More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2854 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_2854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
308 aa  600  1.0000000000000001e-171  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.87491 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  87.66 
 
 
308 aa  548  1e-155  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1840  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.03 
 
 
309 aa  437  9.999999999999999e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0396577  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6467  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  66.45 
 
 
309 aa  427  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2240  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.89 
 
 
310 aa  377  1e-103  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2697  ABC transporter membrane spanning protein (agrocinopine)  46.89 
 
 
305 aa  284  1.0000000000000001e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1075  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.95 
 
 
302 aa  268  8e-71  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.473932  normal  0.177469 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.75 
 
 
306 aa  265  8.999999999999999e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.5 
 
 
308 aa  251  7e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.2 
 
 
306 aa  248  9e-65  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.62 
 
 
306 aa  245  6e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13220  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  44.55 
 
 
308 aa  245  8e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.444748  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.82 
 
 
306 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.05 
 
 
307 aa  241  1e-62  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00227736  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3533  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  44.89 
 
 
305 aa  240  2e-62  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.07 
 
 
327 aa  240  2.9999999999999997e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.395027  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1325  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.14 
 
 
311 aa  238  8e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.642024 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.11 
 
 
326 aa  238  1e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19101  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.07 
 
 
306 aa  237  2e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.75 
 
 
326 aa  237  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.844486 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.46 
 
 
324 aa  237  2e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.75 
 
 
327 aa  237  2e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0558864 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5079  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.98 
 
 
305 aa  236  3e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.310783  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5762  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.81 
 
 
313 aa  235  7e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.0000799384  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.54 
 
 
318 aa  235  8e-61  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.823001  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7327  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  40.46 
 
 
306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.8 
 
 
306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.535733 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1001  glutathione ABC transporter permease  40.66 
 
 
306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0918  inner membrane ABC transporter permease protein YddR  40.66 
 
 
306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.145156  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0891  glutathione ABC transporter, permease protein  40.66 
 
 
306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.976092  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0951  glutathione ABC transporter permease  40.66 
 
 
306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.258662  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0980  glutathione ABC transporter permease  40.66 
 
 
306 aa  234  2.0000000000000002e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.03 
 
 
313 aa  233  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 
313 aa  233  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000789572  normal  0.0157107 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4610  oligopeptide ABC transporter, permease protein  39.8 
 
 
306 aa  233  3e-60  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1659  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.28 
 
 
306 aa  233  3e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4233  oligopeptide transport, system permease  39.8 
 
 
306 aa  232  5e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4245  oligopeptide ABC transporter, permease  39.8 
 
 
306 aa  232  5e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  38.16 
 
 
306 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.16 
 
 
306 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.16 
 
 
306 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.16 
 
 
306 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0984  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.91 
 
 
313 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.422815  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1409  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.34 
 
 
306 aa  232  7.000000000000001e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.14841  normal  0.0482429 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  38.16 
 
 
306 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.16 
 
 
306 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.16 
 
 
306 aa  232  7.000000000000001e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  38.16 
 
 
306 aa  231  9e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4392  oligopeptide ABC transporter permease  39.8 
 
 
306 aa  231  1e-59  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4732  oligopeptide ABC transporter permease protein  39.8 
 
 
306 aa  231  1e-59  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3004  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.83 
 
 
306 aa  231  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.07 
 
 
326 aa  230  3e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0066  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.14 
 
 
334 aa  229  4e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2517  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  37.83 
 
 
306 aa  229  6e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.503163  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.3 
 
 
335 aa  229  6e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1320  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
307 aa  227  1e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.525141  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
306 aa  228  1e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.740963 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  40.6 
 
 
336 aa  228  1e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0423  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.12 
 
 
334 aa  227  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0103751  normal  0.0395583 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  38.03 
 
 
307 aa  226  3e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2869  transmembrane dipeptide transport system permease ABC transporter protein  38.56 
 
 
325 aa  226  3e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0598671  normal  0.76334 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  39.82 
 
 
336 aa  226  3e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
307 aa  226  3e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.237541  normal  0.589028 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0391  Nickel-transporting ATPase  39.82 
 
 
334 aa  226  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.941274  normal  0.201292 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.68 
 
 
314 aa  226  5.0000000000000005e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.935308  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.12 
 
 
336 aa  225  6e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.12 
 
 
336 aa  225  6e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  40.12 
 
 
336 aa  225  7e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0238  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.45 
 
 
311 aa  225  7e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.82352 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  39.82 
 
 
337 aa  225  8e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0183  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter inner membrane protein  40.18 
 
 
336 aa  224  1e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  39.82 
 
 
336 aa  224  1e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3242  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.36 
 
 
306 aa  224  2e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.532863  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  40.12 
 
 
336 aa  224  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0386  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.21 
 
 
312 aa  224  2e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0262  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.8 
 
 
320 aa  223  3e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.663455  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.05 
 
 
326 aa  223  3e-57  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.508516  normal  0.0813716 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.24 
 
 
324 aa  223  3e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1505  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.49 
 
 
315 aa  223  3e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0708639  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3005  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.36 
 
 
325 aa  223  4e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1530  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.94 
 
 
335 aa  223  4e-57  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.755182  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0350  nickel ABC transporter, permease subunit NikB  38.11 
 
 
310 aa  223  4e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 
324 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  37.95 
 
 
333 aa  222  4.9999999999999996e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7193  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  39.18 
 
 
326 aa  222  4.9999999999999996e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2054  peptide ABC transporter permease  39.64 
 
 
336 aa  222  6e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0359637  normal  0.365039 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  39.82 
 
 
336 aa  222  6e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1951  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.29 
 
 
305 aa  222  6e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.238423  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.82 
 
 
336 aa  222  7e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3506  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.31 
 
 
305 aa  221  8e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.507532  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2849  ABC transporter permease protein  39.62 
 
 
313 aa  221  9e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.585703  normal  0.643564 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 
328 aa  221  9.999999999999999e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1585  dipeptide ABC transporter, permease protein  38.94 
 
 
335 aa  221  9.999999999999999e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.280526  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0489  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.74 
 
 
336 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0330  nickel-transporting ATPase  40.42 
 
 
334 aa  221  9.999999999999999e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0802428 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1552  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.67 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.3 
 
 
326 aa  221  9.999999999999999e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.115178  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4425  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.67 
 
 
306 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.856308  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0113  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.5 
 
 
320 aa  221  9.999999999999999e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0617346  normal  0.17443 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.07 
 
 
321 aa  220  1.9999999999999999e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>