More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3113 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
305 aa  601  1.0000000000000001e-171  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.31067  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.8 
 
 
305 aa  335  5.999999999999999e-91  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2575  peptide ABC transporter, permease protein  50.16 
 
 
305 aa  331  9e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2266  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.84 
 
 
305 aa  330  3e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0437136  normal  0.510815 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3654  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.82 
 
 
304 aa  324  1e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276261  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.52 
 
 
305 aa  310  1e-83  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  normal  0.480947 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.5 
 
 
305 aa  310  1e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4733  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.54 
 
 
305 aa  304  1.0000000000000001e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.587247  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.81 
 
 
304 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.029766 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.87 
 
 
305 aa  298  5e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.507532  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.52 
 
 
305 aa  288  8e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.93 
 
 
306 aa  258  7e-68  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  40.85 
 
 
306 aa  248  1e-64  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  40.85 
 
 
306 aa  248  1e-64  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  40.85 
 
 
306 aa  247  2e-64  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  42.18 
 
 
306 aa  246  4e-64  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  42.18 
 
 
306 aa  246  4e-64  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.87 
 
 
308 aa  243  1.9999999999999999e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.58 
 
 
306 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0959  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
311 aa  236  3e-61  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4291  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.31 
 
 
338 aa  236  4e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.88 
 
 
306 aa  235  6e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.76 
 
 
334 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.49 
 
 
324 aa  232  5e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0369  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.23 
 
 
316 aa  231  1e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
313 aa  229  4e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
312 aa  227  2e-58  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.13 
 
 
306 aa  226  4e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  40.38 
 
 
313 aa  226  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0131  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.06 
 
 
326 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4284  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.75 
 
 
323 aa  222  6e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.181861  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.79 
 
 
306 aa  222  8e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0644  oligopeptide ABC transporter, permease protein  38.49 
 
 
314 aa  221  9.999999999999999e-57  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.94 
 
 
326 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.109225  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
313 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0709141  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  37.05 
 
 
339 aa  219  5e-56  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.95 
 
 
306 aa  219  5e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.25 
 
 
308 aa  219  5e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.19 
 
 
313 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0910692  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0145  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.54 
 
 
306 aa  218  8.999999999999998e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.022065  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1092  peptide ABC transporter, permease protein, putative  40.13 
 
 
314 aa  218  1e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
311 aa  217  2e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.26 
 
 
334 aa  217  2e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
306 aa  216  2.9999999999999998e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.51 
 
 
318 aa  216  4e-55  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.95 
 
 
306 aa  216  5e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  35.95 
 
 
306 aa  216  5e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.95 
 
 
306 aa  216  5e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.64 
 
 
308 aa  216  5e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.87491 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  35.95 
 
 
306 aa  216  5e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  35.95 
 
 
306 aa  216  5e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  35.95 
 
 
306 aa  216  5e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.95 
 
 
306 aa  216  5e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5256  putative ABC transporter (permease protein)  36.86 
 
 
313 aa  216  5e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.173409  normal  0.132635 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  35.95 
 
 
306 aa  216  5e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.6 
 
 
306 aa  215  5.9999999999999996e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5082  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
314 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0845824 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6650  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.78 
 
 
314 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  36.27 
 
 
306 aa  215  7e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2408  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.61 
 
 
316 aa  215  7e-55  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.52 
 
 
306 aa  215  9e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.583843  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  36.27 
 
 
306 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4399  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.52 
 
 
306 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0219662  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  36.27 
 
 
306 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  36.27 
 
 
306 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  36.27 
 
 
306 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2003  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.59 
 
 
315 aa  214  9.999999999999999e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.872908 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5358  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  36.94 
 
 
315 aa  213  1.9999999999999998e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1251  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.27 
 
 
313 aa  213  2.9999999999999995e-54  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0714175 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.89 
 
 
306 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  35.62 
 
 
306 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1197  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.22 
 
 
313 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.95 
 
 
306 aa  212  4.9999999999999996e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.86 
 
 
315 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2973  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.93 
 
 
306 aa  212  5.999999999999999e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.628351  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  35.2 
 
 
307 aa  212  7e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2031  ABC transporter, permease protein  39.68 
 
 
313 aa  212  7.999999999999999e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.381274  normal  0.768388 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.42 
 
 
307 aa  211  9e-54  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00227736  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.74 
 
 
315 aa  211  1e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0708639  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3906  dipeptide transporter permease DppB  37.8 
 
 
339 aa  211  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1187  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.13 
 
 
304 aa  210  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.127096  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1766  peptide ABC transporter, permease protein  37.27 
 
 
321 aa  211  2e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.147265  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4049  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.77 
 
 
313 aa  209  4e-53  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.27 
 
 
306 aa  209  5e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.856308  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1836  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
313 aa  209  6e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.589529  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1492  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.93 
 
 
306 aa  208  8e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.26 
 
 
313 aa  208  9e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.38 
 
 
317 aa  207  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.627017 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
313 aa  207  1e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.380096  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.18 
 
 
307 aa  207  1e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.18 
 
 
307 aa  207  1e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.25 
 
 
332 aa  208  1e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.54 
 
 
313 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2848  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
314 aa  207  1e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.965219  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0089  dipeptide transporter permease DppB  36.9 
 
 
339 aa  207  2e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297234  n/a   
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3891  ABC di/oligopeptide transporter, inner membrane subunit  40.38 
 
 
317 aa  207  2e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0976  putative dipeptide ABC transporter, permease protein  35.95 
 
 
306 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00545821  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0323  ABC transporter permease protein  35.95 
 
 
306 aa  207  2e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1357  putative glutathione ABC transporter, permease protein  35.95 
 
 
306 aa  207  2e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.255381  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>