89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3055 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3055  endoribonuclease L-PSP  100 
 
 		 128 aa  261  2e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1385  endoribonuclease L-PSP  56.25 
 
 		 132 aa  151  4e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.246518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1470  endoribonuclease L-PSP  56.69 
 
 		 129 aa  147  4e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3867  endoribonuclease L-PSP  51.97 
 
 		 129 aa  132  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1266  hypothetical protein  57.14 
 
 		 131 aa  131  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.4759 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1672  Endoribonuclease L-PSP  50.81 
 
 		 130 aa  122  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00181671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4669  Endoribonuclease L-PSP  47.62 
 
 		 129 aa  117  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.570729 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3558  hypothetical protein  50 
 
 		 129 aa  117  7.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2553  hypothetical protein  50 
 
 		 100 aa  90.1  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.254874 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4936  endoribonuclease L-PSP  36.84 
 
 		 150 aa  85.5  3e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.309405  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3363  endoribonuclease L-PSP  33.07 
 
 		 136 aa  79.7  0.00000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.188913  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3051  endoribonuclease L-PSP  35.65 
 
 		 132 aa  75.9  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3858  endoribonuclease L-PSP  32.54 
 
 		 131 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.91936 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3993  Endoribonuclease L-PSP  33.87 
 
 		 127 aa  72  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.655583 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5523  endoribonuclease L-PSP  31.71 
 
 		 132 aa  68.6  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.684308  normal  0.107596 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2349  hypothetical protein  30.89 
 
 		 132 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2326  hypothetical protein  30.89 
 
 		 132 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.402119  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2170  hypothetical protein  30.89 
 
 		 132 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.180477  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3706  endoribonuclease L-PSP  32.26 
 
 		 131 aa  67.4  0.00000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.113002  normal  0.804369 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2107  endoribonuclease L-PSP  30.08 
 
 		 132 aa  65.9  0.0000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00100977  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4534  endoribonuclease L-PSP  26.61 
 
 		 128 aa  63.5  0.0000000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.71514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3601  endoribonuclease L-PSP, putative  32.23 
 
 		 134 aa  62.8  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0101  endoribonuclease L-PSP  27.78 
 
 		 133 aa  59.7  0.00000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000469691  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2467  endoribonuclease L-PSP  29.13 
 
 		 131 aa  58.5  0.00000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000783764  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2726  endoribonuclease L-PSP, putative  29.13 
 
 		 131 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000401402  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2706  putative endoribonuclease L-PSP  28.35 
 
 		 131 aa  57  0.00000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000241959 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2299  Endoribonuclease L-PSP  29.13 
 
 		 126 aa  56.6  0.0000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2691  endoribonuclease L-PSP  28.35 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.65572  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2506  endoribonuclease L-PSP  28.35 
 
 		 131 aa  55.8  0.0000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0850215  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2756  putative endoribonuclease L-PSP  27.56 
 
 		 131 aa  55.1  0.0000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00188195  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5244  Endoribonuclease L-PSP  36.96 
 
 		 130 aa  54.7  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.677365  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0668  endoribonuclease L-PSP  27.78 
 
 		 131 aa  54.7  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5043  Endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 132 aa  53.9  0.0000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2599  putative endoribonuclease L-PSP  27.56 
 
 		 131 aa  53.9  0.0000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000321897 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2710  putative endoribonuclease L-PSP  27.56 
 
 		 131 aa  52.8  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2433  endoribonuclease L-PSP  26.92 
 
 		 132 aa  52.4  0.000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000161475  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3756  putative mRNA endoribonuclease  27.72 
 
 		 207 aa  52.8  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2452  endoribonuclease L-PSP  27.56 
 
 		 131 aa  52  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.519847  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2061  endoribonuclease L-PSP  28.33 
 
 		 132 aa  52.8  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.199882 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4466  endoribonuclease L-PSP  31.58 
 
 		 134 aa  52  0.000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136863 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0958  endoribonuclease L-PSP  32.61 
 
 		 127 aa  51.6  0.000004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.678542 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3035  endoribonuclease L-PSP  25.23 
 
 		 134 aa  51.2  0.000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS04775  putative transmembrane protein  26.73 
 
 		 145 aa  50.1  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05662  hypothetical protein  26.73 
 
 		 145 aa  50.1  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2780  Endoribonuclease L-PSP  25.62 
 
 		 129 aa  48.9  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.129718  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4615  Endoribonuclease L-PSP  26.56 
 
 		 128 aa  49.3  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.514839 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1784  Endoribonuclease L-PSP  23.33 
 
 		 141 aa  48.9  0.00002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.164799  normal  0.0106753 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4440  endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 142 aa  48.5  0.00003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.286195  normal  0.317631 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3282  endoribonuclease L-PSP  32.69 
 
 		 126 aa  47.4  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.925015  normal  0.517573 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3090  endoribonuclease L-PSP  33.33 
 
 		 128 aa  46.2  0.0001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4718  Endoribonuclease L-PSP  24.22 
 
 		 158 aa  46.2  0.0001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2385  Endoribonuclease L-PSP  29.84 
 
 		 128 aa  46.6  0.0001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.094696  hitchhiker  0.000676577 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0617  Endoribonuclease L-PSP  27.27 
 
 		 131 aa  46.2  0.0001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2843  Endoribonuclease L-PSP  25.6 
 
 		 126 aa  45.8  0.0002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4550  endoribonuclease L-PSP  29.75 
 
 		 128 aa  45.8  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.326313  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2865  endoribonuclease L-PSP  31.06 
 
 		 133 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.16949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2607  endoribonuclease L-PSP  30.3 
 
 		 133 aa  45.4  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.171659  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2196  endoribonuclease L-PSP  27.07 
 
 		 137 aa  44.7  0.0004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0707908  normal  0.188687 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3858  L-PSP family endoribonuclease  26 
 
 		 125 aa  45.1  0.0004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.956298  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5714  endoribonuclease L-PSP  31.37 
 
 		 132 aa  44.3  0.0005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1200  Endoribonuclease L-PSP  30 
 
 		 142 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0853  endoribonuclease L-PSP  30.33 
 
 		 129 aa  44.3  0.0006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.287208 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6837  endoribonuclease L-PSP  29.03 
 
 		 137 aa  43.9  0.0008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0440077  normal  0.0291041 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0376  Endoribonuclease L-PSP  30.77 
 
 		 149 aa  43.5  0.0009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4350  Endoribonuclease L-PSP  27.91 
 
 		 133 aa  42.7  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0935  Endoribonuclease L-PSP  28.69 
 
 		 128 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1589  endoribonuclease L-PSP  30.83 
 
 		 130 aa  43.5  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.229274  hitchhiker  0.00909657 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3401  Endoribonuclease L-PSP  25 
 
 		 131 aa  43.1  0.001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00168089  normal  0.0966279 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3893  Endoribonuclease L-PSP  25 
 
 		 134 aa  42.4  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0453  endoribonuclease L-PSP  23.39 
 
 		 131 aa  42.4  0.002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0587  endoribonuclease L-PSP  26.52 
 
 		 131 aa  42.7  0.002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3130  Endoribonuclease L-PSP  28.89 
 
 		 131 aa  42.7  0.002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5064  Endoribonuclease L-PSP  25 
 
 		 133 aa  42.7  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.798098  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2689  endoribonuclease L-PSP  26.72 
 
 		 130 aa  42.4  0.002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3456  endoribonuclease L-PSP  28.57 
 
 		 138 aa  42.4  0.002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.962591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3501  hypothetical protein  25.74 
 
 		 132 aa  41.6  0.004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.987985  normal  0.527016 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0443  endoribonuclease L-PSP  28.7 
 
 		 139 aa  41.2  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2924  Endoribonuclease L-PSP  28.79 
 
 		 133 aa  41.2  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1030  Endoribonuclease L-PSP  27.27 
 
 		 135 aa  41.2  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.308966  normal  0.703887 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6151  3-hydroxyisobutyrate dehydrogenase and related beta-hydroxyacid dehydrogenase-like protein  27.69 
 
 		 402 aa  40.8  0.006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0200858 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0780  Endoribonuclease L-PSP  27.08 
 
 		 129 aa  40.8  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4432  Endoribonuclease L-PSP  26 
 
 		 137 aa  40.4  0.007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0220877  normal  0.494212 
 
 
-
 
NC_003296  RS02014  hypothetical protein  28.79 
 
 		 130 aa  40.8  0.007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4322  Endoribonuclease L-PSP  26 
 
 		 137 aa  40.4  0.007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.366226  normal  0.0989131 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2689  hypothetical protein  25.56 
 
 		 148 aa  40.8  0.007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0980036 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2099  endoribonuclease L-PSP  25.98 
 
 		 394 aa  40.4  0.008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0409826  normal  0.132893 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3297  Endoribonuclease L-PSP  26.32 
 
 		 127 aa  40.4  0.009  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.815851  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0725  Endoribonuclease L-PSP  27.78 
 
 		 136 aa  40  0.01  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.107947 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2388  endoribonuclease L-PSP  31.82 
 
 		 145 aa  40  0.01  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>