62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3101 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0959  ATPase  76.34 
 
 
566 aa  770    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.975549  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2850  putative ATPase  75.2 
 
 
511 aa  769    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.935903  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0847  ATPase  69.59 
 
 
515 aa  710    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.102768 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3010  AAA ATPase  75.2 
 
 
563 aa  759    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.71626 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2619  AAA ATPase  76.54 
 
 
566 aa  772    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3625  AAA ATPase  72.02 
 
 
511 aa  725    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.107724  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3101  ATPase  100 
 
 
517 aa  1042    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.422259  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2796  exodeoxyribonuclease V  29.53 
 
 
376 aa  114  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.517009  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1387  hypothetical protein  27.86 
 
 
373 aa  107  5e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.102316  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1343  hypothetical protein  27.86 
 
 
373 aa  107  5e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000254854  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2514  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  28.42 
 
 
375 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.237198  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1808  exodeoxyribonuclease V  28.12 
 
 
373 aa  105  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.205321  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1994  exodeoxyribonuclease V  27.41 
 
 
375 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2770  exodeoxyribonuclease V protein, alpha subunit  27.7 
 
 
375 aa  103  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.527428  normal  0.584188 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1491  exonuclease V subunit alpha  27.59 
 
 
375 aa  97.4  6e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0648  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  28.16 
 
 
372 aa  93.6  7e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.58481 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0674  putative deoxyribonuclease  28.44 
 
 
373 aa  92  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.663725 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0919  hypothetical protein  27.21 
 
 
369 aa  92  3e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.551853  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0685  putative deoxyribonuclease  28.44 
 
 
373 aa  92  3e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0151419 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4672  putative deoxyribonuclease  28.6 
 
 
372 aa  89.7  1e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5077  putative deoxyribonuclease  27.98 
 
 
365 aa  89  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4249  putative deoxyribonuclease  28.67 
 
 
365 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0255  putative deoxyribonuclease  27.84 
 
 
367 aa  88.2  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.836307  normal  0.0109793 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5462  putative deoxyribonuclease  26.5 
 
 
368 aa  88.2  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3841  putative deoxyribonuclease  28.17 
 
 
365 aa  87.8  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2487  putative deoxyribonuclease  27.56 
 
 
365 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.280682  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2140  conserved hypothetical protein; putative deoxyribonuclease  27.01 
 
 
363 aa  85.5  0.000000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3505  putative deoxyribonuclease  26.64 
 
 
363 aa  80.9  0.00000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.618009  normal  0.621388 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2622  putative deoxyribonuclease  31.85 
 
 
373 aa  80.1  0.00000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4089  putative deoxyribonuclease  29.66 
 
 
372 aa  77  0.0000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1859  hypothetical protein  26.8 
 
 
369 aa  76.3  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1281  deoxyribonuclease  26.39 
 
 
369 aa  76.3  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0955  exodeoxyribonuclease V  26.97 
 
 
369 aa  75.1  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.219189 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3837  putative deoxyribonuclease  25.39 
 
 
397 aa  74.3  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.738872  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1466  exodeoxyribonuclease V  26.06 
 
 
369 aa  73.9  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0686  exodeoxyribonuclease V  26.46 
 
 
369 aa  73.2  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0594  exodeoxyribonuclease V  27.55 
 
 
369 aa  72  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0455  RecD/TraA family helicase  21.79 
 
 
731 aa  56.6  0.000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.232252  n/a   
 
 
-
 
NC_013502  Rmar_2849  AAA ATPase  25.54 
 
 
678 aa  54.7  0.000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0353435  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2658  Exodeoxyribonuclease V  26.58 
 
 
659 aa  54.7  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0285632  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5834  DNA helicase, putative  21.56 
 
 
462 aa  54.3  0.000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_09351  exodeoxyribonuclease V  25.75 
 
 
491 aa  53.1  0.00001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.199442 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0608  ATP-dependent RecD/TraA family DNA helicase  36.54 
 
 
825 aa  51.6  0.00004  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0826  helicase RecD/TraA  24.92 
 
 
726 aa  50.4  0.00007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.306624  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0679  hypothetical protein  30.81 
 
 
486 aa  49.3  0.0002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  22.78 
 
 
1107 aa  48.9  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_11171  exodeoxyribonuclease V  26.81 
 
 
486 aa  48.1  0.0004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0885219  normal  0.565866 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1924  exodeoxyribonuclease V  26.27 
 
 
483 aa  47.8  0.0004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0233572  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  23.92 
 
 
1123 aa  48.1  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0683  ribonuclease H  25.88 
 
 
754 aa  47.8  0.0005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_15131  exodeoxyribonuclease V  31.4 
 
 
448 aa  47.8  0.0005  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0741  exodeoxyribonuclease V  25.98 
 
 
481 aa  47.4  0.0006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.384305  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0232  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  24.49 
 
 
475 aa  47.4  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.14834  normal  0.233843 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2772  Exodeoxyribonuclease V  41.38 
 
 
653 aa  45.4  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00547941  hitchhiker  0.000384136 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2820  helicase, RecD/TraA family  26.03 
 
 
754 aa  45.8  0.002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  decreased coverage  0.00387787  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1186  exonuclease V subunit alpha  22.56 
 
 
792 aa  45.4  0.002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000641615  normal  0.675634 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2665  ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V)  26.43 
 
 
474 aa  45.8  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2646  exodeoxyribonuclease V  44.44 
 
 
816 aa  45.8  0.002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.215439  normal  0.0562763 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  25.82 
 
 
976 aa  45.1  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  25.82 
 
 
976 aa  45.1  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4895  exodeoxyribonuclease V  42.86 
 
 
776 aa  43.9  0.007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.382382  normal  0.0563011 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3613  RecD/TraA family helicase  35.34 
 
 
719 aa  43.5  0.01  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>