More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3097 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3097  inner-membrane translocator  100 
 
 		 335 aa  656    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2846  inner-membrane translocator  73.43 
 
 		 321 aa  471  1e-132  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.207886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0856  inner-membrane translocator  73.13 
 
 		 325 aa  466  9.999999999999999e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.115624  normal  0.0464439 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2285  inner-membrane translocator  71.64 
 
 		 321 aa  463  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.345372  normal  0.859841 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0525  inner-membrane translocator  70.15 
 
 		 321 aa  460  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2208  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  72.24 
 
 		 322 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.312232  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0883  inner-membrane translocator  72.24 
 
 		 322 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.685586 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3339  inner-membrane translocator  58.46 
 
 		 323 aa  372  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.460732 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3654  inner-membrane translocator  59.94 
 
 		 323 aa  365  1e-100  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.119875  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4173  inner-membrane translocator  56.38 
 
 		 323 aa  358  6e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3584  ABC sugar transporter inner membrane translocator  58.38 
 
 		 321 aa  358  6e-98  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4461  inner-membrane translocator  56.08 
 
 		 323 aa  357  9.999999999999999e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.51963 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0635  inner-membrane translocator  55.99 
 
 		 322 aa  355  6.999999999999999e-97  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000236565 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0728  inner-membrane translocator  55.39 
 
 		 321 aa  347  1e-94  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000259102  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1300  ABC sugar transporter inner membrane translocator  56.29 
 
 		 321 aa  346  3e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0260  ABC transporter membrane spanning protein (sugar/ribonucleotide)  53.73 
 
 		 323 aa  342  7e-93  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0564  inner-membrane translocator  48.52 
 
 		 324 aa  272  7e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.163517 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0158  inner-membrane translocator  45.82 
 
 		 307 aa  246  4e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.488048  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_08800  inner-membrane translocator  42.77 
 
 		 309 aa  243  1.9999999999999999e-63  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00310971  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1650  inner-membrane translocator  42.15 
 
 		 303 aa  232  7.000000000000001e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.84932 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0404  inner-membrane translocator  39.88 
 
 		 306 aa  228  1e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0341436  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0423  inner-membrane translocator  41.28 
 
 		 300 aa  227  3e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0639  inner-membrane translocator  42.53 
 
 		 309 aa  221  1.9999999999999999e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.136053 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3847  inner-membrane translocator  38.44 
 
 		 425 aa  218  8.999999999999998e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00193148  decreased coverage  0.00000485883 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0007  inner-membrane translocator  39.21 
 
 		 319 aa  216  4e-55  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00338005  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0842  inner-membrane translocator  40.37 
 
 		 319 aa  216  5e-55  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1581  inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 311 aa  216  5e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.788444  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0819  inner-membrane translocator  40.37 
 
 		 319 aa  216  5e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0019  inner-membrane translocator  38.77 
 
 		 319 aa  215  7e-55  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1155  inner-membrane translocator  41.67 
 
 		 308 aa  213  4.9999999999999996e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.669873  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1412  sugar ABC transporter, permease protein  37.72 
 
 		 319 aa  211  1e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0105551  normal  0.047253 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3548  ABC transporter, permease  38.19 
 
 		 319 aa  211  2e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3887  sugar ABC transporter, permease protein  37.43 
 
 		 319 aa  211  2e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.140274  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3530  ABC transporter, permease  37.9 
 
 		 319 aa  210  3e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3801  sugar ABC transporter, permease protein  37.9 
 
 		 319 aa  210  3e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000466653 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3823  sugar ABC transporter, permease protein  37.61 
 
 		 319 aa  209  4e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3836  sugar ABC transporter, permease protein  37.61 
 
 		 319 aa  209  4e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000105627  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2440  inner-membrane translocator  36.44 
 
 		 319 aa  207  2e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0245411  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0030  inner-membrane translocator  37.8 
 
 		 305 aa  206  4e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3559  inner-membrane translocator  37.03 
 
 		 319 aa  206  4e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.706735  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1779  inner-membrane translocator  38.58 
 
 		 309 aa  204  1e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000000172094  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0145  inner-membrane translocator  37.91 
 
 		 307 aa  202  5e-51  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3638  branched-chain amino acid transport system, permease component, C-terminus  37.46 
 
 		 344 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0957  sugar ABC transporter, permease protein, putative  36.34 
 
 		 318 aa  200  3e-50  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.192021  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3692  inner-membrane translocator  37.31 
 
 		 310 aa  198  1.0000000000000001e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.24708  normal  0.497835 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1633  inner-membrane translocator  36.34 
 
 		 346 aa  198  1.0000000000000001e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00905932 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2071  inner-membrane translocator  38.69 
 
 		 319 aa  197  3e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2603  inner-membrane translocator  37.91 
 
 		 312 aa  196  3e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25730  nucleoside ABC transporter membrane protein  37.69 
 
 		 425 aa  197  3e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.465825  normal  0.436724 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0859  ABC transporter permease  34.4 
 
 		 318 aa  196  5.000000000000001e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1788  inner-membrane translocator  34.65 
 
 		 284 aa  192  5e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1149  inner-membrane translocator  34.65 
 
 		 284 aa  192  5e-48  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0506  inner-membrane translocator  34.13 
 
 		 286 aa  191  1e-47  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1179  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 319 aa  191  1e-47  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1318  inner-membrane translocator  35.82 
 
 		 346 aa  189  5.999999999999999e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.484176 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04920  uncharacterized ABC-type transport system, permease component  39.38 
 
 		 435 aa  184  1.0000000000000001e-45  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1677  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 316 aa  181  1e-44  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.249987  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2174  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.113788  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0075  ABC transporter permease  37.13 
 
 		 318 aa  181  2e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2766  inner-membrane translocator  35.45 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1355  inner-membrane translocator  37.11 
 
 		 430 aa  179  4e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1213  inner-membrane translocator  38.7 
 
 		 440 aa  180  4e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000233246 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1454  ABC transporter permease  35.09 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3053  inner-membrane translocator  35.24 
 
 		 445 aa  177  3e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1909  inner-membrane translocator  33.13 
 
 		 305 aa  176  6e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1140  inner-membrane translocator  38.39 
 
 		 447 aa  175  8e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.678162  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5246  inner-membrane translocator  37.65 
 
 		 305 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3657  inner-membrane translocator  35.97 
 
 		 315 aa  172  9e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.103238 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21250  uncharacterized ABC-type transport system, permease component  35.99 
 
 		 444 aa  172  1e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3028  inner-membrane translocator  37.78 
 
 		 308 aa  171  2e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.921735 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1691  inner-membrane translocator  36.5 
 
 		 304 aa  170  3e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1023  inner-membrane translocator  39.76 
 
 		 430 aa  170  4e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1609  ABC transporter permease  33.04 
 
 		 318 aa  168  1e-40  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.342932  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0137  putative simple sugar transport system permease protein  33.53 
 
 		 309 aa  167  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0697381  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0298  inner-membrane translocator  32.33 
 
 		 312 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000156884  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0480  inner-membrane translocator  36.56 
 
 		 288 aa  167  2.9999999999999998e-40  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3946  inner-membrane translocator  35.98 
 
 		 435 aa  166  4e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00765418 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0524  inner-membrane translocator  34.06 
 
 		 288 aa  165  1.0000000000000001e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1549  sugar ABC transporter  31.86 
 
 		 317 aa  164  1.0000000000000001e-39  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.221473  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3236  inner-membrane translocator  38.78 
 
 		 420 aa  163  3e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05420  nucleoside ABC transporter membrane protein  34.2 
 
 		 394 aa  162  7e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.905807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1829  ABC transporter, permease protein  31.56 
 
 		 317 aa  161  1e-38  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1414  inner-membrane translocator  35.52 
 
 		 350 aa  161  2e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.381128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2944  inner-membrane translocator  36.22 
 
 		 429 aa  160  4e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00126188 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0630  inner-membrane translocator  33.03 
 
 		 293 aa  159  4e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6451  inner-membrane translocator  39.04 
 
 		 421 aa  160  4e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0810  inner-membrane translocator  35.52 
 
 		 426 aa  159  5e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.782649 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4194  inner-membrane translocator  33.64 
 
 		 428 aa  159  6e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4010  inner-membrane translocator  35.51 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0751  inner-membrane translocator  30.91 
 
 		 301 aa  158  2e-37  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000454798  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0699  ribose/galactose ABC transporter, permease protein  32.22 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1947  ABC transporter, permease protein  33.95 
 
 		 310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0161328  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0754  inner-membrane translocator  34.13 
 
 		 426 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.56279  normal  0.0522035 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1509  branched chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.57 
 
 		 306 aa  155  7e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00806638  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1272  nucleoside ABC transporter membrane protein  35.62 
 
 		 423 aa  151  2e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0679  inner-membrane translocator  32.74 
 
 		 308 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00497271  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1950  inner-membrane translocator  34.67 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535854 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0568  ABC transporter, permease protein  34.26 
 
 		 306 aa  150  4e-35  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6736  inner-membrane translocator  38.23 
 
 		 320 aa  150  4e-35  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0214  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 306 aa  149  6e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>