917971 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0465  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.02 
 
 
347 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.17381 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0669  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.83 
 
 
341 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2651  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.51 
 
 
342 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.654843  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2669  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.79 
 
 
342 aa  252  6e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5953  translation factor SUA5  45.79 
 
 
342 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1371  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.35 
 
 
328 aa  251  1e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1674  Sua5/YciO/YrdC family protein  44.35 
 
 
328 aa  251  1e-65  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2542  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.51 
 
 
342 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.636354  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0577  hypothetical protein  44.96 
 
 
336 aa  247  2e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0497  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.41 
 
 
337 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.271479  normal  0.123391 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0484  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.69 
 
 
337 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.862271 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0452  translation factor SUA5  43.17 
 
 
331 aa  243  3.9999999999999997e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1811  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.95 
 
 
362 aa  239  5e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.101238  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3187  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.6 
 
 
370 aa  235  8e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.436725  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0607  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  41.13 
 
 
364 aa  233  4.0000000000000004e-60  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.97472  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5174  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  36.81 
 
 
346 aa  226  7e-58  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5009  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  36.81 
 
 
346 aa  226  7e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000874149  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5025  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  36.81 
 
 
346 aa  226  7e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00487742  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5568  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  36.81 
 
 
346 aa  226  7e-58  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00343157  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5417  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  36.81 
 
 
346 aa  226  7e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.7505e-62 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5503  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  36.81 
 
 
346 aa  226  7e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000113963  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5452  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  36.46 
 
 
346 aa  224  2e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0228845  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5123  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.29 
 
 
346 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401349  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5448  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  36.54 
 
 
346 aa  220  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.011245  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5504  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  36.26 
 
 
346 aa  219  5e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000376853  unclonable  1.14998e-25 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3846  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.44 
 
 
347 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00967711  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1961  translation factor SUA5  44.01 
 
 
335 aa  204  1e-51  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0598  hypothetical protein  37.6 
 
 
329 aa  204  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2023  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.04 
 
 
326 aa  203  4e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0150257  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4092  translation factor SUA5  38.38 
 
 
321 aa  202  9.999999999999999e-51  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.323692 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3319  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.79 
 
 
348 aa  202  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.831205  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0096  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33.87 
 
 
354 aa  200  3e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2387  translation factor SUA5  40.66 
 
 
333 aa  199  7e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.833113 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1267  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.37 
 
 
326 aa  196  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0831  translation factor SUA5  39.5 
 
 
327 aa  193  4e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.167827  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2595  translation factor SUA5  34.48 
 
 
351 aa  193  4e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0328746  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0444  translation factor SUA5  39.58 
 
 
322 aa  191  1e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2395  translation factor SUA5  37.87 
 
 
352 aa  191  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.311309 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.5 
 
 
349 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2993  SUA5/YciO/YrdC family translation initiation protein  36.29 
 
 
315 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0774  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.78 
 
 
320 aa  189  1e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.902931  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4321  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40 
 
 
356 aa  188  2e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.550799 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1565  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  33.25 
 
 
324 aa  187  3e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0807  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.24 
 
 
338 aa  187  3e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.172547  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2023  translation factor SUA5  36.84 
 
 
339 aa  187  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.161833  normal  0.111129 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2902  hypothetical protein  34.07 
 
 
322 aa  186  5e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1247  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  41.14 
 
 
330 aa  186  6e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1598  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.68 
 
 
331 aa  186  6e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.215089 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4831  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.37 
 
 
348 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0105572  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp3044  hypothetical protein  33.52 
 
 
322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0976  hypothetical protein  37.02 
 
 
323 aa  184  2.0000000000000003e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1132  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  40.61 
 
 
329 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.763244 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1588  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.06 
 
 
317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2842  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.44 
 
 
335 aa  184  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3166  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37 
 
 
354 aa  182  6e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0126434  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0735  hypothetical protein  30.29 
 
 
325 aa  182  7e-45  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4186  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.67 
 
 
355 aa  182  8.000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.302621  hitchhiker  0.00000330857 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4009  hypothetical protein  40.53 
 
 
328 aa  181  2e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1464  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  29.9 
 
 
341 aa  181  2e-44  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1394  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.96 
 
 
324 aa  180  2.9999999999999997e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.406188 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2287  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.83 
 
 
346 aa  181  2.9999999999999997e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.036585  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4305  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  38.54 
 
 
327 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3747  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.37 
 
 
352 aa  181  2.9999999999999997e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.585251  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2464  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  31.79 
 
 
350 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2174  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.07 
 
 
350 aa  179  4.999999999999999e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0143173  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0400  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.36 
 
 
345 aa  179  5.999999999999999e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4105  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.1 
 
 
329 aa  179  7e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.854949  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3265  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.77 
 
 
345 aa  179  9e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327071  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0454  translation factor SUA5  33.96 
 
 
342 aa  179  9e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1193  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.08 
 
 
330 aa  177  3e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0405  Sua5/YciO/YrdC family protein  36.07 
 
 
323 aa  177  4e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0414  Sua5/YciO/YrdC family protein  35.81 
 
 
323 aa  176  6e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.395003  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2151  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.9 
 
 
358 aa  176  7e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0231  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33.7 
 
 
349 aa  176  7e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0434156  normal  0.320696 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1813  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.89 
 
 
366 aa  176  7e-43  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00420003  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>