285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3094 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3094  basic membrane lipoprotein  100 
 
 		 331 aa  674    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2842  putative lipoprotein  74.16 
 
 		 329 aa  505  9.999999999999999e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0285337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2211  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  72.21 
 
 		 331 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0886  basic membrane lipoprotein  72.21 
 
 		 331 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.701792  normal  0.681633 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0861  basic membrane lipoprotein  67.99 
 
 		 330 aa  473  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0435568 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2282  basic membrane lipoprotein  70.09 
 
 		 331 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.430592 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0528  basic membrane lipoprotein  67.38 
 
 		 328 aa  443  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.493275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3982  basic membrane lipoprotein  62.65 
 
 		 332 aa  402  1e-111  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.770294  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4170  basic membrane lipoprotein  58.13 
 
 		 330 aa  385  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4458  basic membrane lipoprotein  58.73 
 
 		 330 aa  385  1e-106  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.954654 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3416  basic membrane lipoprotein  58.36 
 
 		 330 aa  387  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0632  basic membrane lipoprotein  57.86 
 
 		 330 aa  379  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000331653 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0561  basic membrane lipoprotein  56.39 
 
 		 339 aa  376  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.491172 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0256  membrane lipoprotein  57.7 
 
 		 330 aa  369  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1297  basic membrane lipoprotein  53.92 
 
 		 334 aa  348  5e-95  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3587  basic membrane lipoprotein  52.71 
 
 		 334 aa  348  1e-94  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.128703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0725  basic membrane lipoprotein  53.01 
 
 		 334 aa  347  2e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6739  basic membrane lipoprotein  44.48 
 
 		 360 aa  251  1e-65  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00670  basic membrane lipoprotein  44.15 
 
 		 335 aa  232  6e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0695  basic membrane lipoprotein  40.24 
 
 		 370 aa  229  5e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.716466 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1152  basic membrane lipoprotein  42.24 
 
 		 337 aa  228  1e-58  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1782  basic membrane lipoprotein  44.78 
 
 		 347 aa  222  7e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1669  basic membrane lipoprotein  37.87 
 
 		 377 aa  219  3.9999999999999997e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.108575  normal  0.256823 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2088  basic membrane lipoprotein  38.55 
 
 		 376 aa  219  3.9999999999999997e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1773  basic membrane lipoprotein  44.48 
 
 		 346 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000346516  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0155  basic membrane lipoprotein  39.41 
 
 		 356 aa  216  4e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1302  basic membrane lipoprotein  41.83 
 
 		 329 aa  210  2e-53  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3541  basic membrane lipoprotein  42.72 
 
 		 354 aa  209  5e-53  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0792  basic membrane protein A  39.37 
 
 		 354 aa  209  6e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0507  basic membrane lipoprotein  37.97 
 
 		 340 aa  209  7e-53  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1775  basic membrane lipoprotein  42.57 
 
 		 342 aa  207  2e-52  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000483055  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1031  basic membrane lipoprotein  40.2 
 
 		 338 aa  206  4e-52  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.329885 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2234  basic membrane lipoprotein  35.86 
 
 		 366 aa  205  7e-52  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.511014  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1269  ABC-type transport system substrate-binding protein  41.04 
 
 		 358 aa  204  2e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0703  basic membrane lipoprotein  37.61 
 
 		 378 aa  201  9.999999999999999e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.183681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3562  basic membrane lipoprotein  39.67 
 
 		 358 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000448053  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0676  basic membrane lipoprotein  41.21 
 
 		 334 aa  200  3e-50  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.748754  normal  0.261922 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1268  basic membrane lipoprotein  38.83 
 
 		 341 aa  200  3e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1340  basic membrane lipoprotein  38.39 
 
 		 368 aa  199  3.9999999999999996e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0401  basic membrane lipoprotein  41.64 
 
 		 351 aa  199  7e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1409  lipoprotein, Bmp family  38.69 
 
 		 358 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000408394  hitchhiker  0.00113349 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3890  nucleoside-binding protein  38.69 
 
 		 361 aa  195  8.000000000000001e-49  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00190183  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0989  twin-arginine translocation pathway signal  38.32 
 
 		 349 aa  193  4e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3643  Bmp family lipoprotein  39.34 
 
 		 355 aa  192  6e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0147577  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3533  Bmp family lipoprotein  39.34 
 
 		 355 aa  192  6e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000828117  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3804  lipoprotein, Bmp family  39.34 
 
 		 355 aa  192  6e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.8668e-16 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3927  Bmp family lipoprotein  39.34 
 
 		 355 aa  192  6e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00253891  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05390  nucleoside-binding protein  40 
 
 		 368 aa  192  6e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.55516  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2443  basic membrane lipoprotein  38.03 
 
 		 358 aa  192  7e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00385845  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3551  Bmp family lipoprotein  39.34 
 
 		 355 aa  192  8e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00365158  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1352  basic membrane lipoprotein  38.41 
 
 		 347 aa  191  1e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0713  basic membrane lipoprotein  42.75 
 
 		 327 aa  190  4e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000562665  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3839  lipoprotein, Bmp family  38.69 
 
 		 355 aa  189  4e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00070149  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1176  basic membrane lipoprotein  37.18 
 
 		 363 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3826  Bmp family lipoprotein  38.69 
 
 		 355 aa  189  7e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00341334  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6454  basic membrane lipoprotein  39.75 
 
 		 382 aa  187  2e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3239  basic membrane lipoprotein  39.53 
 
 		 350 aa  187  3e-46  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.101235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2068  basic membrane lipoprotein  36.34 
 
 		 363 aa  186  6e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0748  basic membrane lipoprotein  37.58 
 
 		 357 aa  186  6e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.140474  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1007  basic membrane protein A  36.18 
 
 		 365 aa  179  4.999999999999999e-44  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.0760439 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0420  basic membrane lipoprotein  37.54 
 
 		 380 aa  178  1e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000250374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0560  basic membrane lipoprotein  34.12 
 
 		 346 aa  177  2e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1783  basic membrane lipoprotein  34.98 
 
 		 340 aa  172  5.999999999999999e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000546554  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3630  basic membrane lipoprotein  34.88 
 
 		 358 aa  172  7.999999999999999e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0033  basic membrane lipoprotein  33.22 
 
 		 356 aa  169  4e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3654  basic membrane lipoprotein  35.33 
 
 		 334 aa  169  5e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.624388 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2113  basic membrane lipoprotein  34.98 
 
 		 354 aa  168  1e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  decreased coverage  1.07207e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1844  basic membrane lipoprotein  36.27 
 
 		 413 aa  168  1e-40  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.437172 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1312  basic membrane lipoprotein  37.29 
 
 		 383 aa  166  5e-40  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.469912  normal  0.943488 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3761  basic membrane lipoprotein  33.77 
 
 		 713 aa  166  6.9999999999999995e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.442402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1590  basic membrane lipoprotein  37.41 
 
 		 407 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.0787459 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1576  basic membrane lipoprotein  35.37 
 
 		 355 aa  164  2.0000000000000002e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1417  basic membrane lipoprotein  34.95 
 
 		 389 aa  162  9e-39  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3919  basic membrane lipoprotein  34.25 
 
 		 566 aa  161  1e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.308906  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0476  basic membrane lipoprotein  35.02 
 
 		 404 aa  160  2e-38  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.000930051  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4403  basic membrane lipoprotein  40 
 
 		 348 aa  157  2e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1902  basic membrane lipoprotein  34.25 
 
 		 366 aa  156  4e-37  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0969848  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1644  basic membrane lipoprotein  34.63 
 
 		 403 aa  156  5.0000000000000005e-37  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.848912  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1018  basic membrane lipoprotein  34.29 
 
 		 329 aa  155  9e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.903819 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0822  basic membrane lipoprotein  34.97 
 
 		 359 aa  154  2e-36  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0845  basic membrane lipoprotein  34.97 
 
 		 359 aa  154  2e-36  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3050  basic membrane lipoprotein  34.11 
 
 		 386 aa  154  2e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0628382  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0142  basic membrane lipoprotein  35.11 
 
 		 357 aa  151  2e-35  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1680  basic membrane lipoprotein  29.48 
 
 		 366 aa  147  2.0000000000000003e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0132678  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0004  basic membrane lipoprotein  33.33 
 
 		 366 aa  142  7e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0274031  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0016  basic membrane lipoprotein  32.59 
 
 		 365 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1306  membrane lipoprotein tmpC precursor  32.03 
 
 		 356 aa  141  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.116551  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1516  Bmp family lipoprotein  31.25 
 
 		 356 aa  139  4.999999999999999e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.46456  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4441  basic membrane lipoprotein  34.3 
 
 		 368 aa  137  2e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0481892  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1631  basic membrane lipoprotein  34.8 
 
 		 356 aa  137  4e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0120157 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3016  basic membrane lipoprotein  33.87 
 
 		 322 aa  137  4e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.143404  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2598  basic membrane lipoprotein  33.04 
 
 		 349 aa  135  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.640676  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1625  basic membrane lipoprotein  31.21 
 
 		 353 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.140044  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2515  basic membrane lipoprotein  32.22 
 
 		 353 aa  135  9.999999999999999e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1320  basic membrane lipoprotein  35.1 
 
 		 356 aa  134  1.9999999999999998e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.281006 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0295  basic membrane lipoprotein  32.33 
 
 		 377 aa  132  6.999999999999999e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  unclonable  0.00000000188211  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0856  hypothetical protein  31.93 
 
 		 356 aa  132  6.999999999999999e-30  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0904  basic membrane lipoprotein  29.28 
 
 		 330 aa  132  1.0000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.701286  normal  0.455123 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4195  basic membrane lipoprotein  34.02 
 
 		 332 aa  130  3e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1527  basic membrane protein A  30.84 
 
 		 351 aa  129  9.000000000000001e-29  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000178114  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>