More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1089 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_1089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
326 aa  637    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.19101  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0664  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  88.69 
 
 
327 aa  579  1e-164  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.395027  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  88.38 
 
 
327 aa  577  1.0000000000000001e-163  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0558864 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.26 
 
 
326 aa  564  1e-160  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2112  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.57 
 
 
326 aa  563  1.0000000000000001e-159  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.508516  normal  0.0813716 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1302  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  84.66 
 
 
326 aa  555  1e-157  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.844486 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3120  IM pore protein  75.46 
 
 
327 aa  486  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0682288  normal  0.0671441 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3550  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.67 
 
 
327 aa  431  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.74241  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  63.41 
 
 
328 aa  424  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2856  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  64.26 
 
 
326 aa  417  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.247357 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.85 
 
 
326 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.443976  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.12 
 
 
326 aa  411  1e-114  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.115178  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4475  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  61.66 
 
 
326 aa  399  9.999999999999999e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.195389 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7193  ABC transporter membrane spanning protein (oligopeptide)  59.57 
 
 
326 aa  392  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0791708  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2824  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.46 
 
 
338 aa  387  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.365334  normal  0.156098 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1241  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.99 
 
 
321 aa  379  1e-104  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5793  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.83 
 
 
322 aa  369  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  hitchhiker  0.000255832  decreased coverage  0.000142665 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0421  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.57 
 
 
321 aa  361  1e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.751263  normal  0.0835793 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0274  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, permease protein  48.45 
 
 
391 aa  308  1.0000000000000001e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3005  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  47.69 
 
 
325 aa  306  3e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0563  peptide ABC transporter, protein inner membrane binding component  45.85 
 
 
325 aa  303  3.0000000000000004e-81  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0096  binding-protein-dependent transport system,inner membrane component  43.08 
 
 
325 aa  301  8.000000000000001e-81  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1685  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.69 
 
 
326 aa  299  3e-80  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00494  ABC transporter permease component  43.38 
 
 
325 aa  297  2e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1793  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.66 
 
 
325 aa  295  5e-79  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0779097  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2869  transmembrane dipeptide transport system permease ABC transporter protein  46.13 
 
 
325 aa  294  1e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0598671  normal  0.76334 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.07 
 
 
349 aa  294  1e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00059192  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2565  peptide ABC transporter, permease protein  43.21 
 
 
342 aa  293  2e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.304242  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3157  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.77 
 
 
325 aa  293  3e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1444  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.17 
 
 
323 aa  290  2e-77  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1828  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.27 
 
 
325 aa  288  9e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.24 
 
 
324 aa  286  2e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.372341  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0450  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.31 
 
 
349 aa  286  5e-76  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001973  peptide ABC transporter permease component  43.04 
 
 
310 aa  280  2e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4693  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.99 
 
 
324 aa  280  2e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.65 
 
 
325 aa  279  4e-74  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.683893 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.87 
 
 
324 aa  278  1e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6293  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.68 
 
 
323 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.740453  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1360  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.89 
 
 
324 aa  272  5.000000000000001e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000247365  normal  0.354995 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2531  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.48 
 
 
325 aa  271  9e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00320592 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.29 
 
 
327 aa  268  8.999999999999999e-71  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.303852  normal  0.27124 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.63 
 
 
325 aa  268  8.999999999999999e-71  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0019  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.32 
 
 
325 aa  266  2e-70  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2083  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.99 
 
 
327 aa  267  2e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1184  dipeptide ABC transporter, permease protein  41.07 
 
 
333 aa  262  6e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0134333  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4795  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.31 
 
 
315 aa  258  1e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1882  peptide ABC transporter transmembrane protein  42.07 
 
 
328 aa  256  4e-67  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0184491  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2453  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.04 
 
 
334 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2499  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
334 aa  251  1e-65  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0750217 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5038  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.18 
 
 
325 aa  248  1e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.642958  normal  0.861569 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
308 aa  247  2e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.87491 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5415  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.3 
 
 
324 aa  247  2e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.717601 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1223  Nickel-transporting ATPase  39.17 
 
 
339 aa  246  3e-64  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0308435 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
308 aa  245  6e-64  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.27 
 
 
324 aa  244  1.9999999999999999e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2789  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.61 
 
 
306 aa  242  5e-63  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2404  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.94 
 
 
308 aa  239  2.9999999999999997e-62  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311261  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.84 
 
 
335 aa  240  2.9999999999999997e-62  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.851486 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2407  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.44 
 
 
306 aa  239  4e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.333133  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3039  nickel-transporting ATPase  40.9 
 
 
336 aa  239  5e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.408808 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1381  transmembrane ABC transporter protein  39.01 
 
 
307 aa  237  2e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.796345  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3774  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.12 
 
 
320 aa  237  2e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.542684  normal  0.67395 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3896  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.55 
 
 
324 aa  237  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00239771  normal  0.0141944 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6391  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, inner membrane subunit  40.9 
 
 
336 aa  236  3e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.314486  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0113  nickel-transporting ATPase  39.17 
 
 
336 aa  236  3e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2430  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.6 
 
 
336 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.32 
 
 
336 aa  236  3e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3044  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.6 
 
 
336 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3063  alkaline phosphatase  40.6 
 
 
336 aa  236  4e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.273839 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2955  alkaline phosphatase  40.9 
 
 
336 aa  236  4e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2641  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.6 
 
 
332 aa  235  6e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2760  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.34 
 
 
316 aa  234  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.96 
 
 
326 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.467018  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0859  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.25 
 
 
333 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000322853  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6467  putative oligopeptide ABC transporter (permease protein)  39.18 
 
 
309 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2810  peptide ABC transporter, permease protein  40.62 
 
 
324 aa  232  6e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0199712  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2538  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  40.62 
 
 
324 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000540331  normal  0.865615 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00798  predicted peptide transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  37.81 
 
 
306 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.472093  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2811  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.81 
 
 
306 aa  231  1e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.473558  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00815  hypothetical protein  37.81 
 
 
306 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.558182  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0889  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  37.81 
 
 
306 aa  231  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.952014  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0856  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  37.81 
 
 
306 aa  231  1e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0221  dipeptide ABC transporter, permease protein  40.54 
 
 
336 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0902  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  37.81 
 
 
306 aa  231  1e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2813  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.81 
 
 
306 aa  231  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.39 
 
 
314 aa  231  1e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.207674 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0982  glutathione ABC transporter, permease protein GsiC  37.81 
 
 
306 aa  231  1e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.38 
 
 
306 aa  231  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.579769  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2913  nickel-transporting ATPase  39.29 
 
 
337 aa  231  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.74 
 
 
321 aa  230  2e-59  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.350596  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3970  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.54 
 
 
335 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2757  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.49 
 
 
306 aa  230  2e-59  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3232  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  40.54 
 
 
335 aa  231  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.624237  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3104  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.44 
 
 
306 aa  230  2e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0010  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.31 
 
 
308 aa  231  2e-59  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.18 
 
 
335 aa  230  2e-59  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.905382  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2985  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40 
 
 
313 aa  230  3e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348462  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3753  Alkaline phosphatase  39.7 
 
 
336 aa  229  3e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.634321 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1136  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.62 
 
 
309 aa  230  3e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000000195869  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1241  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  43.89 
 
 
323 aa  229  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>