106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3109 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3109  hypothetical protein  100 
 
 		 285 aa  596  1e-169  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0061  hypothetical protein  72.69 
 
 		 285 aa  410  1e-113  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2795  hypothetical protein  69.52 
 
 		 286 aa  394  1e-109  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0573  hypothetical protein  70.15 
 
 		 277 aa  394  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.329017  normal  0.178207 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0802  hypothetical protein  69.75 
 
 		 288 aa  388  1e-107  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2473  hypothetical protein  73.14 
 
 		 289 aa  372  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.360526  normal  0.185436 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4087  hypothetical protein  53.82 
 
 		 286 aa  256  4e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.567872  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3315  hypothetical protein  52.33 
 
 		 278 aa  256  4e-67  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2796  hypothetical protein  50 
 
 		 283 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0112112  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3985  hypothetical protein  53.88 
 
 		 286 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.134584 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4449  hypothetical protein  53.06 
 
 		 286 aa  248  9e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2524  hypothetical protein  48.46 
 
 		 310 aa  247  1e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.578809  normal  0.587252 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1314  hypothetical protein  51.54 
 
 		 302 aa  247  2e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.34613  hitchhiker  0.0088422 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4036  hypothetical protein  48.45 
 
 		 283 aa  246  3e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.278861  normal  0.945039 
 
 
-
 
NC_011694  PHATRDRAFT_40950  predicted protein  47.52 
 
 		 312 aa  234  2.0000000000000002e-60  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2182  hypothetical protein  48.32 
 
 		 299 aa  217  1e-55  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0230731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_45364  predicted protein  44.14 
 
 		 300 aa  217  1e-55  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.0471946 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06335  conserved hypothetical protein  40.67 
 
 		 312 aa  215  5.9999999999999996e-55  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.246727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3045  hypothetical protein  33.67 
 
 		 195 aa  85.5  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1632  hypothetical protein  30.63 
 
 		 207 aa  83.2  0.000000000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3791  hypothetical protein  30.87 
 
 		 235 aa  79.3  0.00000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.846028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1339  hypothetical protein  30.33 
 
 		 213 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.167339  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1619  hypothetical protein  29.17 
 
 		 198 aa  77  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3901  hypothetical protein  30.57 
 
 		 214 aa  76.6  0.0000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.388062 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3978  hypothetical protein  31.31 
 
 		 214 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4884  hypothetical protein  31.58 
 
 		 229 aa  74.7  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.180519  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0073  hypothetical protein  28.84 
 
 		 219 aa  73.2  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3249  hypothetical protein  28.22 
 
 		 206 aa  72.8  0.000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.987033 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3723  hypothetical protein  30.37 
 
 		 206 aa  72.8  0.000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4018  urea carboxylase-associated protein 1  30.37 
 
 		 206 aa  72.8  0.000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1061  hypothetical protein  30.25 
 
 		 211 aa  72.8  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.139383  normal  0.731459 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1359  hypothetical protein  30.93 
 
 		 211 aa  72.4  0.000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.136941 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4242  hypothetical protein  31.09 
 
 		 205 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2565  hypothetical protein  29.79 
 
 		 206 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.140249  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2687  hypothetical protein  29.63 
 
 		 198 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.500791  normal  0.525319 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3976  hypothetical protein  30.05 
 
 		 205 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.647355  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1185  hypothetical protein  33.33 
 
 		 237 aa  70.1  0.00000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.237852  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1202  hypothetical protein  33.33 
 
 		 237 aa  70.1  0.00000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.333039  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1212  hypothetical protein  33.33 
 
 		 237 aa  70.1  0.00000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.118712 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1223  hypothetical protein  27.19 
 
 		 216 aa  69.7  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0296211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2187  hypothetical protein  28.57 
 
 		 211 aa  68.9  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2728  hypothetical protein  29.44 
 
 		 210 aa  68.2  0.0000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2501  hypothetical protein  29.21 
 
 		 216 aa  68.6  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0942  hypothetical protein  30.27 
 
 		 232 aa  67.8  0.0000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.84686  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2465  hypothetical protein  29.1 
 
 		 198 aa  67.8  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2380  hypothetical protein  28.72 
 
 		 198 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.697373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1383  hypothetical protein  28.57 
 
 		 218 aa  67  0.0000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.247452  normal  0.0123851 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1589  urea carboxylase-associated protein 1  29.08 
 
 		 211 aa  67  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.138345  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0046  urea carboxylase-associated protein 1  28.08 
 
 		 211 aa  67  0.0000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1891  hypothetical protein  26.92 
 
 		 211 aa  66.2  0.0000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.379985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5229  urea carboxylase-associated protein 1  28.57 
 
 		 218 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0105339  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1829  hypothetical protein  30.16 
 
 		 198 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00879192 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2395  urea carboxylase-associated protein 1  29.38 
 
 		 211 aa  65.5  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2682  urea carboxylase-associated protein 1  28.87 
 
 		 211 aa  63.9  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6518  urea carboxylase-associated protein 1  28.09 
 
 		 216 aa  63.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.499426 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6106  urea carboxylase-associated protein 1  25.87 
 
 		 216 aa  63.9  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.483915 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1791  hypothetical protein  30.77 
 
 		 214 aa  63.2  0.000000004  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6085  hypothetical protein  31.05 
 
 		 238 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.195869 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3088  urea carboxylase-associated protein 1  28.5 
 
 		 215 aa  63.5  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.712577  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01230  hypothetical protein  26.15 
 
 		 197 aa  62.8  0.000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2652  hypothetical protein  27.23 
 
 		 222 aa  61.6  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5710  hypothetical protein  27.27 
 
 		 204 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.589749  normal  0.302517 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1324  hypothetical protein  24.57 
 
 		 224 aa  59.3  0.00000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4532  hypothetical protein  26.02 
 
 		 212 aa  57.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.668981 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2360  hypothetical protein  28.1 
 
 		 216 aa  57.8  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.579731  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2657  hypothetical protein  27.23 
 
 		 204 aa  56.2  0.0000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3460  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.37 
 
 		 781 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6431  hypothetical protein  27.27 
 
 		 218 aa  55.5  0.0000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640953  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1126  hypothetical protein  28.11 
 
 		 212 aa  55.1  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4749  hypothetical protein  26.67 
 
 		 200 aa  55.1  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.269123  normal  0.291326 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2396  urea carboxylase-associated protein 2  26.04 
 
 		 248 aa  55.1  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0918  hypothetical protein  24.23 
 
 		 193 aa  54.7  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.670285  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5559  hypothetical protein  26.77 
 
 		 218 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.412671  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5924  hypothetical protein  26.77 
 
 		 218 aa  53.9  0.000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.179476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2604  urea carboxylase-associated protein 2  26.02 
 
 		 270 aa  53.5  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00965132 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2305  urea carboxylase-associated protein 1  26.67 
 
 		 211 aa  53.5  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.810235  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2683  urea carboxylase-associated protein 2  26.53 
 
 		 248 aa  53.1  0.000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1360  hypothetical protein  26.8 
 
 		 242 aa  52.8  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.101238 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2775  urea carboxylase-associated protein 1  26.02 
 
 		 202 aa  52.8  0.000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0927346  normal  0.026048 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3477  hypothetical protein  30.32 
 
 		 204 aa  52.4  0.000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.247317  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3746  hypothetical protein  30.32 
 
 		 204 aa  51.6  0.00001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0607  hypothetical protein  27.98 
 
 		 211 aa  52  0.00001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.105143  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0329  hypothetical protein  27.08 
 
 		 233 aa  52  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3727  urea carboxylase-associated protein 1  25.68 
 
 		 238 aa  50.8  0.00002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.592231 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1202  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  28.22 
 
 		 752 aa  50.8  0.00003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0037  hypothetical protein  26.6 
 
 		 217 aa  50.1  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0850268  normal  0.482024 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0797  urea carboxylase-associated protein 1  26.82 
 
 		 212 aa  49.7  0.00005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.697357  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2605  urea carboxylase-associated protein 1  23.47 
 
 		 214 aa  49.7  0.00006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00607415 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1329  hypothetical protein  26.15 
 
 		 205 aa  48.9  0.00009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.982667  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0155  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  24.88 
 
 		 790 aa  48.5  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5134  aminomethyltransferase  25.97 
 
 		 757 aa  47.8  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4448  hypothetical protein  28.33 
 
 		 208 aa  48.1  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2729  hypothetical protein  27.4 
 
 		 260 aa  47  0.0004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3087  urea carboxylase-associated protein 2  24.26 
 
 		 244 aa  47  0.0004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1340  hypothetical protein  24.62 
 
 		 241 aa  46.6  0.0005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.340064  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3316  glycine cleavage T protein (aminomethyl transferase)  25.6 
 
 		 789 aa  45.8  0.0009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2186  hypothetical protein  22.91 
 
 		 280 aa  44.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.977341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3977  hypothetical protein  25 
 
 		 235 aa  45.1  0.002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0765  urea carboxylase-associated protein 1  25.26 
 
 		 217 aa  43.9  0.003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.63227  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1886  hypothetical protein  26.15 
 
 		 214 aa  43.5  0.004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>