More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0367 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0367  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  100 
 
 
346 aa  668    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000143554 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0297  translation factor SUA5  67.64 
 
 
335 aa  356  3.9999999999999996e-97  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0755964 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5091  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  60.06 
 
 
333 aa  348  6e-95  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3861  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.04 
 
 
327 aa  342  5.999999999999999e-93  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3284  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  57.86 
 
 
332 aa  339  4e-92  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4625  translation factor SUA5  59.71 
 
 
331 aa  339  4e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0195  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  53.23 
 
 
389 aa  338  9e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3936  translation factor SUA5  57.57 
 
 
332 aa  337  1.9999999999999998e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.182526  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1544  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  60.12 
 
 
348 aa  325  1e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676955  normal  0.0127604 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4564  translation factor SUA5  61.11 
 
 
336 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0988  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  58.15 
 
 
332 aa  313  1.9999999999999998e-84  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.330084 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0695  translation factor SUA5  50.44 
 
 
346 aa  278  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.274507  normal  0.401857 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0465  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  49.43 
 
 
347 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.17381 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3271  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.15 
 
 
346 aa  270  2e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.917971 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0598  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.45 
 
 
341 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0303  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.45 
 
 
341 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1003  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein, putative  50.45 
 
 
342 aa  270  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0845  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.45 
 
 
341 aa  270  2e-71  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.45 
 
 
341 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0044  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.45 
 
 
341 aa  270  2e-71  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.939032  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0840  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.45 
 
 
342 aa  270  2e-71  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0507  translation factor SUA5  50.15 
 
 
330 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.160879  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0676  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.88 
 
 
342 aa  268  7e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.727288 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0669  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.9 
 
 
341 aa  266  4e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0452  translation factor SUA5  49.12 
 
 
331 aa  265  8e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2669  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.29 
 
 
342 aa  264  2e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2542  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50 
 
 
342 aa  262  4.999999999999999e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.636354  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5953  translation factor SUA5  50.3 
 
 
342 aa  262  8e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2651  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  49.12 
 
 
342 aa  259  4e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.654843  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0553  translation factor SUA5  49.56 
 
 
328 aa  259  4e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2011  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  48.83 
 
 
342 aa  258  7e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2622  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.83 
 
 
342 aa  258  7e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.378273  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0497  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.57 
 
 
337 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.271479  normal  0.123391 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0484  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.57 
 
 
337 aa  253  2.0000000000000002e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.862271 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1811  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.91 
 
 
362 aa  245  6.999999999999999e-64  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.101238  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0577  hypothetical protein  48.94 
 
 
336 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1371  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.65 
 
 
328 aa  230  2e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1674  Sua5/YciO/YrdC family protein  42.65 
 
 
328 aa  230  2e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0607  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  44.71 
 
 
364 aa  224  1e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.97472  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3187  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.59 
 
 
370 aa  224  1e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.436725  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1961  translation factor SUA5  48.53 
 
 
335 aa  223  3e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5123  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.18 
 
 
346 aa  222  7e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401349  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5452  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.34 
 
 
346 aa  220  3e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0228845  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5448  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.76 
 
 
346 aa  220  3e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.011245  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5417  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.64 
 
 
346 aa  219  5e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.7505e-62 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5174  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.64 
 
 
346 aa  219  5e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5009  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.64 
 
 
346 aa  219  5e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000874149  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5025  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.64 
 
 
346 aa  219  5e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00487742  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5568  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.64 
 
 
346 aa  219  5e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00343157  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5503  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.64 
 
 
346 aa  219  5e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000113963  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5504  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  39.27 
 
 
346 aa  219  6e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000376853  unclonable  1.14998e-25 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4092  translation factor SUA5  43.79 
 
 
321 aa  214  9.999999999999999e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.323692 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3846  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.74 
 
 
347 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00967711  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2595  translation factor SUA5  37.89 
 
 
351 aa  213  3.9999999999999995e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0328746  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0598  hypothetical protein  39.58 
 
 
329 aa  211  2e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1267  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.56 
 
 
326 aa  209  4e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3319  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.77 
 
 
348 aa  207  3e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.831205  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4186  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.56 
 
 
355 aa  204  2e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.302621  hitchhiker  0.00000330857 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0400  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.79 
 
 
345 aa  202  7e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2023  translation factor SUA5  41.18 
 
 
339 aa  202  9e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.161833  normal  0.111129 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0096  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.62 
 
 
354 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2023  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.9 
 
 
326 aa  199  5e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0150257  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4321  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.54 
 
 
356 aa  199  6e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.550799 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2993  SUA5/YciO/YrdC family translation initiation protein  39.76 
 
 
315 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2395  translation factor SUA5  38.87 
 
 
352 aa  197  3e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.311309 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.16 
 
 
349 aa  195  1e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3166  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.94 
 
 
354 aa  194  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0126434  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0444  translation factor SUA5  44.44 
 
 
322 aa  194  2e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1394  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.18 
 
 
324 aa  194  2e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.406188 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1193  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.6 
 
 
330 aa  194  2e-48  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2842  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.48 
 
 
335 aa  191  1e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0831  translation factor SUA5  42.59 
 
 
327 aa  191  1e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.167827  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1247  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  44.03 
 
 
330 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4831  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.79 
 
 
348 aa  191  2e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0105572  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0175  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.44 
 
 
327 aa  191  2e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.559973  normal  0.684757 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3044  hypothetical protein  37.05 
 
 
322 aa  189  5e-47  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2902  hypothetical protein  37.05 
 
 
322 aa  189  5e-47  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1132  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  44.03 
 
 
329 aa  189  5e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.763244 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2387  translation factor SUA5  42.25 
 
 
333 aa  189  7e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.833113 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1565  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  38.55 
 
 
324 aa  189  8e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3830  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  45.02 
 
 
332 aa  188  9e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.905115 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0807  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.17 
 
 
338 aa  188  1e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.172547  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0774  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  43.2 
 
 
320 aa  187  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.902931  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2696  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  43.71 
 
 
328 aa  187  3e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1598  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.88 
 
 
331 aa  187  3e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.215089 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4009  hypothetical protein  43.18 
 
 
328 aa  186  5e-46  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17950  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.28 
 
 
364 aa  186  5e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0108517  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2151  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.34 
 
 
358 aa  186  6e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0452  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.76 
 
 
316 aa  186  7e-46  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.865666 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0735  hypothetical protein  35.5 
 
 
325 aa  186  7e-46  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2464  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33.43 
 
 
350 aa  185  8e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3265  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.82 
 
 
345 aa  185  8e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327071  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1075  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.64 
 
 
348 aa  185  9e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0403  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.38 
 
 
316 aa  185  1.0000000000000001e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4587  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.57 
 
 
329 aa  184  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0139  translation factor SUA5  38.32 
 
 
350 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2174  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  33.43 
 
 
350 aa  185  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0143173  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0445  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.09 
 
 
328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1686  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  37.88 
 
 
315 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4305  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  42.41 
 
 
327 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0757875 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>