More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_0507 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007973  Rmet_0507  translation factor SUA5  100 
 
 
330 aa  659    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.160879  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0553  translation factor SUA5  83.13 
 
 
328 aa  504  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0577  hypothetical protein  73.23 
 
 
336 aa  425  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0484  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  72.09 
 
 
337 aa  412  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.862271 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0497  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  71.69 
 
 
337 aa  406  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.271479  normal  0.123391 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3271  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  62.09 
 
 
346 aa  379  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.917971 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0669  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  62.69 
 
 
341 aa  377  1e-103  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0695  translation factor SUA5  61.75 
 
 
346 aa  377  1e-103  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.274507  normal  0.401857 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2669  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  62.97 
 
 
342 aa  373  1e-102  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2542  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  62.97 
 
 
342 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.636354  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5953  translation factor SUA5  64.38 
 
 
342 aa  371  1e-101  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2011  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  62.1 
 
 
342 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2622  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  62.1 
 
 
342 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.378273  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0676  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  61.81 
 
 
342 aa  365  1e-100  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.727288 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0465  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  60.62 
 
 
347 aa  366  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.17381 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2651  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  62.1 
 
 
342 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.654843  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0303  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  61.09 
 
 
341 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1003  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein, putative  60.71 
 
 
342 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0845  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  61.09 
 
 
341 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0044  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  61.09 
 
 
341 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.939032  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0840  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  60.71 
 
 
342 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0598  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  61.09 
 
 
341 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  61.09 
 
 
341 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1371  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50 
 
 
328 aa  278  1e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1674  Sua5/YciO/YrdC family protein  50 
 
 
328 aa  278  1e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0195  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  47.79 
 
 
389 aa  265  8e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1811  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  44.86 
 
 
362 aa  265  8.999999999999999e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.101238  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3284  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.92 
 
 
332 aa  264  1e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5091  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.76 
 
 
333 aa  262  6.999999999999999e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0452  translation factor SUA5  49.85 
 
 
331 aa  262  6.999999999999999e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3936  translation factor SUA5  50.61 
 
 
332 aa  262  6.999999999999999e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.182526  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0607  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  47.76 
 
 
364 aa  261  1e-68  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.97472  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3861  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  50.78 
 
 
327 aa  261  2e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4625  translation factor SUA5  50.46 
 
 
331 aa  260  3e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0988  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  52.87 
 
 
332 aa  256  3e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.330084 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1544  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.11 
 
 
348 aa  244  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676955  normal  0.0127604 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0297  translation factor SUA5  52.6 
 
 
335 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0755964 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3187  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  47.51 
 
 
370 aa  243  3e-63  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.436725  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4564  translation factor SUA5  50.8 
 
 
336 aa  237  2e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4092  translation factor SUA5  46.48 
 
 
321 aa  232  8.000000000000001e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.323692 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0598  hypothetical protein  41.43 
 
 
329 aa  224  1e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0367  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  48.92 
 
 
346 aa  223  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000143554 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1961  translation factor SUA5  47.92 
 
 
335 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2993  SUA5/YciO/YrdC family translation initiation protein  41.85 
 
 
315 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2023  translation factor SUA5  40.43 
 
 
339 aa  207  3e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.161833  normal  0.111129 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0444  translation factor SUA5  44.14 
 
 
322 aa  200  3e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0096  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  32.86 
 
 
354 aa  200  3e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4321  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.18 
 
 
356 aa  199  3.9999999999999996e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.550799 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1857  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.04 
 
 
322 aa  197  1.0000000000000001e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1588  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.94 
 
 
317 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.704065  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5452  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  35.37 
 
 
346 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0228845  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1686  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  37.74 
 
 
315 aa  196  5.000000000000001e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1598  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.37 
 
 
331 aa  194  1e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.215089 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5174  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  35.37 
 
 
346 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5009  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  35.37 
 
 
346 aa  194  2e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000874149  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5025  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  35.37 
 
 
346 aa  194  2e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00487742  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5503  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  35.37 
 
 
346 aa  194  2e-48  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000113963  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5568  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  35.37 
 
 
346 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00343157  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5417  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  35.37 
 
 
346 aa  194  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  8.7505e-62 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0175  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.25 
 
 
327 aa  193  3e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.559973  normal  0.684757 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5448  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  35.06 
 
 
346 aa  193  4e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.011245  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0403  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.88 
 
 
316 aa  192  4e-48  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5504  sua5/yciO/yrdC/ywlC family protein  35.37 
 
 
346 aa  192  5e-48  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000376853  unclonable  1.14998e-25 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2595  translation factor SUA5  35.33 
 
 
351 aa  192  7e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0328746  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2151  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  46.86 
 
 
358 aa  192  9e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5123  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.06 
 
 
346 aa  192  9e-48  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.401349  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4186  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.87 
 
 
355 aa  191  1e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.302621  hitchhiker  0.00000330857 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0710  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  37.54 
 
 
331 aa  191  1e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0452  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.38 
 
 
316 aa  190  2.9999999999999997e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.865666 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1565  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  38.12 
 
 
324 aa  189  5e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3166  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.37 
 
 
354 aa  189  5e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0126434  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3846  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.45 
 
 
347 aa  188  1e-46  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00967711  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1267  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.85 
 
 
326 aa  186  3e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2023  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.95 
 
 
326 aa  186  7e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0150257  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3044  hypothetical protein  34.98 
 
 
322 aa  185  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2902  hypothetical protein  35.38 
 
 
322 aa  185  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17950  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.22 
 
 
364 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0108517  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3747  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  34.81 
 
 
352 aa  184  1.0000000000000001e-45  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.585251  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1394  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.05 
 
 
324 aa  184  1.0000000000000001e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.406188 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0831  translation factor SUA5  39.82 
 
 
327 aa  184  1.0000000000000001e-45  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.167827  hitchhiker  0.00199309 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4305  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  40.25 
 
 
327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0757875 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2418  translation factor SUA5  35.37 
 
 
321 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.85919  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0496  translation factor SUA5  36.53 
 
 
323 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2395  translation factor SUA5  38.6 
 
 
352 aa  183  3e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.311309 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3319  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.15 
 
 
348 aa  184  3e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.831205  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4587  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.81 
 
 
329 aa  183  3e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3265  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  39.82 
 
 
345 aa  183  3e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327071  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0016  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.85 
 
 
323 aa  183  4.0000000000000006e-45  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0224928  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0807  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  36.56 
 
 
338 aa  182  6e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.172547  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0400  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  40.51 
 
 
345 aa  182  7e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3432  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  38.6 
 
 
349 aa  181  1e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2696  Sua5/YciO/YrdC/YwlC  43.89 
 
 
328 aa  181  1e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4831  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  35.88 
 
 
348 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0105572  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2399  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.34 
 
 
312 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0743  translation factor SUA5  41.34 
 
 
312 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.763495  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2011  translation factor SUA5  35.52 
 
 
350 aa  177  1e-43  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2387  translation factor SUA5  41.51 
 
 
333 aa  178  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.833113 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0445  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  41.9 
 
 
328 aa  178  1e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0735  hypothetical protein  34.05 
 
 
325 aa  177  2e-43  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2842  Sua5/YciO/YrdC/YwlC family protein  42.2 
 
 
335 aa  176  4e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>